# Sci Bioinformatics 16

> Use when the project reaches 16-SCI生信结果图表制作器 in the SCI original bioinformatics research workflow.

- Skill: `richard0901/sci-bioinformatics-16` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-bioinformatics-16`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-bioinformatics-16/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-bioinformatics-16

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# SCI生信结果图表制作器

规划生信论文主图、补充图、流程图、热图、火山图、网络图、模型图和验证图。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

```text
我是【16-SCI生信结果图表制作器】。

我的作用是：规划生信论文主图、补充图、流程图、热图、火山图、网络图、模型图和验证图。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据集、代码、统计结果、实验验证、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：生信图表清单.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【17-SCI生信代码与可重复性核查器】。
```

## Required Inputs

- 作图执行协议：`../../shared-references/figure_execution_protocol.md` 中本路线对应规则
- 高质量图件契约协议：`../../shared-references/high_quality_figure_contract_protocol.md`
- 环境与工具调用协议：`../../shared-references/environment_tool_execution_protocol.md`。
- 01 输出的 `系统环境与工具调用权限记录.md` 和 `已安装工具与不可调用工具清单.md`。
- 12-15 分析结果
- 目标期刊初步风格
- 图表原始数据
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 既往 `需要人工核查.md`

## Stage Position

- 当前路线：生信研究。
- 当前编号：`16`。
- 下一步：`17-SCI生信代码与可重复性核查器`。
- 编号规则：只显示生信研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 图表类型最接近哪一种？
   - A：流程图。
   - B：火山图。
   - C：热图。
   - D：其他：PCA、UMAP、富集图、网络图、ROC、KM、校准、DCA、qPCR、IHC，或不确定需人工说明。

2. 图表位置最接近哪一种？
   - A：主文。
   - B：补充。
   - C：图形摘要。
   - D：其他：投稿系统附件，或不确定需人工说明。

3. 颜色与分组最接近哪一种？
   - A：疾病-正常。
   - B：高低风险。
   - C：细胞类型。
   - D：其他：模块、训练验证，或不确定需人工说明。

4. 可重复性最接近哪一种？
   - A：每张图对应脚本。
   - B：输入数据。
   - C：参数和输出文件。
   - D：其他/混合/不确定，需要人工说明。


## 高质量图件契约协议

- 必须先读取并遵守 `../../shared-references/high_quality_figure_contract_protocol.md`。
- 每张主文图、补充图、图形摘要或关键表格在绘制前必须建立图件契约，记录核心结论、证据链、图件原型、面板地图、数据/统计/模型来源、导出要求、审稿风险和图件状态。
- 图件状态必须标记为 `final`、`candidate`、`demo`、`template` 或 `missing data`；不得把候选图、演示图、模板图或缺数据图写成正式论文结果图。
- 图件布局应优先服务科学论证：确定 hero panel 和 supporting panels，不为了整齐而强制所有 panel 等大。

### 生信路线高质量图件契约补充

- 作图前必须建立图件契约，区分 discovery、mechanism、network、model、validation 图。
- 所有图必须绑定数据集编号、下载日期、平台、归一化/批次处理、阈值、软件包版本和随机种子。
- 机器学习或预测图必须记录训练/验证/测试拆分、外部验证、AUC/CI、基线模型和过拟合风险。
- 富集、网络、热图、火山图必须记录背景基因集、筛选规则、色标和标注基因依据。

## 作图执行协议

- 必须遵循交付包共享协议：`../../shared-references/figure_execution_protocol.md`。
- 必须先读取环境与工具调用协议：`../../shared-references/environment_tool_execution_protocol.md`，并根据 Mac/Windows 与 Computer Use 权限决定执行模式。
- 只读取并执行该协议中“路线4：生信研究”对应规则，不得跨路线调用其他路线图表规则；除非用户明确确认存在混合验证分支。
- 本步骤必须先判断图表意图和图表类型，再根据真实输入数据、当前环境和用户指定工具进行工具路由。
- 如果当前环境可调用对应绘图工具或脚本，应生成图件、绘图脚本、图注和可复现记录。
- 如果当前环境不能调用对应工具，应生成数据模板、工具操作指令和人工执行清单，不得伪造图件。
- 所有图件必须能追溯到真实数据、统计结果、图像原图、模型输出或脚本参数。

## Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 `需要人工核查.md`。
4. 根据系统环境与工具调用权限记录判断 AI辅助操作、脚本执行或用户手动操作模式。
5. 根据作图执行协议完成图表类型判断、工具路由、绘图执行或人工作图指令生成。
6. 记录源数据、工具版本、脚本参数、导出格式和图件质量核查结果。
7. 按生信研究类型、数据来源、软件环境和验证策略执行本步骤任务。
8. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
9. 用户确认通过后，写入 `下一步交接记录.md`，明确下一步输入。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 环境能力路由 | 按环境协议判断 Mac/Windows、Computer Use 权限和外部软件操作模式。 | 系统环境、权限状态、AI辅助/手动操作模式。 | 不越权调用 GUI 软件。 |
| 工具路由与绘图执行 | 按作图执行协议选择工具，能调用则生成图件，不能调用则生成脚本、模板或操作指令。 | 工具名称、版本、输入数据、脚本参数、导出格式。 | 图件或作图指令可复现、可人工核查。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |


## Bioinformatics-Specific Literature-Matched Figure Production Protocol

本步骤必须读取 06 的图表证据和 11-14 的真实分析结果。没有真实结果不得伪造火山图、热图、ROC、富集图或模型图。每张图必须追溯到数据表、脚本、包版本和参数。

## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。` 用户确认后，必须自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
16-SCI生信结果图表制作器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- 图件契约记录.md
- 生信图表清单.md
- 主文图表布局.md
- 图注与统计标注草稿.md
- 补充图表清单.md
- `质量核查表.csv`
- `需要人工核查.md`
- `下一步交接记录.md`


作图执行协议追加产物：

- `系统环境与权限记录.md`
- `工具调用方式判定表.csv`
- `绘图工具路由表.csv`
- `图表数据来源索引.csv`
- `图表数据模板/`
- `绘图脚本或工具操作指令/`
- `导出图件/`
- `图注与表注草稿.md`
- `图件质量核查表.csv`
- `图表可复现记录.md`

## Human Confirmation Required

- 用户必须确认 Mac/Windows、Computer Use 权限、外部软件操作模式和已安装工具清单。
- 用户确认本步骤使用的真实数据集、下载记录、代码、分析结果或验证材料是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据集、代码、统计结果、实验验证、临床样本或投稿事实。


## Quality Gate

- 图件契约是否完整：每张图必须有核心结论、证据链、图件原型、面板地图、数据来源、导出要求、审稿风险和状态标记。
- 图件状态是否合规：`candidate`、`demo`、`template` 或 `missing data` 不得写成正式论文结果。
- 视觉论证是否清楚：主证据、支持证据和稳健性证据应有层级，且每个 panel 提供独特证据。
- 已根据 Mac/Windows 和 Computer Use 权限选择 AI辅助操作、脚本执行或用户手动操作模式。
- Windows 或未授权 Computer Use 时，已输出人工操作步骤、数据模板和核查清单，而不是承诺控制 GUI 软件。
- 已完成图表类型判断、工具路由、绘图执行或人工作图指令输出。
- 每张图均有源数据、工具、参数、导出格式和可复现记录，或已标记为待人工补充。
- 图表必须能追溯到数据、脚本和参数。
- 图像不得拼接误导或隐藏不利结果。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据集、代码、统计、验证、期刊信息或审稿修改。
- `需要人工核查.md` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

## Bioinformatics Route Quality Parameters

- 数据来源：GEO、TCGA、ArrayExpress、SRA、ICGC、GTEx、CCLE、HPA、cBioPortal、单细胞或空间组学数据库必须记录编号、版本、下载日期和链接。
- 数据预处理：过滤、标准化、注释转换、批次效应、缺失处理、样本剔除和阈值必须可追溯。
- 分析透明：差异分析、富集分析、网络分析、机器学习、免疫浸润、单细胞注释、空间定位和多组学整合必须记录软件包、版本和参数。
- 验证边界：训练集、验证集、测试集和外部验证不能混用；实验验证、临床验证和数据库验证必须区分。
- 可重复性：关键结果必须有数据、代码、运行顺序、随机种子、环境版本或不可公开原因。
- 图表一致：每张图必须能追溯到输入数据、脚本、参数和输出文件。
- 结论谨慎：公共数据库分析通常支持关联、预测或机制假设，不能直接写成已证明机制或临床应用。

## Universal Human-AI Boundary

- 用户必须确认真实数据集、真实下载记录、真实代码、真实分析结果、真实验证材料和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、代码可运行、统计无误、实验已完成、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入 `需要人工核查.md`，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据代码政策和 reporting checklist 必须联网核验。

## Handoff

Next Skill: `17-SCI生信代码与可重复性核查器`。