# Manuscript Peer Review

> 以期刊同行评审人身份审查生物医学、临床、公共卫生、流行病学与生物统计稿件，建立稿件内数据和论断证据链，区分报告缺项与方法缺陷，评价研究设计、偏倚、统计、结果解释、透明度、语言和伦理，并生成可定位、分级、可行动的完整审稿报告。用于用户明确要求同行评审、审稿、评审稿件、major/minor comments、reviewer report 或投稿评议。开工先用 biostat-principles；需核验文献或方法依据时用 evidence-research；Word/PDF 文件操作加 docx/pdf，最终措辞可用 academic-humanizer。论文总结、文献综述、作者侧润色或改稿、response to reviewers、投稿前项目审计分别转相应 skill，不用于替编辑作最终录用决定或在无原始数据时声称验证数据真实性。

- Skill: `kangwang42/manuscript-peer-review` (Agent Skill, multi-file: 4 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add kangwang42/manuscript-peer-review`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/kangwang42/manuscript-peer-review/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Docs & Writing
- Author: kangwang42 (https://skillmd.com/u/kangwang42)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/kangwang42/manuscript-peer-review

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# 论文同行评审

把同行评审视为有边界的科学评价。先确认是否有权使用 AI 和处理稿件，再从稿件事实建立证据链；不以流畅措辞、通用总分或个人偏好替代方法学判断。

## 1. 审查伦理、授权与范围

先确认以下事项；缺失但会改变审查权限或结论时停下询问。

- 稿件状态：公开论文或预印本、作者自查稿，还是期刊保密投稿。
- 期刊要求：reviewer instructions、评价标准、审稿模式、轮次、截止时间、AI 使用与披露政策。
- 审查资格：用户是否获授权，是否存在利益冲突，哪些主题在专业范围内，是否需要统计或其他专科审稿人。
- 审查范围：正文、补充材料、报告清单、方案、注册、统计分析计划、数据、代码和既往轮次中实际提供了哪些材料。

处理保密投稿时必须遵守：

1. 未确认期刊允许 AI 辅助及其披露要求时，不继续正式审稿。
2. 不把稿件、标题、作者、独特短语、未发表结果或原始数据上传到新的外部服务，也不用这些内容进行公开网络检索。
3. 不尝试识别双盲作者，不联系作者，不让未经期刊许可的第三方参与。
4. 疑似不端只以事实和位置告知编辑，不自行调查、定罪或向作者公开指控。

公开稿或作者本人提供的自查稿可继续，但仍声明输入范围和无法核验项。

## 2. 确认唯一稿件和审查要求

多个候选稿件或轮次并存时，先确认本轮采用的唯一版本。记录：

`稿件与轮次 / 文章类型和研究设计 / 期刊或目标读者 / 提供的附件 / 未提供的关键材料 / 允许的外部核验 / 输出语言和格式 / 是否要求推荐结论`

完整同行评审应读取正文、表图、补充材料和期刊表单。PDF 或 Word 分别用 `pdf` 或 `docx` 提取内容，并核对页码、表格、脚注、公式、图例和补充材料；不能只依据摘要或纯文本抽取结果审完整稿。用户只要求一个章节、一个统计问题或一组可定位意见时按 L 局部审查：读取目标内容、其直接引用的方法/结果/表图和判断所需上下文，明确未审范围，不为给出局部意见强制通读全文或生成完整 reviewer report。

## 3. 整理稿件内容及证据对应关系

在形成评价前，根据稿件原文整理以下内容：

`研究问题与 estimand / 设计、时间零点和场景 / 人群与样本流 / 暴露、干预、比较和结局 / 分析集与缺失 / 主要方法 / 主次与探索性结果 / 表图和补充材料 / 主要论断 / 注册、方案、伦理和数据代码声明`

将每项主要论断与相应方法、数据摘要、结果和表图逐项对应，并明确区分：

- 稿件直接报告的事实；
- 根据稿件进行的可复核计算或一致性检查；
- 审稿人的方法学推断；
- 外部规范或文献支持的判断；
- 因输入缺失而无法判断的事项。

## 4. 分层审查

读取 [references/review-criteria.md](references/review-criteria.md) 中与当前范围适用的部分；生成完整审稿报告时再读取 [references/report-template.md](references/report-template.md)。按文章类型和实际审查问题读取 [references/reporting-guidelines.md](references/reporting-guidelines.md)，识别当前适用的报告规范和方法学评价工具。

