# Academic Literature Workflow

> 公共卫生与生物医学文献端到端工作流：PubMed 主题检索 + 本地 2026 JCR 影响因子/分区筛选 + academic-search 跨库扩展 + ScanSci PDF 批量下载。当用户要「查文献并按 IF 筛选」「下载 PDF」 「做系统综述」「扩展 Semantic Scholar/OpenAlex 检索」时使用。触发词：文献检索、影响因子筛选、 JCR 分区、批量下载 PDF、ScanSci、academic-search、公共卫生文献、PubMed IF。

- Skill: `caijipython/academic-literature-workflow` (Agent Skill, multi-file: 7 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add caijipython/academic-literature-workflow`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/caijipython/academic-literature-workflow/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Docs & Writing
- Author: caijipython (https://skillmd.com/u/caijipython)
- Updated: 2026-09-22
- Page: https://skillmd.com/skills/caijipython/academic-literature-workflow

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# 学术文献检索与下载工作流

将三个能力串联为一条 Agent 可执行流水线：

| 阶段 | 工具 | 职责 |
|------|------|------|
| ① 影响因子表 | 本 skill `convert_jcr_xls.py` | 从用户 JCR Excel 生成本地 `journals-if.csv`（约 2.2 万 SCI 期刊） |
| ② PubMed + IF 筛选 | 本 skill `search_pubmed.py` | 主题检索、年份/类型过滤、按 IF/分区硬筛、导出 MD/CSV/BibTeX/DOI 列表 |
| ③ 跨库扩展 | **academic-search** skill | Semantic Scholar、OpenAlex、Crossref、Unpaywall、系统综述/PRISMA |
| ④ PDF 下载 | **ScanSci PDF** CLI | OA → 出版商 API → 机构登录 → 批量落盘 |

技能根目录：`C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow`

## 前置安装

```powershell
# 1. academic-search（已安装到 ~/.cursor/skills/academic-search）
#    来源: https://github.com/ustc-ai4science/academic-search

# 2. ScanSci PDF
pip install "scansci-pdf[cloakbrowser,instsci]"
scansci-pdf check

# 3. JCR 转换依赖（仅更新 Excel 时需要）
pip install -r requirements.txt
```

JCR 数据源（用户本地，不提交 Git）：

```
C:\Users\MI\Desktop\副本2026SCI期刊影响因子.xls
```

## 阶段 0：准备影响因子表

首次使用或 Excel 更新后执行：

```powershell
python "C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow\scripts\convert_jcr_xls.py" `
  "C:\Users\MI\Desktop\副本2026SCI期刊影响因子.xls"
```

输出：`references/journals-if.csv`（ISSN 优先匹配，其次刊名/缩写）

## 阶段 1：PubMed 检索 + IF 筛选

### 先与用户确认

- 主题词（建议英文；中文先翻译）
- 年份范围、研究类型
- **IF 门槛**（用 AskQuestion）：不限 / IF≥5 / IF≥10 / 仅 Q1 / 自定义

### 运行检索

```powershell
python "C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow\scripts\search_pubmed.py" `
  --terms "air pollution" "childhood asthma" `
  --mode AND `
  --year-from 2020 --year-to 2026 `
  --types review meta-analysis `
  --min-if 5 `
  --quartile Q1 `
  --max 80 `
  --email "your@email.com" `
  --out-dir ".\litsearch_results"
```

输出目录包含：

- `results.md` — 排序表格 + 摘要
- `results.csv` / `results.bib` / `results.json`
- `dois.txt` — 供 ScanSci 批量下载

**筛选规则**：指定 `--min-if` 或 `--quartile` 时，不在 JCR 表中的期刊会被剔除（无法判定 IF）。

## 阶段 2：跨库扩展（academic-search）

当 PubMed + IF 筛选结果不足，或需要引用数/OA 状态/系统综述时，**叠加 academic-search**：

1. 读取 `~/.cursor/skills/academic-search/SKILL.md`
2. 在 Semantic Scholar / OpenAlex / Europe PMC 扩展 query（2–3 个互补 query）
3. 第一遍输出轻量摘要表（标题、年份、venue、引用数、OA）
4. 用 DOI/PMID 与阶段 1 结果去重合并
5. 需要 PRISMA 时遵循 `references/workflows/systematic-review.md`

将新 DOI 追加到 `dois.txt`，或写入单独文件供下载。

## 阶段 3：批量下载 PDF（ScanSci PDF）

```powershell
scansci-pdf batch ".\litsearch_results\dois.txt" --output "D:\papers"
```

单篇：

```powershell
scansci-pdf get 10.1038/nature12373 --output "D:\papers"
```

机构访问（按需）：

```powershell
scansci-pdf elsevier-setup --api-key YOUR_KEY
scansci-pdf login --url https://www.sciencedirect.com/
```

## 典型 Agent 工作流

### A. 「找 IF>5 的队列研究并下载」

1. `convert_jcr_xls.py`（若 CSV 不存在或 Excel 已更新）
2. `search_pubmed.py --min-if 5 --types cohort`
3. 展示 `results.md` 给用户确认
4. `scansci-pdf batch dois.txt --output <目标目录>`

### B. 「扩展检索 + 引用排序 + 下载」

1. academic-search 在 S2/OpenAlex 扩展并导出 DOI
2. 与本 skill 的 PubMed 结果按 DOI 去重
3. 可选：用 JCR 表对扩展结果做 IF 后筛（读 CSV 匹配 ISSN/刊名）
4. ScanSci 批量下载

### C. 「系统综述 / PRISMA」

1. academic-search 主导检索与筛选记录
2. 本 skill 的 JCR 表用于期刊质量分层
3. ScanSci 下载纳入文献全文

## 配置清单

| 项 | 必填 | 说明 |
|----|------|------|
| NCBI Email | 建议 | `--email` 或环境变量 |
| NCBI API Key | 否 | 提速，环境变量 `NCBI_API_KEY` |
| JCR Excel | 是（首次） | 桌面 `副本2026SCI期刊影响因子.xls` |
| S2 API Key | 建议 | academic-search 跨库检索 |
| ScanSci | 下载时需要 | `pip install scansci-pdf` |
| Elsevier API | 否 | ScienceDirect 全文加速 |

## 外部仓库

- [academic-search](https://github.com/ustc-ai4science/academic-search) — Cursor Agent 学术检索
- [scansci-pdf](https://github.com/Rimagination/scansci-pdf) — PDF 下载 CLI / MCP