# Sci Retrospective 05

> Use when the project reaches 05-SCI回顾性研究文献检索式生成器 in the SCI original retrospective research workflow.

- Skill: `richard0901/sci-retrospective-05` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-retrospective-05`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-retrospective-05/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-retrospective-05

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# SCI回顾性研究文献检索式生成器

围绕回顾性问题、暴露、结局和研究设计生成多数据库检索式。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

```text
我是【05-SCI回顾性研究文献检索式生成器】。

我的作用是：围绕回顾性研究问题、真实世界数据来源、变量定义、结局定义和偏倚控制生成检索式，并按系统环境完成数据库检索、相关性筛选、三级分类和 Zotero 分类导入。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、数据库检索、文献筛选、分类导入、PDF 门禁和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、患者数据、统计结果、伦理授权、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：检索式文件；数据库检索执行记录.md；相关性排序表.csv；强相关文献50篇清单.csv；三级分类方案.md；Zotero导入与分类记录.md；PDF获取门禁记录.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器】。
```

## Required Inputs

- 04 研究问题框架
- 疾病、暴露、结局关键词
- 目标研究设计类型
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 既往 `需要人工核查.md`

## Stage Position

- 当前路线：回顾性研究。
- 当前编号：`05`。
- 下一步：`06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器`。
- 编号规则：只显示回顾性研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 数据库最接近哪一种？
   - A：Web of Science。
   - B：PubMed。
   - C：Embase。
   - D：其他：Scopus、Cochrane Library、Google Scholar，或不确定需人工说明。

2. 这一步文献检索，你最希望优先找到哪一类证据？
   这会决定检索式优先覆盖疾病/人群、暴露或分组变量、结局和统计模型，还是综合检索。
   - A：优先找疾病、人群或病例来源相关文献，例如诊断标准、纳入人群、病例特征。
   - B：优先找暴露因素、分组变量或预测因素相关文献，例如治疗方式、检验指标、风险因素。
   - C：优先找结局、随访和统计模型相关文献，例如预后、复发、生存、并发症、多因素分析。
   - D：自定义或综合检索，例如同时需要变量定义、纳排标准、混杂因素、模型验证或类似研究设计（不确定时推荐）。

3. 检索范围最接近哪一种？
   - A：主题相关原始研究。
   - B：同类回顾性研究。
   - C：预测模型或风险因素研究。
   - D：其他：指南、共识、系统评价、数据库研究，或不确定需人工说明。

4. 是否纳入指南、共识和预测模型报告规范。最接近哪一种？
   - A：纳入指南和共识。
   - B：纳入预测模型报告规范。
   - C：只纳入原始研究。
   - D：其他：全部纳入后人工筛选，或不确定需人工说明。

## Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 `需要人工核查.md`。
4. 判断用户操作系统，并按 Mac/Windows 分流执行数据库检索与 Zotero 交接。
5. 对检索结果进行研究主题相关性排序，仅保留强相关前 50 篇；不足 50 篇时保留全部强相关文献。
6. 根据用户选题对保留文献建立三级目录分类。
7. 按三级分类导入 Zotero，确保 Zotero 中存在对应分类结构。
8. 进入 PDF 获取门禁：要求用户获取全部或部分 PDF；用户未回复 `我已获得全部PDF` 或 `我已获得部分PDF` 前，不得推荐或启动下一步。
9. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
10. 用户确认通过且 PDF 门禁满足后，写入 `下一步交接记录.md`，明确下一步输入。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |


## Database Access, Export, and Zotero Handoff

生成检索式文件后，必须把可复制的完整检索式直接显示在对话框中。随后根据用户已选择的数据库自动在浏览器打开对应入口，例如 Web of Science、PubMed、Scopus、Engineering Village、Google Scholar、CNKI、CSSCI、EBSCO、ProQuest 或路线适用数据库。

