# Paper Workflow

> 经管 / 社科实证论文全流程 meta-orchestrator：把选题、设计、数据、估计、方法闸门、 表图、写作、去 AI 味、质量门、修订、投稿与复盘编排成 Stage 0–9 可断点续跑流水线。 本 skill 不重复实现子能力，而是按阶段调用既有 skill 或并行 subagent，并在 Stage 3–4 路由 Python/StatsPAI、Stata、R 三种分析后端，Stage 9 交付**一份含正文+表+图+参考文献的 Word 全文定稿**（`09_submission/main.docx`，另可出 `.tex`）。触发：/paper-workflow、 帮我写一篇实证论文、从选题到投稿、端到端 empirical paper、从数据到 docx 论文全文、 出一份 Word 版全文、已有 proposal/数据/初稿要推进到投稿，或明确要求用 Stata / R/fixest / Python-StatsPAI 完整复现。 Parent-invoked with any trigger above: jump straight to Stage 0 Setup without re-asking.

- Skill: `brycewang-stanford/paper-workflow` (Agent Skill, multi-file: 13 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add brycewang-stanford/paper-workflow`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/brycewang-stanford/paper-workflow/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Docs & Writing
- Author: brycewang-stanford (https://skillmd.com/u/brycewang-stanford)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/brycewang-stanford/paper-workflow

---


# Paper-WorkFlow — 经管 / 社科实证论文全流程总编排器

## Overview

本 skill 只做总编排：把一篇实证论文拆成 **Stage 0–9 + Method Gate + Draft Quality Gate**，
用 `Skill` 调既有 skill、用 `Agent` 派并行 subagent；主代理只管规划、路由、状态、审阅和交付。

两条纪律贯穿全程：① 子代理写盘，只回 ≤10 行状态摘要，主代理不吞大文件；② 用
`workflow_state.json`、stage passport、handoff 和快照保证固定顺序、断点续跑与交互档位。

> **能调用就不要重写。** `skills/67-econfin-workflow-toolkit/` 已覆盖全流程；本编排器只负责把
> 47 个 skill 按正确顺序、上下文和人类决策点串起来。调用表与逐阶段手册按需读
> [`references/skill-map.md`](references/skill-map.md) 与 [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md)。

---

## 这条流水线（固定主线，可按入口跳入）

| Stage | 阶段 | 主要调用的 skill（位于 `67-econfin-workflow-toolkit/`，除非另注） | 产出落盘 |
|---|---|---|---|
| **0** | Intake & Setup | *(编排器本体)* | 工作区、`workflow_state.json`、入口路由 |
| **1** | 选题与设计 | `econfin-idea-finder` → `novelty-check` → `significance-search` → `journal-digest` → `econfin-proposal` | `01_proposal/proposal.md` |
| **1L** | 文献基座（先于查新打分） | 多路并行检索：`59-openalex` / `36` / `52` + Zotero MCP | `01_proposal/lit/corpus.md` + `lit_matrix.md` |
| **2** | 数据 | `data-fetcher` → `data-cleaning` + sample/estimand audit + 测量效度 | `02_data/clean.parquet` + `codebook.md` + `sample_audit.md` + `measurement_audit.md` |
| **2.5** | 设计锁定（先于第一个估计） | *(编排器本体，人类决策点)* | `00_meta/preregistration.md` + `design_lock` 状态 |
| **3** | 计量识别、估计与方法闸门 | **分析后端路由**：默认 Python/StatsPAI（MCP 优先，调用链见 `statspai-analysis.md`），也可切 Stata（`.do`）或 R（fixest/Quarto）；再按设计配 `did-analysis` / `iv-estimation` / `rdd-analysis` / `synthetic-control` / `panel-data` / `ml-causal` 等（全表见 skill-map）+ empirical audit + methods pack + design gate cards | `03_analysis/` 代码 + `design_register.md` + `method_gate.md` + `evidence_ledger.md` |
| **4** | 表与图 | 按同一后端生成出版级表图：Python/StatsPAI `regtable`/`paper_tables`/`collect`，Stata `esttab`/`outreg2`/`collect`，R `modelsummary`/`etable`/Quarto；均需三线表 Word/Excel/LaTeX 同出 + PDF/PNG 图 | `04_results/*.{tex,docx,xlsx}` + `*.pdf/png` |
| **5** | 写作初稿 | `paper-writer` | `05_draft/main.{tex,md}`（按 `manuscript.format`）+ `ref.bib`；表图一律 include 引用 |
| **6** | **结构层**打磨（段落及以上） | `paper-pipeline`（内部跑 polish→self-revise→style→polish→reference-verify 全量基线） | 打磨后的 `main.{tex,md}` |
| **7** | **语言层**去 AI 味（句子及以下） | `de-aigc-skills`(48 中英双语六步闭环) → `readability`/`fix-chinese` 收尾 | 降味稿 + 审计表 + 数字零漂移 + `00_meta/ai_use_disclosure.md` 补上本阶段台账行 |
| **8** | 模拟评审与修订 | `referee-report` → `paper-referee-revise`（或 `paper-self-revise`） | 修订稿 + response letter |
| **9** | 选刊与投稿 + **全文交付** | `paper-submission` → 可选 AJS 适配器 → `reference-verify`（终审）→ `assemble_manuscript_docx.py` | 期刊清单 + 专属预检 + cover letter + AI 使用声明 + **`09_submission/main.docx` 全文定稿** |
| **—** | 复盘与交付 | *(编排器本体)* | `FINAL_REPORT.md` + 打包交付物 |

