# Sci Retrospective 06

> Use when the project reaches 06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器 in the SCI original retrospective research workflow.

- Skill: `richard0901/sci-retrospective-06` (Agent Skill, multi-file: 2 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add richard0901/sci-retrospective-06`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/richard0901/sci-retrospective-06/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Research & Search
- Author: richard0901 (https://skillmd.com/u/richard0901)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/richard0901/sci-retrospective-06

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# SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器

筛选同类回顾性研究并提取数据来源、纳排标准、混杂控制、模型和结局。

> 版权与水印：执行 `../../shared-references/copyright_notice_protocol.md`

## Opening Protocol

```text
我是【06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器】。

我的作用是：筛选同类回顾性研究并提取数据来源、纳排标准、混杂控制、模型和结局。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、患者数据、统计结果、伦理授权、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：文献筛选记录.csv；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【07-SCI回顾性研究空白识别器】。
```

## Required Inputs

- 05 检索文献
- 初筛纳排标准
- 全文 PDF 或摘要
- 上一步 `下一步交接记录.md`
- 用户选择记录
- 既往 `需要人工核查.md`

## Stage Position

- 当前路线：回顾性研究。
- 当前编号：`06`。
- 下一步：`07-SCI回顾性研究空白识别器`。
- 编号规则：只显示回顾性研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

## Decision Questions

> 选择题展示与推荐复制回答：执行 `../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md`

1. 筛选层级最接近哪一种？
   - A：标题摘要。
   - B：全文。
   - C：指南与报告规范单独标记。
   - D：其他/混合/不确定，需要人工说明。

2. 提取字段最接近哪一种？
   - A：数据来源。
   - B：样本量。
   - C：纳排。
   - D：其他：暴露、结局、混杂因素、统计模型、敏感性分析，或不确定需人工说明。

3. 对标重点最接近哪一种？
   - A：同类数据库。
   - B：同类终点。
   - C：同类混杂控制。
   - D：其他：同类报告规范，或不确定需人工说明。

4. 是否建立高质量对标文献库。最接近哪一种？
   - A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   - B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   - C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   - D：不确定，需要人工核查。


## Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 `需要人工核查.md`。
4. 按回顾性研究类型、数据来源和报告规范执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 `下一步交接记录.md`，明确下一步输入。

## Detailed Arrangement

| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |


## Zotero PDF Deep Reading and Evidence Protocol

进入证据提取前，必须确认用户已完成 Zotero 分类导入，并已获得全部或部分 PDF。用户需在对话中回复 `我已获得全部PDF` 或 `我已获得部分PDF`。若用户回复 `我已获得全部PDF`，可进行全文证据提取；若用户回复 `我已获得部分PDF`，只能对有 PDF 文献做全文精读，对无 PDF 文献仅做题名/摘要/元数据层级分析。未收到上述确认时，只能生成筛选/证据库模板，不得声称完成证据提取。

确认后，优先调用 `@Zotero` 插件读取 Zotero 文献库和附件 PDF。必须逐篇、逐页阅读 PDF，记录每篇文献的读取状态、页码范围、图表/补充材料位置和无法读取页面。证据库中的每条关键证据必须能追溯到 DOI、PDF 页码、表格、图号或补充材料。

如果 Zotero 插件不可用、附件缺失、PDF 无法解析或为扫描件，必须使用可用替代工具继续尝试：本地 PDF 文本提取、OCR、浏览器打开 PDF、数据库页面、DOI 页面、补充材料下载或用户提供的文件路径。仍无法读取时，记录失败原因，不得用摘要替代全文证据。

禁止在未逐篇逐页阅读 PDF 的情况下生成最终证据库。允许先生成“待全文核查”的临时表，但必须显著标记为低置信度，不得用于研究空白、方法参数或结论判断。


## Retrospective-Specific Evidence and Figure Protocol

本路线为回顾性研究专项协议，不调用其他路线协议。文献证据提取时必须同步提取 STROBE 流程图、baseline table、PSM 前后平衡图、Love plot、logistic/Cox 森林图、亚组图、敏感性分析表和缺失数据流程图证据。

必须建立 `回顾性图表证据库.csv` 和 `回顾性统计模型对标表.csv`，后续数据清洗、PSM、多因素模型和制图必须读取。

## Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

### 人工核查复制回答要求

输出 `需要人工核查清单` 时，必须在清单后额外提供一个 `推荐复制确认` 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

```text
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
```


每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 `需要人工核查清单` 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

```text
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
```

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、`需要人工核查.md` 和 `下一步交接记录.md`。
2. 在 `下一步交接记录.md` 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 `需要人工核查.md`，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 `下一步交接记录.md`，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 `需要人工核查清单`，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：`需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。` 用户确认后，必须自动启动 `Handoff` 中声明的下一步 Skill。

## Output Files

```text
06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
```

核心产物：

- 文献筛选记录.csv
- 回顾性证据提取表.csv
- 高质量对标文献清单.md
- `质量核查表.csv`
- `需要人工核查.md`
- `下一步交接记录.md`

## Human Confirmation Required

- 用户确认本步骤使用的真实数据来源、伦理/授权、变量字段、清洗记录或统计信息是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据授权、伦理豁免、患者数据、统计结果或投稿事实。


## Quality Gate

- 每篇纳入文献有纳入理由和证据字段。
- 排除文献必须记录排除理由。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据、统计、伦理、授权、期刊信息或审稿修改。
- `需要人工核查.md` 已单独列出。
- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

## Retrospective Route Quality Parameters

- 研究类型：单中心病例回顾、多中心回顾性队列、病例对照、横断面、注册数据库、保险数据库、真实世界数据、预测模型必须分流清楚。
- 数据合规：数据授权、伦理审批或豁免、去标识化、数据使用协议、公开数据库引用和下载日期必须由用户提供真实材料。
- 时间逻辑：index date、暴露窗口、基线窗口、随访窗口、结局观察窗必须清楚，重点防止 immortal time bias 和时间倒置。
- 混杂控制：混杂因素应结合文献、临床知识、DAG 和统计计划，不能只按 P 值筛选。
- 统计透明：纳排标准、缺失值、PSM/IPTW、多因素模型、敏感性分析、亚组分析、软件版本和效应量必须可追溯。
- 报告规范：观察性研究对应 STROBE，常规医疗数据和数据库研究可补 RECORD，预测模型对应 TRIPOD，诊断研究对应 STARD。
- 结论谨慎：回顾性研究通常只能支持关联或预测，不能直接写成因果证明。

## Universal Human-AI Boundary

- 用户必须确认真实数据来源、真实伦理/授权、真实变量字段、真实清洗过程、真实统计结果和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据合法、伦理豁免成立、统计无误、患者隐私合规、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入 `需要人工核查.md`，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据共享要求和 reporting checklist 必须联网核验。

## Handoff

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