# Bioinformatics Log Resume

> 为生物信息学多样本批处理脚本设计、实现或审查基于日志的断点续跑。用于 bash/shell 主控脚本需要支持中断后重跑、并行写日志防竞争、按样本写入 success.log 和 fail.log、并且明确禁止通过扫描输出目录或输出文件判断完成状态的场景。适用于给现有流水线补加断点续跑、重构样本循环、或检查实现是否只依赖日志判定完成。

- Skill: `victory-hugo/bioinformatics-log-resume` (Agent Skill, multi-file: 3 files)
- Install (CLI): `npx skillmds@latest add victory-hugo/bioinformatics-log-resume`
- Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/victory-hugo/bioinformatics-log-resume/raw
- Safety review: pending
- Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex
- Category: Coding & Dev Tools
- Author: Victory-Hugo (https://skillmd.com/u/victory-hugo)
- Updated: 2026-09-10
- Page: https://skillmd.com/skills/victory-hugo/bioinformatics-log-resume

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# Bioinformatics Log Resume

## 概述

使用这个 skill 为生物信息学多样本批处理脚本添加或审查断点续跑。该 skill 采用固定的日志驱动协议，只允许通过 `log/` 下的日志文件判断样本是否已完成，禁止通过扫描输出目录、结果文件或中间文件来推断完成状态。

## 固定协议

始终遵循以下规则：

- 在项目脚本启动时创建 `log/` 目录。
- 在 `log/` 下固定使用 `log/.resume.lock`、`log/success.log`、`log/fail.log`。
- 每个样本执行结束后立刻写日志，不能批量补写。
- 只从 `success.log` 第一列的样本 ID 判断是否完成。
- `fail.log` 只记录失败历史，不作为下次运行时的跳过依据。
- 如果样本同时出现在 `success.log` 和 `fail.log`，以成功为准，下次运行跳过。
- 并行场景必须对日志写入加锁，避免多个进程竞争写文件。
- 明确禁止扫盘，不能通过输出目录、结果文件、flag 文件或文件大小判断样本是否已完成。

## 实施流程

按以下顺序组织实现：

1. 识别样本循环的位置，以及样本 ID 的唯一来源。
2. 确定项目根目录，设置 `LOG_DIR`、`LOCK_FILE`、`SUCCESS_LOG`、`FAIL_LOG`。
3. 在主控脚本开始阶段执行 `mkdir -p "$LOG_DIR"` 并初始化日志文件。
4. 在正式处理样本前，从 `success.log` 第一列读取已完成样本集合。
5. 每次准备处理样本时，只检查该样本是否已在已完成集合中；如果在，则跳过。
6. 样本成功完成后，在锁保护下向 `success.log` 追加 `sample_id<TAB>timestamp`。
7. 样本失败后，在锁保护下向 `fail.log` 追加 `sample_id`。
8. 审查并删除任何基于输出文件存在性、输出目录扫描或结果文件完整性的完成判定逻辑。

## Shell 实现要求

- 优先面向 `bash` 或兼容 shell 的主控脚本。
- 默认使用 `flock` 操作 `log/.resume.lock`。
- 成功日志使用 `sample_id<TAB>timestamp` 格式，时间戳推荐 `date -Iseconds`。
- 失败日志默认只写样本 ID；如果需要附加错误信息，应另建独立诊断日志，不要改变 `fail.log` 作为失败样本列表的职责。
- 失败样本默认在下次运行时继续重试，只要其样本 ID 不在 `success.log` 中。
- 默认采用 continue-on-error 的逐样本处理方式，不因单一样本失败而直接让整个批处理退出；只有用户明确要求 fail-fast 时才改变该策略。

## 审查清单

交付前逐项核查：

- 是否只依赖 `success.log` 判断完成状态。
- 是否完全禁止扫盘判断完成。
- 是否每个样本结束后立刻写日志。
- 是否所有日志追加都受锁保护。
- 是否失败样本默认会在后续运行中重试。
- 是否存在样本 ID 重复匹配、模糊匹配或部分匹配问题。
- 是否把日志目录错误地放在 `output/` 内。

## 参考资料

- 日志协议：读取 `references/log-contract.md`
- Shell 模式与反例：读取 `references/shell-patterns.md`