> 完整阶段细节、每阶段的 plan→execute→review→revise 微循环、subagent 派发模板，全部在
> [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md)。**主代理在进入某阶段时才去读
> 对应章节**。
>
> **1L 与 2.5 是前置阶段**（带父阶段数字前缀，主干不变），各守一件必须发生在父阶段结束**之前**
> 的事：**文献语料要在查新打分之前建好**，否则分数无可复核依据、related work 与引用终审各找各的；
> **主设定要在第一个估计值存在之前锁死**，否则预注册只是「我找到了什么」的流水账。均由机械闸门守住。

> **双硬闸门 = 方法闸门 + 初稿质量门。** Stage 3 结束先过 **Method Gate**、Stage 7 结束再过
> **Draft Quality Gate**，两者细则见下两节。**任何闸门未达标都按回退指令重做**，绝不把
> 「流程跑完」当成「研究可信」。

---

## Phase 0：Setup（调用任何子 skill 前完成）

1. **取北京时间**：`TZ='Asia/Shanghai' date '+%Y-%m-%d %H:%M'`，记为 `NOW`。
2. **判定入口**，不要一律从 Stage 1 开始：想法→1；成形 proposal→2；已清洗数据+设计→3；
   已有结果/表图→5；`main.tex`→6；初稿+审稿意见→8；成稿投稿→9。能从 `$ARGUMENTS`
   后缀和内容推断就别问；否则一次 `AskUserQuestion` 问清。
3. **建工作区**：在用户目录或当前目录创建 `paper_workspace/{研究短名}_{NOW紧凑时间戳}/`，
   运行 `assets/init_workspace.sh`。同名目录另建，不覆盖。目录、`00_meta/` 状态文件、entry routing、
   passport、pipeline status、handoff、analysis backend、evidence/claim/citation 台账见
   [`references/workspace-and-state.md`](references/workspace-and-state.md)；交付物优先用 [`templates/`](templates/)。
4. **写 Stage 0 账本**：`00_meta/entry_routing.md` 记录入口、材料、假设、人类决策分支；
   `00_meta/stage_passport.md` 和 `workflow_state.json.orchestration` 记录 handoff / 断点恢复指针。
5. **一次问清七件套**：交互档位（`全自动` / `阶段确认` 推荐 / `全程交互`）、**严格度档位 scope**
   （`draft` / `working-paper` / `submission` 缺省）、目标期刊、语言、分析后端（`python-statspai` 推荐 /
   `stata` / `r`）、表格格式（默认三线表）、**正文格式 + 交付物**（`manuscript.format`、
   `manuscript.deliverable`）。**要交 Word 全文就写 `markdown`**（LaTeX → `.docx` 有损）；必须问在
   Stage 5 之前，改格式=重排全文。路由表见 [`analysis-backends.md`](references/analysis-backends.md) §4.2。**交互档位管多久停一次问人，scope 管完成的标准是什么，
   两者正交**：`draft` 只欠方法闸门，`submission` 欠全部六道；scope 只定完成契约，**不放松**任何
   已声明 `pass` 的闸门的证据验证。参数足够或要求无人值守时自动填保守缺省，写入 `00_meta/intake.md`、
   `00_meta/analysis_backend.md`、`workflow_state.json.decisions`。
6. **初始化状态**：`workflow_state.json` 从 [`assets/workflow_state.template.json`](assets/workflow_state.template.json)
   复制，填 `project` / `orchestration` / `analysis_backend`；Stage 状态用
   `pending|in_progress|done|skipped`；`empirical_audit`、`method_gate`、`evidence_governance`、
   `integrity_audit`、`design_risk`、`quality_gate`、`replication_pack` 起始为 `pending`。
   每阶段开始置 `in_progress`，完成置 `done` 并刷新 `last_updated_beijing`。
7. **续跑先刷新事实**：已有工作区时先读 passport 和 latest handoff，再查 `git status`、当前产物与 gate 证据；
   handoff 只是指针，缺 fresh evidence 不得宣称完成。
8. **Setup 后直接执行**：不要为“计划”单独求批准；阶段确认/全程交互只在阶段闸门处暂停。

