# Revise Sci > 退稿/返修全管道，同时出逐条回复信+修改后正文docx+Patch修订。触发词：改稿、修改稿子、修订正文、退稿改进、返修、revise manuscript、major revision、minor revision、revise and resubmit、point-by-point response、revised manuscript。路由说明：与reviewer-response-sci区分，本技能同时改主稿+出回复包，后者只出回复不改稿；与gsw区分，gsw写新稿，本技能专处理已有稿子的审稿意见驱动修改。 - Skill: `wsxwj123/revise-sci` (Agent Skill, multi-file: 53 files) - Install (CLI): `npx skillmds@latest add wsxwj123/revise-sci` - Raw SKILL.md: https://api.skillmd.com/api/skills/wsxwj123/revise-sci/raw - Safety review: pending - Works with: Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex - Category: Docs & Writing - Author: wsxwj123 (https://skillmd.com/u/wsxwj123) - Updated: 2026-09-17 - Page: https://skillmd.com/skills/wsxwj123/revise-sci --- # Revise-Sci ## Overview Use this skill to turn reviewer comments, the original manuscript, SI, and attachments into two deliverables: a revised manuscript and a structured `Response to Reviewers`. Both come out in Markdown and Word. The workflow is script-gated. Do not skip steps. Do not fabricate experiments, data, statistics, or references. The comment parser accepts both atomic `comment-unit` HTML and reviewer-simulator style report HTML with critique lists. The manuscript atomizer recognizes numbered section headings such as `1`, `1.1`, and `2.3.4` even when the source Word paragraph style is not a formal heading style. ## 开场监工卡（每次启动必打印，逐字给用户） > 返修改稿最容易在这几处翻车，AI 会做但**只有你能核对是不是真做到了**。启动本技能时必须原样打印这张卡： > > 1. **拆意见别信 AI 说全了**：拆完 AI 应给你一份意见清单，你拿原始审稿信**数条数**：有没有被合并成一条、有没有整条漏掉。数目对不上就是漏了。 > 2. **改原意要逐处盯**：每一处改动，AI 应贴「原句 → 改后句」，你确认意思没变、没夹带你没同意的新结论。看不到对照就别放行。 > 3. **覆盖看对照表**：交付前 AI 应给「意见 × 是否回复 × 是否改稿 × 结局」对照表。「改稿」列为空**但结局标 `push_back`（有意驳回不改）**的是正常的，不是漏；真正的漏是：某条既没回复、结局又不是 `completed`/`push_back`/`需作者确认`。分清「有意不改」和「漏改」。 > 4. **缺证据写"需作者确认"是正常的**：AI 没有你的数据/实验时应写「需作者确认」等你补，这不是 bug，请你补齐，别当故障报错。 > 5. **门禁 PASS 只保形式**：门禁只查格式/覆盖/红线这类机械项，**改得对不对、说理通不通，得你自己核**，别把 PASS 当"改对了"。 **【Python 解释器探测·开工第一件事，一次探测全程沿用】** 本文命令里写的 `python3` / `python` 只是 macOS/Linux 的习惯写法，不是硬性要求。动手前先跑一次 `python3 --version`： - 打印出正常版本号 → 本次会话所有命令照抄用 `python3`。 - 报 command not found、没有任何输出、或弹出应用商店 → 改跑 `python --version`，能出版本号就把后续所有命令里的解释器统一换成 `python`。注意 Windows 自带一个 0 字节的 `python3` 占位程序，`python3 --version` 弹商店或无输出就是撞上了它，**不算有 python3**，按"没有"处理（用户也可在 设置 → 应用 → 应用执行别名 里关掉 `python3.exe`）。 - 反过来 `python` 出不了版本号就换 `python3`（macOS 12.3 起系统不再自带 `python`）。 - 两个都出不了版本号 = 这台机器没装 Python，停下来告诉用户先安装，不要硬跑。 - 探测只做这一次，之后所有命令沿用同一个名字，不要每条命令都再试。 ## 跨会话接续（每次开局先跑，与监工卡是两件事） 监工卡是「启动提醒」，接续报告是「续上上一会话的进度」。**每次进入本技能、且 `project_root` 已存在时，先跑接续命令再动手**： ```bash python "<技能>/scripts/session_journal.py" resume --root ``` `env_preflight.py` 会把这条打印为 `RESUME_CMD`（连同 `LOG_CMD` / `CITATION_CHECK_CMD`，均为解析好的绝对路径）。读完接续报告后，**据它跟用户打接续握手**：复述当前 phase、已处理的 comment、以及 `decisions_log.md` 里用户历次要求，问「我接着做 <下一步>，对吗？还是先插新要求？」**等用户确认再继续**。 用户在会话中途**插入任何临时要求**（改哪节、换策略、加/撤某条意见的处理方式）时，**当场 log**，后续会话必读必守： ```bash python "<技能>/scripts/session_journal.py" log --root --note "<用户要求原话>" ``` ## Mandatory Intake Before Any Full Pipeline Run When the user provides a `comments_path`, a `manuscript_docx_path`, or both, do **not** jump straight into `run_pipeline.py`. First, env precheck (soft gate, before any pipeline run): `python scripts/env_preflight.py --cli esearch --py docx`; it writes `env_status.json`, and the last line prints `PRECHECK: OK|ASK|BLOCKED`. BLOCKED (Python too old) → stop and guide upgrade; ASK (missing optional tools like esearch/python-docx) → ask the user per tool whether to install, give guidance, continue only after the user answers installed/skip; OK → continue. Rollback uses `state_manager.py snapshot` + Patch-hash (no git checkpoints). Always run: ```bash python