# Reference Management

> Save, inspect, format, and verify scholarly references while preserving PubMed-first metadata trust boundaries.

- Skill: `u9401066/reference-management` (Agent Skill)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add u9401066/reference-management`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/u9401066/reference-management/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Coding & Dev Tools
- Author: u9401066 (https://skillmd.com/u/u9401066)
- Updated: 2026-09-17
- Page: https://skillmd.com/skills/u9401066/reference-management

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# Reference Management Skill

觸發：存這篇、save、儲存文獻、列出 references、citation、格式化、PDF、foam、wikilink

## 🔒 核心規則：MCP-to-MCP 優先

| 方法                       | 資料來源               | 使用時機                 |
| -------------------------- | ---------------------- | ------------------------ |
| `save_reference_mcp(pmid)` | pubmed-search API 直取 | **永遠優先**             |
| `save_reference(article)`  | Agent 傳遞 metadata    | 僅 API 不可用時 fallback |

信任層：🔒 VERIFIED（PubMed 原始）→ 🤖 AGENT（`agent_notes`）→ ✏️ USER（人類筆記，AI 不碰）

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## MCP Tools

| 工具                      | 用途                        | 關鍵參數                                   |
| ------------------------- | --------------------------- | ------------------------------------------ |
| `save_reference_mcp` ⭐   | 用 PMID 儲存（推薦）        | `pmid`, `agent_notes?`, `project?`         |
| `save_reference`          | API 不可用時備援            | `article` (dict), `agent_notes?`           |
| `list_saved_references`   | 列出所有已儲存文獻          | `project?`                                 |
| `search_local_references` | 在已存文獻中搜尋            | `query`                                    |
| `get_reference_details`   | 取得單篇完整資訊+格式化引用 | `pmid`                                     |
| `check_reference_exists`  | 檢查是否已儲存              | `pmid`                                     |
| `read_reference_fulltext` | 讀取已下載 PDF              | `pmid`, `max_chars?` (預設 10000)          |
| `format_references`       | 格式化引用清單              | `pmids` (逗號分隔), `style?`, `journal?`   |
| `set_citation_style`      | 設定預設引用格式            | `style` (vancouver/apa/harvard/nature/ama) |
| `rebuild_foam_aliases`    | 重建 Foam wikilink 檔案     | `project?`                                 |

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## 標準工作流

1. `pubmed-search` 搜尋文獻
2. 用戶選擇要儲存的文獻
3. `save_reference_mcp(pmid="...")` → 成功則完成
4. 失敗 → 改用 `save_reference(article={...})`

## agent_notes 指南

好：`"Key SR on remimazolam safety. Covers: CV stability, respiratory effects. Limitation: only ICU."`
壞：`"重要文獻"` ← 太模糊。應包含：關聯性、關鍵發現、方法學優缺、可引用數據。

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## 相關技能

| Skill               | 關係                      |
| ------------------- | ------------------------- |
| literature-review   | 搜尋後呼叫本技能儲存      |
| draft-writing       | 寫草稿時引用已儲存文獻    |
| concept-development | 驗證 novelty 時需文獻支持 |