打开数据库后暂停流程，提醒用户完成机构登录或自行准备可访问账号；用户必须在对话中回复 `已机构登陆` 后才能继续。不得替用户承诺账号、权限或数据库可访问性。

用户确认登录后，必须先判断操作系统并按系统分流执行。

### Mac 系统强制 Computer Use 规则

- 如果当前用户是 Mac 系统，必须读取并启用 `computer-use` 技能，通过 Mac 本机应用操作完成浏览器、数据库页面、文件下载、文件选择器和 Zotero 导入。
- Mac 系统不得默认退回人工路线；只有在 Computer Use 工具不可用、页面阻断、验证码、付费墙、机构权限不足、系统权限不足、文件选择器不可操作或用户明确拒绝本机辅助操作时，才允许切换为人工步骤。
- 切换人工步骤时，必须在 `系统类型与执行方式判定.md`、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md` 中写明具体原因。
- 涉及账号登录、机构权限、付费、验证码、版权、上传、投稿、创建或修改云端权限等动作时，仍必须按 Computer Use 确认规则由用户最终确认。

### Windows 系统人工操作规则

- 如果当前用户是 Windows 系统，不强制使用 Mac Computer Use。
- 必须生成 `Windows人工操作步骤.md`，用逐步说明指导用户完成数据库检索、命中数记录、RIS/EndNote/BibTeX 导出、Zotero 分类创建、分类导入和 PDF 获取。
- Windows 人工步骤必须包含可复制回复模板，要求用户返回命中数、导出文件路径、Zotero 分类状态和 PDF 获取状态。

### 系统不明规则

- 如果无法判断用户系统，必须先询问或根据环境上下文确认系统类型，不得跳过系统分流。

必须记录数据库入口、检索式、检索日期、命中数、导出格式、RIS 文件、Zotero 导入状态、分类导入状态和 PDF 获取状态。不得在未导入 RIS 或未完成 PDF 门禁时推荐或启动下一步。

## Relevance Ranking, Top-50 Selection, and Classification

数据库检索和导出完成后，必须对候选文献进行主题相关性排序。排序不得只按数据库默认 relevance 或引用次数，必须围绕用户选题建立评分规则。

### 相关性排序要求

- 必须生成 `相关性排序表.csv`。
- 每篇候选文献至少记录：题名、作者、年份、期刊、DOI/PMID/WOS号或数据库编号、摘要可用性、关键词、命中检索式、相关性评分、纳入/排除结论、排除原因或纳入理由。
- 评分维度必须围绕当前路线和用户选题设置，至少覆盖：
- 疾病队列、人群和数据来源是否一致。
- 纳入排除标准、暴露或分组变量是否可借鉴。
- 主要结局、次要结局和随访窗口是否清楚。
- 是否包含混杂因素处理，例如多因素回归、PSM、IPTW、敏感性分析或亚组分析。
- 是否报告缺失值处理、偏倚控制和真实世界数据库质量。
- 必须优先保留与用户研究主题强相关的文献，而不是泛泛相关文献。
- 弱相关或偏题文献必须排除并记录原因。

### 强相关 50 篇限制

- 必须生成 `强相关文献50篇清单.csv`。
- 最多保留 50 篇强相关文献。
- 如果强相关文献不足 50 篇，则保留实际最大数量。
- 不得为了凑满 50 篇纳入弱相关文献。
- 若候选文献数量较大，先用题名、摘要、关键词和数据库元数据做初筛；全文精筛必须等 PDF 门禁满足后交给下一步。

### 三级目录分类

筛选完成后，必须根据用户选题生成 `三级分类方案.md`，并将每篇保留文献映射到三级分类。

- 一级目录：研究主题主线或论文证据模块。
- 二级目录：机制、对象、变量、方法、数据来源、指标或验证方式等中层问题。
- 三级目录：具体子问题、文献用途或证据类型。
- 每篇文献必须有一个主分类；如有辅助分类，必须额外记录。
- 分类不得使用通用模板硬套，必须根据当前研究主题和实际筛选结果生成。
- 本路线的三级分类可参考但不得机械照搬：
- `01-疾病队列与数据来源 / 01.01-医院病历-登记数据库-医保数据库 / 01.02-纳排标准与样本流转`
- `02-变量与结局定义 / 02.01-暴露分组变量 / 02.02-主要与次要结局`
- `03-统计与偏倚控制 / 03.01-混杂因素调整 / 03.02-倾向评分与敏感性分析`

## Zotero Classified Import and PDF Gate

### Zotero 分类导入

- Mac 系统：必须使用 Computer Use 在 Zotero 中创建或确认三级分类，并把最终保留文献按分类导入或归类。
- Windows 系统：必须给出详细人工步骤，指导用户在 Zotero 中创建三级分类并导入/移动文献。
- 不允许只导入一个总文献库后结束；必须形成可追踪的分类结构。
- 必须生成 `Zotero导入与分类记录.md`，记录 Zotero 分类名称、每类文献数量、导入文件、重复项处理状态和失败项。

