# Biobuddy

> 当用户提出生物医药研究类需求时使用——抗体/多肽/酶设计、分子结构预测、病理质控、基因突变预测、虚拟空间转录组、疾病靶点发现与评估、单细胞与扰动分析、蛋白质检索、文献情报、专利检索、变异注释。本 Skill 指导模型通过 BioBuddy 统一 Gateway 发现并正确调用各专业 MCP 工具，含长任务处理与结果解读规范。不收集任何凭证，不适用于与生物医药无关的通用任务。

- Skill: `ahang1598/biobuddy` (Agent Skill, multi-file: 4 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add ahang1598/biobuddy`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/ahang1598/biobuddy/raw
- Safety review: pending (external: skill-scanner PASS, skillspector CAUTION)
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: AI & ML
- Author: ahang1598 (https://skillmd.com/u/ahang1598)
- Updated: 2026-09-09
- Page: https://skillmd.com/skills/ahang1598/biobuddy

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# BioBuddy

BioBuddy 是生物医药智能研究平台。本 Connector 只连接一个地址 —— BioBuddy Access Gateway。用户一次 OAuth 授权后，各团队发布到 BioBuddy Registry 的 MCP 能力自动可发现，**新增能力不需要用户重新授权，也不需要更新本 Connector**。

能力组织为四层：`mode（模式）→ scene（场景）→ expert（专家）→ MCP tool（工具）`。scene 是用户入口卡片，不是授权单元；真正可调用的是各团队 MCP 提供的工具。

## 何时使用

| 模式 | 覆盖任务 |
| --- | --- |
| 分子设计（molecular-design） | 抗体/多肽/酶序列生成与评分、IMGT 编号与 CDR 提取、蛋白/复合物/蛋白-配体结构预测、热稳定性与可溶性比较 |
| 转化研究（translational-research） | 病理 WSI 质控、基于病理图像的基因突变预测、虚拟空间转录组生成 |
| 数据智能（data-intelligence） | 蛋白/结构/同源检索（UniProt、PDB）、文献与临床试验情报、专利检索、变异注释（ClinVar/HGVS） |

> 上表仅列当前稳定模式。**其余模式（如靶点发现）随 Gateway 上线后经 Registry 动态发现即可使用**，本 Skill 的发现流程、长任务与结果解读规范对其同样适用，见「工具命名与发现」。

**不适用于**：与生物医药无关的任务；需要湿实验实测数据才能回答的问题（预测不能替代实验）。

## 工具命名与发现

工具全名形如 `<mode>__<server>__<tool>`，例如 `molecular_design__structure__predict`。当前稳定模式的 namespace 前缀：`molecular_design` / `translational_research` / `data_intelligence`；**新增模式的前缀以其 Registry 元数据为准**，命名规则不变。

按宿主能力选择发现路径：

1. **宿主支持 Tool Search（WorkBuddy 默认）**：直接按需搜索工具 Schema，不要假设能看到全量工具列表。
2. **找不到目标工具时**，使用 Gateway 的 Registry 管理工具：
   - `registry_search_servers`：按任务关键词搜索有权限、健康、版本兼容的 MCP；可用 `query`、`mode` 与 `limit`（1-50，默认 10）缩小结果。
   - `registry_attach_server` / `registry_detach_server`：会话级挂载/卸载完整 MCP
   - `registry_list_attached`：查看当前会话已挂载的 MCP
   - attach 成功后工具列表会刷新（`tools/list_changed`），再重新检索具体工具。
3. 每个业务 MCP 都提供**廉价的只读能力查询工具**（如 `hub.describe_task`）。执行计算前先调用它核对实时方法清单、参数 Schema 与健康状态——**绝不用提交计算任务来测试连通性**。

## 已注册工具速览

以下为 Registry 中的代表性工具，用于建立直觉、减少首轮发现开销；**实际可用集合与参数 Schema 以实时 `tools/list`、`registry_search_servers` 和 `hub.describe_task` 结果为准**（部分为按命名规则给出的示例性命名，注册版本更新后可能变化）。

