# Sci Clinical 13

> Use when the project reaches 13-SCI临床数据采集表与变量字典生成器 in the SCI original clinical research workflow.

- Skill: `richard0901/sci-clinical-13` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-clinical-13`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-clinical-13/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-clinical-13

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# SCI临床数据采集表与变量字典生成器

生成 CRF、变量字典、数据采集规则、编码规则和数据质控要求。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

```text
我是【13-SCI临床数据采集表与变量字典生成器】。

我的作用是：生成 CRF、变量字典、数据采集规则、编码规则和数据质控要求。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、患者数据、统计结果、伦理注册、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：CRF数据采集表.xlsx结构说明.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【14-SCI临床数据清洗与缺失值处理器】。
```

### 研究实施阶段入口提示

本步骤正式进入【临床研究】的研究实施阶段，核心任务是：临床数据采集结构化、变量字典和数据表设计。

对话中必须明确告诉用户：

```text
我们从这一步正式进入研究实施阶段。你可以在这一阶段和我充分交互，持续补充材料、调整方案、核查数据、整理记录和完善交付文件；我会协助你完成科学研究过程中的具体工作。
本阶段产生或更新的文档会放置在当前项目对应的临床研究实施交付结果文件夹中，并在交接记录中列明路径。
只有当你回复“我已确认完成本步骤的研究工作”后，我才会进入下一步骤。
```

不得把普通的“确认”“继续”“下一步”理解为本阶段完成。

### 本路线研究实施阶段可协助事项

进入本步骤时，必须向用户说明：在临床研究实施阶段，可以围绕临床数据采集结构、变量字典和质控规则持续协作，但不能替代用户访问患者数据、确认伦理审批或处理未授权隐私信息。

可协助事项：

- 设计 CRF、变量字典、字段编码、单位、时间点、终点变量、协变量和随访变量结构。
- 梳理纳入排除标准、主要/次要终点、随访窗口、分析集定义和数据采集流程。
- 制定数据录入、缺失值、异常值、逻辑检查、范围检查、双录入、审计追踪和版本管理规则。
- 帮助记录伦理审批、注册、知情同意、数据授权、脱敏处理、隐私保护和人工确认缺口。
- 核查变量设计是否与 PICO、统计计划、报告规范和后续图表制作需求一致。
- 为下一步数据清洗、统计分析、Table 1、流程图和终点图表准备可追溯数据包。

必须提醒用户：真实患者数据获取、IRB/伦理审批、临床注册、知情同意、隐私脱敏、数据授权和最终医学判断必须由用户确认；AI 只能协助表单设计、变量结构化、质控规则和交付文档整理。

## Required Inputs

- 12 纳排标准与样本流转
- 终点定义表
- 数据采集场景
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 既往 `需要人工核查.md`
- 图表就绪数据包协议：../../shared-references/figure_ready_data_package_protocol.md

## Stage Position

- 当前路线：临床研究。
- 当前编号：`13`。
- 下一步：`14-SCI临床数据清洗与缺失值处理器`。
- 编号规则：只显示临床研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

### 研究实施阶段定位

- 本步骤是【临床研究】从方案/证据准备进入正式研究实施的入口。
- 本阶段允许用户多轮交互、补充材料、修订实施细节、更新数据文件和完善过程记录。
- 本阶段所有新增或更新文件必须写入当前 Skill 输出目录或交付结果文件夹，并在 `研究实施交互记录.md` 与 `下一步交接记录.md` 中列明。
- 未收到用户原文回复 `我已确认完成本步骤的研究工作` 前，不得自动启动下一步 Skill。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 变量类型最接近哪一种？
   - A：人口学。
   - B：病史。
   - C：实验室。
   - D：其他：影像、治疗、随访、终点、不良事件，或不确定需人工说明。

2. 数据格式最接近哪一种？
   - A：连续。
   - B：分类。
   - C：日期。
   - D：其他：文本、量表、影像编号，或不确定需人工说明。

3. 采集方式最接近哪一种？
   - A：电子病历。
   - B：人工 CRF。
   - C：EDC。
   - D：其他：随访电话、可穿戴设备，或不确定需人工说明。

4. 质控规则最接近哪一种？
   - A：范围检查。
   - B：逻辑检查。
   - C：双录入。
   - D：其他：审计追踪，或不确定需人工说明。


## 图表就绪数据包协议

本步骤必须读取 `../../shared-references/figure_ready_data_package_protocol.md`，把所有可能进入图表制作器的数据整理成可作图、可追溯、可核查的数据包。

通用执行要求：

1. 只要本步骤生成数据整理、统计、模型、后处理或分析输出，就必须同步输出或更新 `figure_ready_data_package.csv`、`figure_panel_mapping.csv`、`source_data_traceability.csv` 和 `figure_missing_data_checklist.md`。
2. 每条图表候选数据必须记录单位、来源文件、分析方法或脚本、参数/模型版本、数据状态和允许图件用途。
3. 缺少来源、单位、统计方法、参数版本、模型版本或图件用途的数据，必须写入 `figure_missing_data_checklist.md`，不得作为正式图件数据。
4. `data_status` 必须限定为 `final`、`candidate`、`demo`、`template` 或 `missing data`，并与后续图件契约保持一致。

本节点专项补充：临床变量字典节点必须提前标注 variable_name、variable_label、unit、coding_rule、variable_role、timepoint、missing_code、derived_flag 和 figure_eligibility，使后续 Table 1、流程图和终点图表不再临时解释变量含义。

## Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 `需要人工核查.md`。
4. 按临床研究类型和报告规范执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 `下一步交接记录.md`，明确下一步输入。