### PDF 获取门禁

Zotero 分类导入完成后，必须停止，不得自动进入下一步，也不得推荐下一步，直到用户回复以下任一语句：

```text
我已获得全部PDF
```

或：

```text
我已获得部分PDF
```

执行要求：

- 必须生成 `PDF获取门禁记录.md`。
- 必须提醒用户通过合法机构访问、开放获取页面、出版社页面、作者稿、图书馆渠道或合规数据库获取 PDF。
- 不得绕过付费墙、不得规避数据库访问限制、不得替用户承诺版权合规。
- 用户回复 `我已获得全部PDF` 后，记录 PDF 门禁已完全满足，可推荐进入下一步。
- 用户回复 `我已获得部分PDF` 后，记录 PDF 门禁部分满足；下一步只能对有 PDF 文献做全文精读，对无 PDF 文献仅做题名/摘要/元数据层级分析。
- 用户未回复上述语句前，下一步 Skill 推荐必须保持阻断状态。

## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 检查 PDF 获取门禁是否已经满足。
3. 如果用户尚未回复 `我已获得全部PDF` 或 `我已获得部分PDF`，必须在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认本步骤产物，但 PDF 获取门禁未满足，禁止自动进入下一步”，并停止等待用户获取 PDF。
4. 如果 PDF 获取门禁已满足，才允许在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认且 PDF 门禁满足，允许自动进入下一步”，并自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前人工核查问题，仍必须检查 PDF 获取门禁；PDF 门禁未满足时不得自动启动下一步。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`，等待用户逐项确认；确认后仍按 PDF 门禁规则决定是否交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认本步骤记录是否无误。` 用户确认后，仍必须按 PDF 门禁规则决定是否允许自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
05-SCI回顾性研究文献检索式生成器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 文献库/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- 回顾性研究文献检索式.md
- 变量与结局关键词表.csv
- 检索范围说明.md
- 系统类型与执行方式判定.md
- 数据库检索执行记录.md
- Windows人工操作步骤.md（仅 Windows 或 Computer Use 不可用时必须生成）
- 相关性排序表.csv
- 强相关文献50篇清单.csv
- 三级分类方案.md
- Zotero导入与分类记录.md
- PDF获取门禁记录.md
- `质量核查表.csv`
- `需要人工核查.md`
- `下一步交接记录.md`

## Human Confirmation Required

- 用户确认本步骤使用的真实数据来源、伦理/授权、变量字段、清洗记录或统计信息是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据授权、伦理豁免、患者数据、统计结果或投稿事实。


## Quality Gate

- 检索式覆盖人群、暴露、结局、研究设计和同义词。
- 不得编造 MeSH、文献数量或数据库结果。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据、统计、伦理、授权、期刊信息或审稿修改。
- `需要人工核查.md` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

## Retrospective Route Quality Parameters

- 研究类型：单中心病例回顾、多中心回顾性队列、病例对照、横断面、注册数据库、保险数据库、真实世界数据、预测模型必须分流清楚。
- 数据合规：数据授权、伦理审批或豁免、去标识化、数据使用协议、公开数据库引用和下载日期必须由用户提供真实材料。
- 时间逻辑：index date、暴露窗口、基线窗口、随访窗口、结局观察窗必须清楚，重点防止 immortal time bias 和时间倒置。
- 混杂控制：混杂因素应结合文献、临床知识、DAG 和统计计划，不能只按 P 值筛选。
- 统计透明：纳排标准、缺失值、PSM/IPTW、多因素模型、敏感性分析、亚组分析、软件版本和效应量必须可追溯。
- 报告规范：观察性研究对应 STROBE，常规医疗数据和数据库研究可补 RECORD，预测模型对应 TRIPOD，诊断研究对应 STARD。
- 结论谨慎：回顾性研究通常只能支持关联或预测，不能直接写成因果证明。

## Universal Human-AI Boundary

- 用户必须确认真实数据来源、真实伦理/授权、真实变量字段、真实清洗过程、真实统计结果和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据合法、伦理豁免成立、统计无误、患者隐私合规、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入 `需要人工核查.md`，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据共享要求和 reporting checklist 必须联网核验。

## Handoff

Next Skill: `06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器`。