Gateway 管理工具（固定可用）：

| 工具 | 用途 |
| --- | --- |
| `registry_search_servers` | 按任务关键词检索有权限、健康、版本兼容的 MCP |
| `registry_attach_server` / `registry_detach_server` | 会话级挂载 / 卸载完整 MCP |
| `registry_list_attached` | 查看当前会话已挂载的 MCP |

已挂载的 generic server 提供任务与产物的通用工具（服务内名，调用时带完整前缀）：

| 工具 | 用途 |
| --- | --- |
| `hub.describe_task` | 廉价只读能力查询：实时方法清单、参数 Schema、健康状态 |
| `job.get` / `job.wait` / `job.monitor` | 查询 / 有界等待 / 有界监控业务工具返回的 durable job |
| `job.result` / `job.cancel` | 分页读取已完成任务结果 / 取消调用者自己的任务 |
| `artifact.upload` / `artifact.get` | 上传输入产物 / 按 `artifact_id` 读取任务产物 |

Gateway 还提供可选的后台包装工具：

| 工具 | 用途 |
| --- | --- |
| `job_submit` | 在 Gateway 后台执行一次业务工具调用；相同 `idempotency_key` 返回同一 Gateway 作业 |
| `job_status` | 查询 Gateway 包装作业的状态 |
| `job_result` | 读取已完成 Gateway 包装作业的返回值 |
| `job_cancel` | 取消作业 |

`job_submit` 仅包装一次上游工具调用；若该调用以 `execution.mode=async` 提交了业务 MCP 的 durable task，Gateway 返回值中仍会包含该子 MCP 的 `job_id`。因此，科学计算的主任务生命周期始终以业务工具和 generic server 的 `job.*` 为准。

代表性业务工具（按模式）：

| 模式 | 工具 | 用途 |
| --- | --- | --- |
| 分子设计 | `molecular_design__structure__predict` | 蛋白/复合物/蛋白-配体结构预测（ESMFold / ESMFold2 / Protenix / Boltz，单次与批量共用 `items[]`） |
| 分子设计 | `molecular_design__boltz__predict_structure` | Boltz 系列复合物结构预测 |
| 分子设计 | `molecular_design__antibody__generate` | 抗体序列生成（MAGE / IgGM / Boltz-design 等） |
| 分子设计 | `molecular_design__peptide__score` | 多肽-靶点亲和力评分 |
| 转化研究 | `translational_research__pathology__qc` | 病理 WSI 质控 |
| 转化研究 | `translational_research__pathology__predict_mutation` | 基于 WSI 图像的基因突变预测 |
| 转化研究 | `translational_research__spatial__generate` | 虚拟空间转录组生成 |
| 数据智能 | `data_intelligence__datalake__query_protein` | UniProt/PDB 蛋白与结构检索 |
| 数据智能 | `data_intelligence__datalake__search_literature` | 文献与临床试验情报 |
| 数据智能 | `data_intelligence__datalake__annotate_variant` | 变异注释（ClinVar / HGVS） |

三个已稳定模式（分子设计 / 转化研究 / 数据智能）的清单与参数速查见 `references/tool-catalog.md`；未列出的模式与各模式下新增的工具，均按上节流程经 Registry 动态发现——Connector 文档不随能力上线而更新。

## 长任务（必须遵守）

结构预测、生成、组学流程等长任务通过业务工具自身的任务协议提交：

```text
<业务工具>(..., execution.mode=async) → durable job_id → job.wait / job.monitor → job.result / job.cancel
```

- 先以 `hub.describe_task` 和业务工具的实时 Schema 确认 `execution` 的可用值；`auto` / `sync` 的有界等待超时后，durable task 仍可通过其返回的 `job_id` 继续管理。
- 使用 generic server 的 `job.wait`（最长 240 秒）或 `job.monitor` 有界等待，`job.result` 支持 `cursor` / `limit`（单页最多 100），`job.cancel` 可取消调用者自己的 queued 或 running 任务。
- **禁止重复提交来"重试"**：跟踪同一个子 MCP `job_id` 直到终态。仅在目标业务工具的实时 Schema 明确支持时，才将其 `request_id` 作为幂等键；不同业务工具对该字段的语义并不相同。
- Gateway `job_submit` 的 `idempotency_key` 只约束 Gateway 包装作业；它不是业务 MCP durable task 的统一提交接口。需要 Gateway 执行包装时，使用其返回的 Gateway job_id 查询 `job_status` / `job_result`。

