# Sci Research Project Initializer

> Use when the project reaches 01-SCI研究项目初始化 in the SCI original research dynamic route workflow.

- Skill: `richard0901/sci-research-project-initializer` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-research-project-initializer`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-research-project-initializer/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-research-project-initializer

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# SCI研究项目初始化

用选择题和材料清单建立“SCI原创研究论文项目卡”，把用户的研究方向、学科、数据来源、研究进度、合规状态、目标期刊和限制条件转化为可供 02 自动分流的结构化输入。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

启动本 Skill 前，必须先执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md` 的项目开始版权确认门禁。

如果当前项目目录没有有效的 `版权与授权确认记录.md`，不得输出正式开场、不得进入初始化选择题、不得生成下游产物；只输出以下版权声明，并等待用户原文回复 `我已悉知并同意遵守授权范围`：

```text
版权声明：

本“原创研究型论文 Skill 系统”及其文档、流程、模板、提示词结构均为原创成果，本系统作者享有著作权及相关权益。

未经本系统作者书面授权，任何个人或机构不得复制、传播、改编、转售、转授权、商用、用于第三方交付、培训授课或嵌入其他产品；违者将依法追究相应法律责任。

如需获取授权或版权合作，请联系本系统作者。

请回复“我已悉知并同意遵守授权范围”后继续。
```

用户确认后，必须创建或更新 `版权与授权确认记录.md`，并记录确认文本、确认时间、当前项目路径和授权边界，再继续以下正式开场。

```text
我是【01-SCI研究项目初始化】。

我的作用是：通过选择题帮你建立 SCI 原创研究论文项目卡，为后面的自动分流做准备。
本步骤会帮助你：把研究方向、已有材料、数据状态、伦理/授权、目标分区和用户限制整理成结构化文件。
本步骤不会做：不会直接判断最终路线，不会替你确认伦理/授权，不会编造数据、文献、实验或期刊信息。
完成后你会得到：SCI原创研究论文项目卡.md；初始材料清单.md；用户选择记录.md；待补材料清单.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【02-SCI学科分支与研究类型自动分流器】。
```

## Required Inputs

- 版权确认协议：`../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`。
- 环境与工具调用协议：`../../shared-references/environment_tool_execution_protocol.md`。
- 当前项目的 `版权与授权确认记录.md`；如果不存在，必须先完成版权确认门禁。
- 研究方向、关键词、已有数据/实验/草稿、目标分区或目标期刊。
- 用户已有材料：文献、数据、实验记录、伦理批件、授权证明、图表、代码、草稿。
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 需要人工核查清单

## Stage Position

- 当前阶段：公共入口与动态分流。
- 当前编号：`01`。
- 下一步：`02-SCI学科分支与研究类型自动分流器`。
- 编号规则：进入路线后只显示当前路线的连续编号，不出现子编号。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 当前材料完整度最接近哪一种？
   - A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   - B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   - C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   - D：不确定，需要人工核查。
2. 当前最需要人工确认的是哪一类？
   - A：文献、数据或实验真实性。
   - B：方法、统计或参数设置。
   - C：图表、正文或投稿格式。
   - D：不确定，需要人工核查。


## Initialization Questions

先让用户做选择题；用户不确定时允许选择 D，并把不确定项写入 `待补材料清单.md`。

### 1. 学科分支

- A：医学/临床/公共卫生/护理/药学。
- B：生物/基础医学/细胞/动物/分子机制。
- C：材料/化学/环境/能源/工程/器件。
- D：管理/经济/教育/心理/交叉学科或不确定。

### 2. 当前研究对象

- A：患者、受试者、病例、影像、临床指标。
- B：细胞、动物、微生物、基因、蛋白、组织样本。
- C：材料、器件、结构、模型、工艺、工程系统。
- D：企业、员工、消费者、问卷对象、组织或公开数据主体。

### 3. 数据或证据主要来源

- A：实验室/平台测试/动物或细胞实验/工程实验。
- B：前瞻性入组、临床试验、临床观察或诊断/预后研究。
- C：既往病历、医院数据库、公开队列、GEO/TCGA、二手数据、问卷或面板数据。
- D：其他/尚未确定/需要人工说明。