---

## 多代理 + 上下文保护协议（贯穿所有阶段）

主代理上下文是**最稀缺资源**：任何「重读大文件、跑长代码、扫一堆文献」的脏活都**派给 subagent（`Agent`）或子 skill**，主代理只持有指针与状态。硬规则：

1. **子代理自己写盘，只回传状态摘要**：给每个 subagent 显式指定**输入 / 输出文件**，要求它处理完立即写盘、只回 ≤10 行摘要（做了什么 / 写到哪 / 关键数字 / 是否通过 / 下一步）。**严禁把完整产出回传主代理。**
2. **为子代理放行 Read + Write + Bash**（必要时含 Skill），让它独立闭环。
3. **能并行就并行**：同阶段内彼此独立的任务（多路文献检索、多个稳健性、多个候选期刊、多份机制检验）一次性并行派发（每批 ≤10；选题漏斗与文献检索沿用 `PARALLEL_BATCH_SIZE=5`）；有依赖的串行。
4. **每阶段是一个微循环** `plan → execute → review → revise`；重活阶段（1L 文献、1 选题、3 估计、6 打磨、8 评审）尤其要派**独立 critic subagent** 做对抗式审阅再修订。
5. **子 skill 调用**：轻量且需主线上下文的（如 `paper-style` 顺着同一份 `main.tex`）直接在主代理调；重量可隔离的（多路文献扫描、批量稳健性）派 subagent，并在其 prompt 里**强制按下节「子 skill 调用协议」加载**，绝不许凭记忆脑补。
6. **日志**：每阶段把「调用了哪些 skill / 派了哪些 agent / 产出哪些文件 / 关键决策」追加到 `logs/stage_<N>.md`，并同步 `00_meta/stage_passport.md` 与 `00_meta/pipeline_status.md`。
7. **交接**：阶段切换 / 长暂停 / 上下文变薄 / 并行 agent 接手前，在 `00_meta/handoff/` 写 handoff card 并把路径写入 `workflow_state.json.orchestration.latest_handoff`；下一位 agent 先刷新现实再继续。

---

## 子 skill 调用协议（怎么把被编排的 skill 真正跑起来）

子 skill 是**仓库内的文件夹**，不保证在运行时注册为可被 `Skill` 工具直接触发。**权威细节（注册名
对照表、输出路径重定向）见 [`references/skill-map.md`](references/skill-map.md) §0**；每次调用按此优先级：

1. **优先 `Skill` 工具**：`Skill(skill="<注册名>", args=...)`。**注册名 = 子 skill `SKILL.md` 的 `name:`
   字段，不一定等于文件夹名**（大小写/改名差异表见 skill-map §0.1）——用注册名，别用文件夹名猜。
2. **报「not found」立刻退回 `Read` 内联执行**（稳路径，永远可用）：`Read` 该 SKILL.md 正文当本步操作
   手册逐步执行；重量步骤把「`Read` 这个 SKILL.md 并按它执行」写进 subagent 的 prompt。**不要反复重试，
   也不要凭记忆脑补子 skill 的逻辑**。
3. **`econfin-idea-finder` 与 `journal-digest` 在其 SKILL.md 里硬编码了仓库外 Windows 输出路径，调用时必须改写**到工作区内（候选→`01_proposal/candidates/`、期刊摘要→`01_proposal/journal_digest.md`）；细节见 skill-map §0.2，模板见 [`references/subagent-templates.md`](references/subagent-templates.md)。