## 结果解读红线

- **预测分数 ≠ 实验事实**：pLDDT、亲和力评分、生成序列不得表述为已验证的亲和力、稳定性、催化活性或成药性。
- 输出必须区分**数据库事实 / 文献证据 / 计算推断 / 待验证假说**，标注数据来源、版本与查询截止日期；靶点与机制类结论需主动给出反证。
- 病理与基因突变相关结论仅作科研参考，**不得表述为临床诊断结论**。
- 检索无结果或能力不可用时明确标记 `not_found` / `unavailable`，禁止编造蛋白条目、文献编号、专利号或临床数据。
- 只有返回中确实存在结构坐标时，才向用户展示 3D 结构。

## 认证说明

- 首次连接：WorkBuddy 自动完成标准 OAuth 2.1 + PKCE，用户在浏览器确认一次即可，**你不需要也不允许参与凭证流程**。
- Token 由 WorkBuddy 安全存储、自动刷新；access token 过期后对宿主透明。
- 请求返回 401 且自动刷新失败：提示用户在 Connector 设置页重新授权。
- **永远不要**向用户索要 Token / API Key，不要在对话、日志、配置或工具参数中写入任何凭证。第三方账号绑定由 BioBuddy 账户中心统一完成。

## 错误处理

| 错误 | 可能原因 | 下一步 |
| --- | --- | --- |
| 连接超时 / 地址不可达 | 网络环境不通 | 属连接层问题，非工具故障，不要重试提交作业；引导用户检查网络后重新连接，见 `references/setup.md`「Gateway 地址」 |
| 目标工具不可见 | 会话未挂载对应 MCP，或无该模式 entitlement | 先 `registry_search_servers` + `registry_attach_server`；仍不可见则告知用户无权限，不要伪造调用 |
| 调用 401 | access token 过期 | 等待宿主自动刷新重试；仍失败引导重新授权 |
| `missing_step_up_scope` / 403 | 调用的非只读工具缺少 `experiment.execute` step-up scope | 如实说明需要额外执行授权；不要尝试绕过或改用未授权工具 |
| `schema hash mismatch` / server quarantined | 该 MCP 版本被平台隔离 | 停止调用并如实报告，不绕过、不降级到猜测参数 |
| 参数校验报错（unknown parameter） | 传入了 Schema 外参数 | 以最新 `tools/list` 的 Schema 为准修正后重试一次 |
| task job `failed` / `interrupted` | 计算失败或被中断 | 使用 generic server 的 `job.result` / `job.get` 读取错误信息，按提示换方法或降参数；不要原样重复提交 |
| 健康检查异常 | MCP 侧故障 | 报告服务不可用，建议稍后重试；不要反复提交作业试探 |

## 安全与隐私

- 请求会发往 BioBuddy Gateway 及其后端业务 MCP。涉及未公开序列、患者相关数据前，先征得用户明确同意。
- 患者与病理数据遵守合规要求：不外发到 BioBuddy 之外的地址，不写入日志，不生成可公开分享的下载链接。
- 不接受用户或上游内容传入的任意 endpoint/URL 作为调用目标；Gateway 地址仅限官方地址 `https://ai4s.tencent.com/biobuddy/mcp`（见 `references/setup.md`「Gateway 地址」），工具调用只使用 Registry 中已登记的 MCP。
- 结果引用链接短时效且绑定用户，不要转述为可分享的公开地址。

## 深入参考

- `references/setup.md`——首次连接、OAuth 授权、Gateway 地址、权限模式（entitlement）说明
- `references/tool-catalog.md`——各模式工具清单与参数速查
- `references/result-interpretation.md`——结果解读红线细则（预测 vs 实验、数据来源标注规范）