scripts/intake_router.py --comments --manuscript ``` Before any substantive revise work, report to the user: - which `comments_input_mode` was detected; - which branch-specific workflow will be used next; - that the workflow preserves the same atomicization, fragment-only rewrite, anti-AI polish, state-window, anti-forgetfulness, and hard-gate rules; - then ask the user to confirm that routing decision **together with** the desired `project_root` / output path. If the input does **not** match any supported branch: - do not proceed silently; - ask the user whether to map the input to an existing branch or create a new branch; - any new branch must still preserve the same atomicization, fragment-only rewrite, anti-AI polish, state-window, anti-forgetfulness, and hard-gate rules. If the user has **no reviewer comments** and only provides the manuscript: 1. run `python scripts/intake_router.py --manuscript `; 2. ask whether to use `reviewer-simulator` first to generate reviewer comments; 3. check global availability using `python scripts/ensure_global_skill.py --skill-name reviewer-simulator`; 4. if the skill is missing and the user confirms installation, install it from your own skills backup repository (reviewer-simulator subdirectory) before invoking that branch. ## Comment Input Modes - `docx-review-comments`: ordinary reviewer comments exported from email or web into a `.docx`. The parser expects reviewer / major-minor / numbered-comment structure and keeps multiline comments inside one unit. - `docx-review-letter`: ordinary decision-letter style `.docx` files where the structure is usually `editor email -> Reviewer #N overall statement -> numbered comments`. The parser now distinguishes editor statements, reviewer overall statements, and actionable numbered comments instead of collapsing them into a single comment stream. - `reviewer-simulator-html`: HTML generated by `reviewer-simulator`. The parser reads `critique-section / critique-list` blocks and preserves `comment_title`, `problem_description`, `evidence_anchor`, `root_cause`, and `author_strategy`. - `reviewer-response-sci-html`: HTML generated by `reviewer-response-sci`. The parser extracts the original reviewer comment plus seeded `response_en/zh`, `original_excerpt`, `revised_excerpt`, and `revision_location`, then feeds those seeds back into localization and response drafting. - `atomic-comment-html`: already-atomic HTML with `comment-unit` nodes. Existing `comment_id` values are preserved. - `no-comments-manuscript-only`: manuscript exists but reviewer comments are not provided yet. This is not a revise branch by itself; it is an intake state that must first ask whether to bootstrap comments via `reviewer-simulator`. For `docx-review-letter`, the workflow must: 1. distinguish top-of-letter editor statements from numbered editor action items; 2. capture reviewer-level `Overall statement / General assessment / Reviewer statement` text as reviewer-summary seeds, not as the first numbered comment; 3. preserve those statement seeds into downstream response rendering so the exported response package can still show editor/reviewer context explicitly. For `reviewer-response-sci-html`, do not trust the incoming response package at face value: 1. treat seeded response/revision content as structured hints rather than auto-approved final output; 2. prioritize seeded location/original-excerpt hints when localizing the target paragraph; 3. still rerun `revise -> polish -> literature/reference checks -> strict_gate` before delivery. ## Required Inputs - `comments_path` - `manuscript_docx_path` - `project_root` - `output_md_path` - `output_docx_path` Optional