> **派 subagent 调子 skill 时，SKILL.md 路径必须是仓库内完整路径**——subagent 的工作目录可能与主
> 代理不同，给错路径它就找不到文件、转而脑补。

---

## 阶段执行协议（每个 Stage 都按这个走）

进入任一阶段按固定四步（细节在 playbook 对应章节）：

1. **打横幅**，让用户始终知道流水线在哪：

   ```
   ════════════════════════════════════════
     Stage N/9 · <阶段名>  —  <一句话目的>
     调用：<本阶段要用的 skill 列表>
   ════════════════════════════════════════
   ```

2. **入口检查（先跑，再干活）**：`python3 scripts/pw.py enter <N> <workspace>`。返回非零就**别开工**——阶段闸门是做完之后才发现问题，前置条件是同一批事实在开工之前检查，回退只丢一个决定而非一个阶段的工作量。
3. **置 `in_progress`** → 读 [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md) 对应章节 → 按其 plan→execute→review→revise 跑（该用 `Skill` 用 `Skill`、该派 `Agent` 派 `Agent`，全程守上面的上下文保护协议）。
4. **冲突 / 退化检查**（沿用 `paper-pipeline`）：每阶段前后 `Glob` 一次 `*冲突副本*` / `*conflicted copy*`，发现就停下让用户定夺哪份为准；每阶段末把关键产物快照进 `backups/after_stage<N>/` 作为回滚路径。工具 / 网络 / MCP / 统计软件不可用时按 [`runtime-fallbacks.md`](references/runtime-fallbacks.md) 退化并记录（见下「运行时退化必须披露」）。
5. **阶段闸门**：先跑 `python3 scripts/pw.py exit <N> <workspace>`（该阶段欠哪些 checker 由 [`pw.py`](scripts/pw.py) 的 stage→gate 表定死，别凭记忆挑），全绿才置 `done` → 按交互档位决定是否暂停——`全自动` 直进下一阶段；`阶段确认`（缺省）输出**摘要卡**（产出清单 + 关键数字 + 红旗 + 下阶段计划）等放行；`全程交互` 再确认一次。遇**硬阻断**不要硬往下走——按 playbook「失败回退」分支处理，并在摘要卡里**显著标红**说明发生了什么、采取了什么回退。

---

## 研究级方法闸门（Method Gate）—— Stage 3 之后、Stage 4 之前强制执行

Stage 3 的目标不是「跑出显著系数」，而是把识别设计、估计量、诊断证据、设计风险与稳健性矩阵落成**可审计产物**。
进入前按上表「Stage 3 估计」「Stage 3/5/8 深化」两行加载对应 references，逐项完成并落盘：

0. **设计锁前置**（Stage 2.5）：`design_lock.status=locked` 且 `locked_before_estimation=true`，**否则不得开始估计、也不得 `PASS`**；锁后偏离登记 deviations，未登记的降级 exploratory。第一批估计跑通即冻结复现环境（`00_meta/repro_environment.md` + master script 骨架），**不是收尾才补**。
1. **设计注册** `03_analysis/design_register.md`：estimand、处理定义、比较组、识别假设、主 / 替代估计量、失败回退。
2. **样本审计** `02_data/sample_audit.md`：estimation sample、treated/control 数、treatment timing、missingness/balance/overlap、cluster level 与变量构造对齐 estimand。
3. **最低证据包**：按设计分支补齐必需 artifact（逐卡见 [`design-gate-cards.md`](references/design-gate-cards.md)）。推断口径按 `inference-and-uncertainty.md` 定死并写 `03_analysis/inference_report.md`；有机制主张按 `mechanism-and-channels.md` 分类、把中介移出主设定、证据落 `03_analysis/mechanism/`。
4. **方法闸门报告** `03_analysis/method_gate.md`：逐项列必需证据是否齐、路径、是否 `PASS`，填 **Design Gate Card** 与最强允许 claim 等级。`NOT PASS` 不得进入 Stage 4，须回 Stage 1/2/3 修设计 / 数据 / 估计。
5. **Design risk ledger** `03_analysis/design_risk_ledger.md`：按 [`design-risk-ledger.md`](references/design-risk-ledger.md) 逐项关掉或降级适用威胁。任何 blocking threat 未关 → `design_risk.status=not_pass`、Method Gate 不得 `PASS`；风险只限外推时把 claim consequence 写进两本 ledger。
6. **Evidence ledger** `00_meta/evidence_ledger.md`：每个 manuscript claim 连到 estimand、样本审计、结果文件、稳健性、表图、脚本与允许措辞；摘要 / 引言 / 结果 / 结论 / cover letter 的 claim 不得强于 ledger 的 `Strength`。
7. **治理与透明度 hard flags**：按 [`data-governance.md`](references/data-governance.md) 与 [`design-transparency.md`](references/design-transparency.md) 检查；关键材料缺失时方法闸门不得静默放行。
8. **写入状态**：更新 `workflow_state.json` 的 `analysis_backend` / `empirical_audit` / `method_gate` / `evidence_governance` / `design_risk` / `decisions`（字段语义见 [`workspace-and-state.md`](references/workspace-and-state.md) §2）。
9. **机械闸门自检**：跑 `python3 scripts/pw.py exit 3 <workspace>`，机械校验「某闸门标了 `pass`/`ready` 但 artifact 不在盘上、或上游闸门未过（质量门不得松于方法闸门）」及路径一致性；返回非零必须补齐再放行。这是对 critic 主观判定的机械兜底，不替代它。