### 4. 研究进度

- A：只有初步方向，需要从文献调研和研究空白开始。
- B：已有明确主题或方案，但研究/数据尚未完成。
- C：已有原始数据、实验结果或分析结果。
- D：已有初稿、图表、投稿材料或审稿意见。

### 5. 伦理、授权与合规

- A：已取得伦理批件/注册号/数据授权/材料授权。
- B：按项目性质可能需要，但尚未准备齐。
- C：使用公开数据或非人/非动物材料，可能需要豁免或许可说明。
- D：不确定是否需要。

### 6. 文献与证据基础

- A：已有系统检索式和文献库。
- B：已有部分核心文献。
- C：只有关键词或方向。
- D：已有导师/团队给定文献，但来源和完整性未核查。

### 7. 目标期刊或分区

- A：已有明确目标期刊。
- B：有目标分区或影响因子范围。
- C：只要求 SCI 收录，暂未选刊。
- D：希望后期根据论文质量再选刊。

### 8. 用户限制

- A：希望稳妥完成，优先可发表性。
- B：希望兼顾创新性和可操作性。
- C：希望冲击更高分区，需要增强设计/分析。
- D：有时间、经费、样本、软件、伦理或数据限制。


### 9. 系统环境与工具调用权限

- A：Mac，并允许 Codex 在需要时使用 Computer Use 辅助操作本机应用。
- B：Mac，但不允许 Codex 控制本机应用，只输出脚本、模板和人工操作步骤。
- C：Windows，Codex 不控制本机 GUI 应用，所有外部软件由用户手动操作。
- D：不确定，先按“仅输出脚本、模板和人工操作步骤”的保守模式执行。

## Mandatory Free-Text Confirmation

用户完成选择题后，必须在回复面板继续要求用户补充研究方向或研究思路。必须明确告诉用户：这一步的目的是确定学科分支和研究类型，避免后续自动分流错误。

推荐提示语：

```text
请用一句话说明你的研究方向或研究思路，也可以提供 3-8 个关键词。
这一步是为了确定学科分支和研究类型，避免后续分流错误。
```

同时必须再次确认后续工具授权，不能只依赖前面 A/B/C/D 选择。推荐提示语：

```text
请再次确认：是否全程允许我在需要时使用 Computer Use 辅助数据库、Zotero 或本机应用操作？
可能涉及：自动打开数据库、辅助检索、RIS 导出、Zotero 导入、PDF 读取、本机软件操作。
涉及账号登录、机构权限、付费、版权、伦理或投稿提交时，仍必须由你最终确认。
```

只有当用户同时补充研究方向/研究思路，并明确确认 Computer Use 授权范围后，才允许进入 `02-SCI学科分支与研究类型自动分流器`。否则停留在 01，只生成待补材料清单和人工核查项。


## Core Workflow

1. 检查版权确认记录；未确认时只输出版权声明并等待用户确认。
2. 询问并记录初始化选择题。
3. 强制收集研究方向或研究思路；缺失时暂停，不进入 02。
4. 再次确认是否全程允许使用 Computer Use 辅助数据库、Zotero 或本机应用操作；未确认时暂停或按保守模式记录。
5. 建立结构化项目卡：研究方向、学科、对象、数据来源、进度、合规、文献基础、目标期刊和限制条件。
6. 记录系统环境、Computer Use 权限、外部软件操作模式和已安装工具清单。
7. 建立材料账本：已上传、待上传、缺失、需要人工确认。
8. 标记不能由 AI 承诺的事项：伦理、数据真实性、图片原始性、统计正确性、授权许可。
9. 判断是否满足进入 02 的最低条件。
10. 写入 `下一步交接记录.md`，把 02 需要的字段全部列清楚；所有 Markdown 文件第一行写入版权水印。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 选择题建档 | 按 9 组问题收集用户选择。 | A/B/C/D 和补充说明。 | 信息足以初步分流。 |
| 环境权限确认 | 确认 Mac/Windows、Computer Use 权限、外部软件操作模式和已安装工具。 | 系统环境、权限状态、可调用/不可调用工具。 | 后续工具调用不会越权或误判。 |
| 必填补充 | 要求用户用一句话说明研究方向或研究思路，并再次确认 Computer Use 全程授权。 | 研究方向/关键词、授权范围、限制条件。 | 能确定学科分支和研究类型。 |
| 材料整理 | 列出已上传和待补材料。 | 文件名、用途、缺失项。 | 02 能读取材料账本。 |
| 合规标记 | 初筛伦理、授权、公开数据许可、动物/人体/图片风险。 | 风险等级和人工确认项。 | 不把未知项当作已合规。 |
| 项目卡生成 | 形成结构化项目卡。 | 研究方向、对象、数据、进度、限制。 | 用户可确认和修改。 |
| 下游交接 | 写入交接记录。 | 02 所需字段、风险、缺失项。 | `02-SCI学科分支与研究类型自动分流器` 可以直接读取。 |


## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。` 用户确认后，必须自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
01-SCI研究项目初始化/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- `版权与授权确认记录.md`
- `SCI原创研究论文项目卡.md`
- `初始材料清单.md`
- `用户选择记录.md`
- `待补材料清单.md`
- `下一步交接记录.md`

核心产物：

- `SCI原创研究论文项目卡.md`
- `用户选择记录.md`
- `初始材料清单.md`
- `待补材料清单.md`
- `合规风险初筛.md`
- `系统环境与工具调用权限记录.md`
- `已安装工具与不可调用工具清单.md`
- `下一步交接记录.md`

## Minimum Fields For 02

进入 02 前，必须有以下字段。研究方向或研究思路为必填字段，缺失时不得进入 02，只能停留在 01 继续补充。

- 研究方向或关键词。
- 学科分支初选。
- 研究对象。
- 主要数据来源。
- 当前研究进度。
- 是否已有原始数据/实验结果/草稿。
- 伦理、授权或公开数据许可状态。
- 目标分区或期刊偏好。
- 操作系统、Computer Use 权限和外部软件操作模式。

## Human Confirmation Required

- 用户必须确认项目卡是否准确。
- 用户必须确认 Mac/Windows、Computer Use 权限、外部软件操作模式和已安装工具清单是否准确。
- 用户必须用一句话确认研究方向或研究思路，或提供 3-8 个关键词。
- 用户必须再次确认是否全程允许 Computer Use 辅助数据库、Zotero 或本机应用操作。
- 用户必须确认已有数据、实验、代码、图表、伦理/授权是否真实存在。
- 用户必须确认不确定项是否允许先进入 02 低置信度分流，还是先补材料。
- AI 不得把“用户暂未提供”改写成“已完成/已获得/已验证”。

## Discipline Quality Parameters

- 医学/临床：伦理、注册、纳排标准、终点、混杂因素、样本量、CONSORT/STROBE/STARD/TRIPOD。
- 生物/基础实验：细胞/动物来源、重复次数、抗体/试剂批号、图像原图、ARRIVE/MIQE。
- 材料/工程：制备参数、表征方法、工况、性能指标、重复性、机理解释。
- 生信/数据科学：数据集来源、版本、批次效应、训练验证拆分、代码复现、外部验证。

## Quality Gate

- 9 组初始化问题已回答或标记为未知。
- 已获取研究方向或研究思路。
- 已再次确认 Computer Use 对数据库、Zotero 和本机应用操作的授权范围，或已按保守模式记录。
- 项目卡字段完整，缺失项可追溯。
- 合规风险初筛已生成。
- 系统环境与工具调用权限记录已生成；不确定时已按保守模式标记。
- 没有虚构文献、数据、统计、伦理或期刊信息。
- `需要人工核查` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且明确进入 02。


## 通用质量底线

- 不编造文献、研究空白、数据、实验、统计、伦理、期刊信息或审稿修改。
- 研究类型决定主路线，学科分支决定每一步质控细节。
- 用户只看到自己当前项目的连续编号路线，不使用 04A、04B、01B 等子编号。
- 本交付版仅包含原创研究型论文路线；二次文献类项目请使用独立流程。
- 每一步必须保存输入、输出、过程记录、质量核查和 `需要人工核查`。


## Handoff

Next Skill: `02-SCI学科分支与研究类型自动分流器`。