### 研究实施交互记录

本步骤必须创建或更新 `研究实施交互记录.md`，至少记录：

- 用户在本阶段补充的材料、数据、文件路径、限制条件和修改要求。
- AI 已协助完成的研究实施工作、生成/更新的交付文件和文件所在目录。
- 本路线研究实施阶段可协助事项中已提示用户的协作范围、AI 已实际协助事项和必须由用户确认的事项。
- 尚未完成、无法确认或必须由用户线下完成的研究事项。
- 是否收到固定完成语句：`我已确认完成本步骤的研究工作`。

当用户持续交互而尚未给出固定完成语句时，应继续协助本阶段工作，不得催促跳转下一步。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |


## Clinical-Specific Data Collection Implementation Protocol

本步骤升级为临床数据采集实施入口，不调用其他路线协议。

强制执行：

1. 必须生成 CRF 表、变量字典、数据录入模板、缺失值编码规则、脱敏规则和数据核查清单。
2. 必须规划文件夹：`原始数据_待用户放入/`、`CRF模板/`、`变量字典/`、`伦理与授权文件/`、`数据清洗日志/`、`统计输出预留/`。
3. 必须给出反馈口令：`已完成临床数据反馈` 或 `已放入脱敏数据`。
4. 没有真实脱敏数据时，14/15 不得继续声称完成清洗或统计。

## Research Implementation Completion Gate

本步骤是【临床研究】研究实施阶段入口，必须覆盖普通自动交接规则。

强制门禁：

1. 只有用户在对话中原文回复 `我已确认完成本步骤的研究工作`，才允许把本步骤状态写为“研究实施阶段已完成”。
2. 用户回复普通的 `确认`、逐项确认、`继续`、`下一步` 或确认人工核查清单，只能表示当前材料已被核对，不能触发下一步 Skill。
3. 未收到固定完成语句前，必须继续停留在本步骤，围绕临床数据采集结构化、变量字典和数据表设计协助用户交互、整理、核查和更新文件。
4. 收到固定完成语句后，必须更新 `研究实施阶段确认记录.md`、`研究实施交互记录.md`、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`，再允许启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。
5. 若存在真实数据、伦理、授权、版权、账号、付费、隐私或投稿相关事项，仍必须由用户最终确认；固定完成语句不替代这些合规确认。

推荐复制确认必须单独给出：

```text
我已确认完成本步骤的研究工作
```

## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 若且仅若用户已回复 `我已确认完成本步骤的研究工作`，才允许启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill；否则继续停留在本研究实施阶段。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，仍必须等待用户回复 `我已确认完成本步骤的研究工作`；未收到前不得启动下一步 Skill。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`；逐项确认后仍必须等待固定完成语句，不能自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认本阶段材料是否无误。` 用户普通确认后仍不得自动启动下一步；必须等待用户回复 `我已确认完成本步骤的研究工作` 后，才允许启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
13-SCI临床数据采集表与变量字典生成器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- CRF数据采集表.xlsx结构说明.md
- 变量字典.csv
- 数据质控规则.md
- `质量核查表.csv`
- `需要人工核查.md`
- `下一步交接记录.md`

## 图表就绪质量门禁

- 图表就绪数据包是否完整：是否输出或更新 `figure_ready_data_package.csv`、`figure_panel_mapping.csv`、`source_data_traceability.csv` 和 `figure_missing_data_checklist.md`。
- 字段是否可作图：是否包含图号、panel、变量、分组/工况、数值、单位、样本量或案例编号、统计/模型结果、来源文件和脚本/方法。
- 状态门禁是否正确：`candidate`、`demo`、`template`、`missing data` 是否未被写成正式论文结果。
- 图表契约衔接是否明确：是否能交给下一步图表制作器生成或更新 `图件契约记录.md`，并逐 panel 追溯到数据行。

### 研究实施阶段新增文件

本步骤还必须生成或更新：

- `研究实施交互记录.md`
- `研究实施阶段确认记录.md`

这两个文件必须写入本步骤输出目录或对应交付结果文件夹，并在 `下一步交接记录.md` 中列明。

## Human Confirmation Required

- 用户确认本步骤使用的真实材料、数据、伦理/注册或统计信息是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的伦理审批、注册编号、患者数据、统计结果或投稿事实。


## Quality Gate

- 每个变量有名称、定义、单位、编码、来源和缺失规则。
- 敏感信息必须标记去标识化要求。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据、统计、伦理、注册、期刊信息或审稿修改。
- `需要人工核查.md` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

## Clinical Route Quality Parameters

- 研究类型：RCT、非随机对照、前瞻性队列、病例对照、横断面、诊断准确性、预后模型、真实世界研究必须分流清楚。
- 伦理合规：伦理批件、知情同意、临床试验注册、数据授权、隐私保护必须由用户提供真实材料。
- 报告规范：RCT 对应 CONSORT，观察性研究对应 STROBE，诊断研究对应 STARD，预后/预测模型对应 TRIPOD，真实世界或常规数据研究可补 RECORD。
- 统计透明：样本量、主要终点、协变量、缺失值、多重比较、亚组、敏感性分析、软件版本和显著性阈值必须可追溯。
- 结果一致：样本流转、Table 1、主要终点、图表、摘要和正文中的 n、效应量、CI、P 值必须一致。
- 临床谨慎性：不能把相关性写成因果，不能把探索性结果写成确证性结论，不能夸大临床应用。

## Universal Human-AI Boundary

- 用户必须确认真实患者来源、真实伦理/注册、真实知情同意、真实数据、真实统计结果和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺伦理合规、数据真实、统计无误、患者授权、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入 `需要人工核查.md`，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、注册要求和 reporting checklist 必须联网核验。

## Handoff

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