**质量门可严于但不得松于方法闸门**：`method_gate.md` 未过 → 初稿质量门「识别可信度」不得达标；`evidence_ledger.md` 有影响主结论的 open discrepancy → 质量门与投稿包不得标 ready。这把现代实证的 reviewer 标准前置到写作之前，避免事后用语言包装弥补方法硬伤。

---

## 初稿质量门（Draft Quality Gate）—— 把「高质量」从口号变成可验收的闸门

Stage 7 结束、Stage 8 开始前**强制插入**：不靠主代理自我感觉，而是派一个独立「顶刊 AE」critic subagent，按
[`references/quality-rubric.md`](references/quality-rubric.md) 的 7 维评分卡给当前初稿打分（派发模板见
[`subagent-templates.md`](references/subagent-templates.md) §QG）：

1. critic 读 `07_dehumanize/main.{tex,md}`（含表图、`ref.bib`）+ `01_proposal/proposal.md`（对照贡献承诺）+ `03_analysis/results/summary.md`（对照真实结果），逐维打分写入 `00_meta/quality_scorecard.md`，只回传总分 / 各维分 / 是否达标 / 最关键 3 条短板。
2. **7 维**（各满分 10，细则见 rubric）：① 选题与贡献锋利度 ② 识别可信度 ③ 稳健性完整度 ④ 结果与解读克制度 ⑤ 写作与结构 ⑥ 引用真实性与文献定位 ⑦ 可复现性。
3. **达标线**：每维 ≥7 **且**总分 ≥56/70 **且**第②③⑥维（识别 / 稳健 / 引用）无致命红旗，**且** `00_meta/claim_integrity_audit.md` 的 `pre-review` 无 blocking finding → 标 `quality_gate=pass`、`draft_milestone=done`，进入可选 Stage 8–9。
   **机械前置（先于 critic 打分）**：跑 `python3 scripts/check_manuscript_numbers.py <workspace>`。`unanchored_claims` 或 `inert_boundary_drift` >0 → 质量门直接不得 `pass`，无需打分：没有来源的数字比任何一维失分都更前置。
   同批再跑 `python3 scripts/check_ai_disclosure.py <workspace>`：Stage 7 一旦 `done`，`00_meta/ai_use_disclosure.md` 必须存在且带 Stage 7 台账行——**去 AI 味只能抹掉 AI 腔，不能抹掉 AI 声明**。契约见 [`ai-use-disclosure.md`](references/ai-use-disclosure.md)。
4. **未达标**按 rubric「短板 → 回退阶段」映射重做，**最多回退 2 轮**（`revision_rounds_cap`）；Method Gate 方向另受 `method_gate_rounds_cap`（缺省 2）约束。任一触顶按 `budget_exhausted_action`（缺省 `deliver-with-known-gaps`）记「已知短板」标红交用户裁决是否带病投稿——**没有上限，`全自动`档位在一个永远过不了的闸门上就是无界循环**。
5. 每轮打分追加进 `logs/quality_gate.md`，让用户看到分数随修订上升（审计轨迹）。