完整同行评审依次执行四轮，避免边读边给出失去上下文的零散意见；L 只执行与目标问题及其直接依赖有关的轮次，并声明其它维度未审：

1. **可评审性与报告完整性**：研究类型、问题、方法、样本流和主要结果是否报告到足以评价；报告清单缺项只先记为 `reporting gap`。
2. **数据、方法与统计**：核对稿内数字、分母、定义、时间顺序、设计、偏倚、模型适配、缺失、多重性、不确定性、诊断与验证。
3. **结果与论断**：检查主次层级、阴性结果、表图、敏感性分析、因果或推广措辞是否与证据一致。
4. **透明度、伦理、语言与呈现**：检查注册和方案偏离、伦理与利益声明、数据代码可用性、术语、结构、可复现性和妨碍理解的语言问题。

量化稿件同时读取 `../academic-publishing/references/statistical-reporting.md`，按研究问题、estimand、分析集、方法、结果、表图和结论双向核对。不得用单个通用阈值代替对样本量、事件数、模型复杂度、估计精度和验证设计的整体判断。

## 5. 区分数据核验深度

| 实际输入 | 允许的结论 |
| --- | --- |
| 只有稿件 | 核对稿内样本流、分母、比例、估计值、区间、P 值、单位、表图和章节一致性；异常数值只作为需解释的信号 |
| 稿件加补充材料、注册或方案 | 进一步核对预设终点、分析集、时间、偏离和补充结果 |
| 用户授权的数据与代码 | 保持原始数据只读；项目级链路交给 `epi-project-audit`，指定复算交给对应 R/Python 执行层，实跑后把证据返回本报告 |

没有原始数据时不得写“数据真实”“已复现”或“无数据错误”。没有执行代码时不得把公式目测称为结果复算。

## 6. 建立问题清单

每条问题使用唯一 ID，并记录：

`类型 / 严重度 / 稿件位置 / 观察到的事实 / 判断依据 / 对有效性或解释的影响 / 最小可行动请求 / 核验状态`

类型使用以下集合：

- `reporting gap`：缺少信息，暂时无法判断做法是否正确；
- `inconsistency`：数字、定义、方向、时间或表图互相冲突；
- `method/statistics`：设计、偏倚控制或分析本身存在可说明的缺陷；
- `interpretation`：结论、因果、临床意义或可推广性超过证据；
- `language/presentation`：确实妨碍理解、复现或准确解释；
- `ethics/editor-only`：需编辑保密处理的伦理、完整性或利益冲突信号。

严重度按影响定义，不按意见篇幅定义：

- `major`：可能改变主要结论、有效性、偏倚、可解释性或复现性，或使主要主张目前无法判断；
- `minor`：不改变主要推断，但影响清晰度、完整性、精确性或呈现；
- `query`：关键信息含混，作者回答后才能判定严重度。

额外分析或实验必须标明是“支撑当前主张所必需”还是“仅能扩展或强化”。不要求超出稿件问题和目标范围的新研究，不以建议引用审稿人本人工作增加引文。

## 7. 生成报告

完整同行评审使用 [references/report-template.md](references/report-template.md) 的结构，至少包含审查依据与限制、稿件概述、优点、major comments、minor comments、覆盖矩阵和未核验项。L 局部审查只交付可定位意见、依据、影响、最小修订请求及明确的未审范围，不补写全文概述、优点、覆盖矩阵或推荐结论来伪装成完整报告。

- 只有期刊表单或用户明确要求时给 accept/revise/reject 或数字评分，并严格使用该期刊定义；有效性与期刊优先级分开说明。
- 只有存在真实敏感事项或期刊要求时写 confidential comments to the editor；科学评价原则上同时出现在作者可见部分，二者不得矛盾。
- 语言意见聚焦可理解性、术语、逻辑和论断强度，不逐句改写基本清楚的稿件，不把非母语表达当作科学质量替代指标。
- 输出 Word 或 PDF 时分别交给 `docx` 或 `pdf`；交付前可用 `academic-humanizer` 仅校准专业语气、结构和论断强度，不得改变事实、严重度或科学判断。

## 8. 反向核验后交付

完整同行评审逐项确认下列内容；L 只核对目标意见及其直接依据，并明确哪些维度、材料和结论没有审查：

- 每条 major comment 都能定位到稿件或已核验外部标准，并说明为何影响主要判断；
- `reporting gap` 没有被写成已证实的方法错误，疑似完整性问题没有被写成不端结论；
- 所有数字、引文、期刊要求和指南版本均来自真实输入或已核验来源；
- 意见无重复、严重度一致，作者问题与建议一一对应；
- 必需的额外工作与可选扩展已分开，未用个人风格偏好或显著性结果决定评价；
- 数据、方法、统计、解释、报告、语言和伦理各维度均写明发现或“在已审范围内未见实质问题”；
- 明确列出未提供材料、专业范围外内容和未实际复核的公式、代码、原始数据或参考文献；
- AI 使用和披露符合期刊政策，报告没有泄露保密信息或暴露双盲身份。