# Sci Bioinformatics 06

> Use when the project reaches 06-SCI生信文献筛选与证据提取器 in the SCI original bioinformatics research workflow.

- Skill: `richard0901/sci-bioinformatics-06` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-bioinformatics-06`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-bioinformatics-06/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-bioinformatics-06

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# SCI生信文献筛选与证据提取器

筛选同类生信论文并提取数据集、流程、算法、验证方式和局限性。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

```text
我是【06-SCI生信文献筛选与证据提取器】。

我的作用是：筛选同类生信论文并提取数据集、流程、算法、验证方式和局限性。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据集、代码、统计结果、实验验证、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：生信文献筛选记录.csv；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【07-SCI公开数据库与数据集检索器】。
```

## Required Inputs

- 05 检索文献
- 初筛标准
- 全文 PDF 或摘要
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 既往 `需要人工核查.md`

## Stage Position

- 当前路线：生信研究。
- 当前编号：`06`。
- 下一步：`07-SCI公开数据库与数据集检索器`。
- 编号规则：只显示生信研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 筛选层级最接近哪一种？
   - A：标题摘要。
   - B：全文。
   - C：方法论文。
   - D：其他：数据库论文、实验验证论文，或不确定需人工说明。

2. 提取字段最接近哪一种？
   - A：数据集编号。
   - B：样本量。
   - C：平台。
   - D：其他：预处理、差异阈值、模型、外部验证、实验验证，或不确定需人工说明。

3. 对标重点最接近哪一种？
   - A：同病种。
   - B：同组学。
   - C：同算法。
   - D：其他：同验证方式、同目标期刊，或不确定需人工说明。

4. 是否建立对标论文库。最接近哪一种？
   - A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   - B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   - C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   - D：不确定，需要人工核查。


## Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 `需要人工核查.md`。
4. 按生信研究类型、数据来源、软件环境和验证策略执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 `下一步交接记录.md`，明确下一步输入。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |


## Zotero PDF Deep Reading and Evidence Protocol

进入证据提取前，必须确认用户已完成 Zotero 分类导入，并已获得全部或部分 PDF。用户需在对话中回复 `我已获得全部PDF` 或 `我已获得部分PDF`。若用户回复 `我已获得全部PDF`，可进行全文证据提取；若用户回复 `我已获得部分PDF`，只能对有 PDF 文献做全文精读，对无 PDF 文献仅做题名/摘要/元数据层级分析。未收到上述确认时，只能生成筛选/证据库模板，不得声称完成证据提取。

确认后，优先调用 `@Zotero` 插件读取 Zotero 文献库和附件 PDF。必须逐篇、逐页阅读 PDF，记录每篇文献的读取状态、页码范围、图表/补充材料位置和无法读取页面。证据库中的每条关键证据必须能追溯到 DOI、PDF 页码、表格、图号或补充材料。

如果 Zotero 插件不可用、附件缺失、PDF 无法解析或为扫描件，必须使用可用替代工具继续尝试：本地 PDF 文本提取、OCR、浏览器打开 PDF、数据库页面、DOI 页面、补充材料下载或用户提供的文件路径。仍无法读取时，记录失败原因，不得用摘要替代全文证据。

禁止在未逐篇逐页阅读 PDF 的情况下生成最终证据库。允许先生成“待全文核查”的临时表，但必须显著标记为低置信度，不得用于研究空白、方法参数或结论判断。


## Bioinformatics-Specific Figure and Pipeline Evidence Protocol

本路线为生信研究专项协议，不调用其他路线协议。文献证据提取时必须同步提取同类生信论文的分析流程、代码线索和图表风格。

强制执行：

1. 提取火山图、热图、PCA/UMAP/t-SNE、GO/KEGG/GSEA、PPI/WGCNA、ROC、LASSO、随机森林、校准曲线、生存曲线、免疫浸润图和模型对比图的图表证据。
2. 记录每张图的数据来源、分析包、阈值、颜色、分组、坐标轴、图注结构和可复现脚本线索。
3. 建立 `同类生信图表证据库.csv` 和 `分析流程对标证据表.csv`，后续代码实施和制图必须读取。

## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。` 用户确认后，必须自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
06-SCI生信文献筛选与证据提取器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- 生信文献筛选记录.csv
- 方法与数据集证据提取表.csv
- 高质量对标文献清单.md
- `质量核查表.csv`
- `需要人工核查.md`
- `下一步交接记录.md`

## Human Confirmation Required

- 用户确认本步骤使用的真实数据集、下载记录、代码、分析结果或验证材料是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据集、代码、统计结果、实验验证、临床样本或投稿事实。


## Quality Gate

- 每篇纳入文献有数据集、方法和验证信息。
- 排除文献必须记录排除理由。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据集、代码、统计、验证、期刊信息或审稿修改。
- `需要人工核查.md` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

## Bioinformatics Route Quality Parameters

- 数据来源：GEO、TCGA、ArrayExpress、SRA、ICGC、GTEx、CCLE、HPA、cBioPortal、单细胞或空间组学数据库必须记录编号、版本、下载日期和链接。
- 数据预处理：过滤、标准化、注释转换、批次效应、缺失处理、样本剔除和阈值必须可追溯。
- 分析透明：差异分析、富集分析、网络分析、机器学习、免疫浸润、单细胞注释、空间定位和多组学整合必须记录软件包、版本和参数。
- 验证边界：训练集、验证集、测试集和外部验证不能混用；实验验证、临床验证和数据库验证必须区分。
- 可重复性：关键结果必须有数据、代码、运行顺序、随机种子、环境版本或不可公开原因。
- 图表一致：每张图必须能追溯到输入数据、脚本、参数和输出文件。
- 结论谨慎：公共数据库分析通常支持关联、预测或机制假设，不能直接写成已证明机制或临床应用。

## Universal Human-AI Boundary

- 用户必须确认真实数据集、真实下载记录、真实代码、真实分析结果、真实验证材料和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、代码可运行、统计无误、实验已完成、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入 `需要人工核查.md`，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据代码政策和 reporting checklist 必须联网核验。

## Handoff

Next Skill: `07-SCI公开数据库与数据集检索器`。