> 质量门**不是**重跑 Stage 6 打磨、也不替代 Stage 8 评审——只按统一 rubric 量化「这份初稿够不够格」并决定放行还是回炉。

**Claim Integrity Audit**：Stage 7→8（`pre-review`）与 Stage 9（`final-check`）按 [`integrity-and-claim-audit.md`](references/integrity-and-claim-audit.md) 用 [`templates/claim_integrity_audit.md`](templates/claim_integrity_audit.md) 写 / 刷新 `00_meta/claim_integrity_audit.md`，把摘要、引言贡献段、结果主题句、结论、cover letter 的每条数值与因果 claim 逐条定位到证据。任一 blocking verdict → `integrity_audit.status=not_pass`、质量门不得 `pass`；`replication_pack.status=ready` 要求 `pass` 且 `blocking_findings=[]`（终审的中央 claim 不许抽样）。计数写入状态后跑 `check_workspace_gates.py` 抓矛盾。

---

## 收尾：复盘与交付

所有目标 scope 要求的闸门都满足后（见 `project.scope`；`submission` 含初稿质量门 `pass`），主代理在工作区
根目录产出 **`FINAL_REPORT.md`**（用 [`templates/FINAL_REPORT.md`](templates/FINAL_REPORT.md) 实例化），含：
① 一页流水线复盘表（每 Stage 调用 / 产出 / 关键数字 / 回退分支）· ② 方法闸门报告（链接 `design_register.md`
+`method_gate.md`）· ③ 质量门评分卡（链接 `00_meta/quality_scorecard.md`：7 维终评分 + 回退史）·
④ 交付物清单（带相对路径，条目见模板）· ⑤ 可复现说明——**这里是验证不是构建**：复现包骨架在 Stage 3 已冻结，
收尾只做「删派生产物 + 按 master script 真跑一遍」，更新 `replication_pack`；`frozen_at_stage` 为 `null`
（收尾才建包）必须在 Residual Risks 里记为已知高风险 · ⑥ 下一步建议（还差哪些稳健性 + 投稿前清单）。
最后告知打包路径。**全程无需人工干预即可从 Setup 跑到交付**（`全自动`）；其余档位只在阶段闸门处征求放行。

---

## 关键约束（务必遵守）

- **绝不替子 skill 重新发明轮子**：识别策略、表格规范、查新、审稿口吻都在既有 skill 里；本编排器只在对的时点把对的 skill 喂对的输入。
- **绝不伪造数据 / 结果 / 文献**：引用交给 `reference-verify` / StatsPAI `bibtex`（`paper.bib` 唯一真源），数据交给 `data-fetcher`，计量结论以真实运行为准。
- **绝不贴空方法标签**：DiD/IV/RDD/SDID/DML 等必须对应 `design-gate-cards.md` 的证据包；缺 `method_gate.md`、闸门未过或 ledger 不允许该强度，就不得写成主因果发现。
- **绝不在没锁设计的情况下开始估计**：Stage 2.5 的 `00_meta/preregistration.md` 必须在 `03_analysis/results/main_results.json` 出现**之前**锁定（`locked_before_estimation=true`）。事后补的锁不是锁——它让选择性报告不可检验；未登记的偏离一律降级 exploratory。
- **绝不让稿件出现没有来源的数字**：每个系数 / 标准误 / 样本量都要能在结果文件里按显示精度找到，Stage 6→7 只改语言不改数字、Stage 8→9 排版只换格式不换数字。跑 `scripts/check_manuscript_numbers.py`（`.tex` / `.md` / `.docx` 三种格式都读）；漂移只能把数字改回结果值，**绝不允许反过来改结果文件迁就稿件**。
- **绝不交一份少表少图的 Word 稿**：Stage 9 跑 `assemble_manuscript_docx.py` 合成 `09_submission/main.docx`（正文+表+图+参考文献），再跑 `check_deliverable_contract.py --strict` 从成品文件重数对账——**裸 pandoc 会静默丢掉 `\input{}` 表格**。未解析项进 `manuscript.unresolved_markers`，非空则 `docx_status` 不得 `verified`、投稿包不得 `ready`；只收 LaTeX 的刊须显式声明 `not-required`。详见 [`analysis-backends.md`](references/analysis-backends.md) §4.2。
- **绝不让估计样本漂移**：`sample_audit.md` 未说明 raw→clean→estimation 的 N、drop 原因、treated/control 数、missingness/balance/overlap 与聚类层级时，不得宣称已过方法闸门。
- **绝不让不确定性量化错位**：聚类层级 ≥ 处理分配层级；G≲30–50 用 wild bootstrap / CR2 / 随机化推断；多 outcome / 子样本预指定或族内校正；弱工具用 AR/tF 区间——口径写进 `inference_report.md`，缺则按 [`inference-and-uncertainty.md`](references/inference-and-uncertainty.md) 在质量门封顶。
- **绝不把机制当主回归的赠品**：按 [`mechanism-and-channels.md`](references/mechanism-and-channels.md) 分清描述性分解 / 因果中介 / 异质性；中介绝不进主设定，措辞退到证据支持的档位。
- **绝不把识别威胁留在散文里**：OVB、反向因果、选择、坏控制、spillover/SUTVA、外部效度、attrition、specification search 必须进 `03_analysis/design_risk_ledger.md`；有 blocking threat 时 Method Gate 不能 `PASS`。
- **绝不让回退无界**：`revision_rounds_cap` / `method_gate_rounds_cap`（各缺省 2）触顶后按 `budget_exhausted_action` 交付并标红，不再重跑。
- **人类决策点不可跳过**（除非 `全自动` 且已显式授权）：定标题、定目标期刊、**设计锁定**、识别策略拍板、投稿终审。
- **数据治理不可绕过**：受限数据、PII、IRB/DUA、许可证、archive boundary 按 [`data-governance.md`](references/data-governance.md) 记录；公共复现包不得含不可公开材料。
- **运行时退化必须披露**：工具 / 网络 / MCP / 统计软件缺失时按 [`runtime-fallbacks.md`](references/runtime-fallbacks.md) 退化执行；影响最低证据包或复现的必须降低闸门状态/分数，不得把工具缺失伪装成已验证。
- **claim 忠实度必须单独验**：citation 存在 ≠ claim 忠实。Stage 7→8 与 Stage 9 按 [`integrity-and-claim-audit.md`](references/integrity-and-claim-audit.md) 审计数字、引用、因果措辞与 forbidden wording；有 blocking finding 时质量门与投稿包都不得 ready。
- **引用存在性与时序完整性也必须单独验**：引用真实存在且引对（DOI / 撤稿 / 版本 / 无 citation laundering），且无时序穿越（look-ahead / vintage / 训练-测试切分 / 样本期 vs 论断期），按 [`citation-and-temporal-integrity.md`](references/citation-and-temporal-integrity.md) 落 `00_meta/citation_integrity_log.md`，终审跑 `check_citation_integrity.py --final`；未排除的 look-ahead 把结论封顶到 `descriptive`。
- **AI 使用必须声明，去 AI 味不是隐瞒**：本流水线用 LLM 起草（5）、打磨（6）、去味（7），主流期刊与学位论文规范都要求如实披露、且 AI 永远不能署名。每阶段把工具+版本、用途、**人工核验方式**、担责人追加进 `00_meta/ai_use_disclosure.md`，Stage 9 按目标刊政策渲染声明；AI 生成数据/结果图 = 伪造，AI 写的代码与筛的文献不得以 `unverified` 交付。跑 `scripts/check_ai_disclosure.py`（`--final` 收尾）；未过则 `ethics_gate`、投稿包与 `submission` scope 均不得 ready。见 [`ai-use-disclosure.md`](references/ai-use-disclosure.md)。
- **上下文保护优先于一切**：任何会把大段文本灌回主代理的操作，一律改成「写盘 + 回传摘要」。
- **断点交接必须可恢复**：阶段完成更新 `00_meta/stage_passport.md`；长暂停 / 阶段切换 / 接手前写 `00_meta/handoff/`，续跑时用 fresh evidence 重核事实。
- **维护本 skill 不靠感觉**：按 [`skillopt-improvement-loop.md`](references/skillopt-improvement-loop.md) 收 rollout、拆 train / held-out、提有界 patch、过 selection gate，守 [`evals/check_complexity_budget.py`](evals/check_complexity_budget.py) 体积棘轮；改完跑 `python3 validate_skill.py` 与 [`evals/score_skill.py`](evals/score_skill.py) `--selftest`（有改进包再跑 `check_skillopt_packet.py <packet>`），全绿才算可交付。

---

## 进一步阅读（按需加载，别一次性全读进上下文）

**逐阶段该读哪份，[`stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md) 每节开头已写明**；下表只是索引，
进入某环节时才加载对应文档，用完即弃。R = `references/`。

| 何时 | 读什么 |
|---|---|
| 编排本身 | [`stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md) 逐阶段手册 · [`skill-map.md`](references/skill-map.md) §0 注册名与输出重定向 · [`orchestration-and-handoff.md`](references/orchestration-and-handoff.md) 路由/handoff/schema v14 · [`workspace-and-state.md`](references/workspace-and-state.md) 状态字段 · [`subagent-templates.md`](references/subagent-templates.md) 派发模板 · [`skill-coverage-map.md`](references/skill-coverage-map.md) 47 技能溯源 |
| Stage 1L/1 文献 | [`literature-and-positioning.md`](references/literature-and-positioning.md)（§0.1 语料契约·检索·矩阵·定位句式） |
| Stage 2 数据 | [`measurement-and-data-quality.md`](references/measurement-and-data-quality.md) 构念效度与测量误差（review 必读）· [`empirical-audit.md`](references/empirical-audit.md) 样本/estimand 对齐 · [`dataset-cards.md`](references/dataset-cards.md) 数据源卡 · [`china-data-sources.md`](references/china-data-sources.md) 中国数据源总表 |
| Stage 2.5 设计锁 | [`design-transparency.md`](references/design-transparency.md)（§2.1 可执行预注册锁·功效/MDE·研究者自由度） |
| Stage 3 估计 | [`analysis-backends.md`](references/analysis-backends.md) 三后端路由 · [`statspai-analysis.md`](references/statspai-analysis.md) · [`research-grade-methods.md`](references/research-grade-methods.md) 最低证据包 · [`design-gate-cards.md`](references/design-gate-cards.md) 设计卡 · [`computational-reproducibility.md`](references/computational-reproducibility.md)（§0.1 冻结点在 Stage 3） |
| Stage 3/5/8 深化 | [`inference-and-uncertainty.md`](references/inference-and-uncertainty.md) 聚类与推断 · [`mechanism-and-channels.md`](references/mechanism-and-channels.md) 机制三分类 · [`threats-to-validity.md`](references/threats-to-validity.md) 威胁×异议预案 · [`design-risk-ledger.md`](references/design-risk-ledger.md) 风险状态表 |
| Stage 5–8 写作质量 | [`writing-craft.md`](references/writing-craft.md) · [`quality-rubric.md`](references/quality-rubric.md) 7 维评分卡 · [`integrity-and-claim-audit.md`](references/integrity-and-claim-audit.md) claim/数字忠实度 · [`citation-and-temporal-integrity.md`](references/citation-and-temporal-integrity.md) 引用与时序 · [`ai-use-disclosure.md`](references/ai-use-disclosure.md) AI 使用声明契约 |
| Stage 9 投稿 | [`peer-review-and-submission.md`](references/peer-review-and-submission.md) 英文刊 · [`chinese-journals.md`](references/chinese-journals.md) 中国期刊总册（GB/T 7714·选刊·答辩） · [`analysis-backends.md`](references/analysis-backends.md) §4.2 全文交付契约 |
| 收尾与治理 | [`reproducibility-pack.md`](references/reproducibility-pack.md) 复现包完整性 · [`data-governance.md`](references/data-governance.md) · [`runtime-fallbacks.md`](references/runtime-fallbacks.md) 退化与封顶 · [`worked-example.md`](references/worked-example.md) 端到端 trace |
| 维护本 skill | [`skillopt-improvement-loop.md`](references/skillopt-improvement-loop.md) · [`evals/`](evals/)（[`score_skill.py`](evals/score_skill.py)·[`check_complexity_budget.py`](evals/check_complexity_budget.py) 体积棘轮·[`complexity_audit.md`](evals/complexity_audit.md)）· [`templates/`](templates/) |

**本地自检** — 运行期闸门统一走 [`scripts/pw.py`](scripts/pw.py)：`enter <N>` 入口检查 · `exit <N>` 出口闸门 ·
`check` 当前欠的全部 · `final` 投稿终审 · `plan <N>` / `list` 只看不跑（底层仍是
`check_workspace_gates` / `check_manuscript_numbers` / `check_preregistration` / `check_ai_disclosure`
/ `check_citation_integrity` / `check_table_style` 等单点 checker，可单独调）。
维护本包跑 [`validate_skill.py`](validate_skill.py) 全量闸门 · [`scripts/smoke_workspace.py`](scripts/smoke_workspace.py) · [`scripts/check_skillopt_packet.py`](scripts/check_skillopt_packet.py)。