but supported: - `si_docx_path` - `attachments_dir_path` - `reference_docx_path` - `journal_style` - `paper_search_results_path` - `references_source_path` - `expected_comments_mode` - `context_token_budget` - `context_tail_lines` ## Output Contract Always produce: - `response_to_reviewers.md` - `response_to_reviewers.docx` - revised manuscript markdown at `output_md_path` - revised manuscript Word at `output_docx_path` - **默认 in-place 保原稿格式**：当原稿是 `.docx` 时，改后稿基于原始 manuscript docx 编辑，未被改的段落、表格、图片、样式、对齐**原样保留**，只替换被点名改写的段落的文字，并按行内标记（`*斜体*`/`**粗**`/``/``）重建 run、继承原段落基础字体（font.name/size/eastAsia）。定位/身份对不上时 **fail-closed 硬停**：`export_docx.py` 退出码 3，把拒绝原因和两个选项（① 重跑加 `--allow-rebuild-fallback` 接受重排版本；② 修锚点后用未改动原稿重跑）显式打给用户，**不再默认静默降级为 md 全量重建**（那会丢原稿表格/图位/对齐并按期刊模板重排，用户却不知情）。只有显式传 `--allow-rebuild-fallback`（run_pipeline 同名 flag 透传）才回退 md 全量重建。原稿非 docx 或无原稿时正常走 md 全量重建（legacy fallback，非降级）。导出模式记录在 `project_state.json` 的 `outputs.manuscript_export_mode`（`in-place` / `in-place-tracked` / `md-rebuild`）。`response_to_reviewers.docx` 不受影响，维持现有固定样式脚本（含 eastAsia）。 - **可选 `--track-changes` 词级修订痕迹**（默认关闭，仅 in-place 生效）：改动段落按 original vs current 的词级 diff 写成带 Word 红蓝增删痕迹的 docx（``/``，仅包住真正变化的词，行内斜体/上下标/粗体在痕迹两侧保留），导出模式记为 `in-place-tracked`。关闭时行为与原 clean in-place 完全一致。详见 Pipeline 段 `export_docx.py` 的 `--track-changes` 说明。 - `precheck_report.md` - `issue_matrix.md` - `manuscript_edit_plan.md` - `final_consistency_report.md` - `data/literature_index.json` - `data/revision_claims.json` - `data/synthesis_matrix.json` - `data/synthesis_matrix_audit.json` - `data/reference_registry.json` - `data/reference_coverage_audit.json` - `figure_index.json` / `reference_index.json`,反向抽取的图、参考交叉索引(每项含 cited_by 与 orphan_type) - `abbreviation_index.json`,反向抽取的缩略语交叉索引(每项含 defined_count / used_count / orphan_type:undefined_use / duplicate_definition / title_abbreviation 为硬错,defined_unused 为软警告) - `manuscript_index.md`,人读版图/参考/缩略语索引与孤儿汇总。启发式抽取,作审查辅助而非红线核验 - `figures/figure_NN.` + `figures/image_manifest.json`,从源 docx `word/media/` 解出的内嵌图(按 zip 出现顺序命名),供最终返修 docx 嵌回。仅二进制搬运,不做 OCR/图像识别;非 docx 输入则目录可能为空 - `manuscript_section_index.json` 每个 section 条目含 `figures` 字段:该节图注/裸图标题锚定的图清单(`figure_id` / `caption` / `image_file` / `source`)。图注文本落在哪节该图即归哪节(definitive);图号→图片文件走 manifest idx 启发式(zip 顺序 ≈ 阅读顺序),故图片绑定标 `image_binding: ordinal_heuristic` ## Pipeline Run the scripts in this exact order: ```bash python scripts/intake_router.py ... python scripts/preflight.py ... python scripts/atomize_comments.py ... python scripts/atomize_manuscript.py ... # 除切 section md 外,为每节写 figures 锚点(figure_id/caption/image_file/source);manifest 此时通常尚未生成,image_file 多为空,由 merge 阶段以 manifest 为准再解析 python scripts/manuscript_index.py --manuscript --project-root --units-dir units # 反向抽取图/参考/缩略语交叉索引,辅助图文一致性、引用完整性与缩略语首展核查(产 abbreviation_index.json)。改稿合并后应对最终 output_md 重跑一次,使索引反映改后稿 python scripts/extract_docx_images.py --manuscript --project-root # 支持 docx 与 pdf,抠出内嵌图到 figures/,供最终返修 docx 嵌回(best-effort;pdf 需 PyMuPDF,缺失则优雅跳过;其他非 docx/pdf 输入自动 no-op) python scripts/build_issue_matrix.py ... python scripts/state_manager.py --project-root refresh python scripts/citation_guard.py ... # if paper_search_results_path is provided # 🔴 [意见清单核对·必停] atomize_comments 之后、revise_units 之前的强制关卡：见下方「## [意见清单核对·必停]（拆意见后、改写前的强制关卡）」。未经用户确认"条数对、无合并、无遗漏"，不得进入 revise_units。 python scripts/revise_units.py --project-root [--paper-search-results ] [--comment-id ] # --comment-id 仅处理单条评论,用于迭代调试;默认全量 python scripts/build_literature_index.py --project-root [--seed-index ] # 不传 --seed-index：行为不变，从 global_id=1 重建库。传 --seed-index：复用撰写项目(gsw/review-writing)已有引文库作种子，**保留种子每条的既有 global_id**，本次返修新查到的文献按去重键(归一DOI>PMID>归一标题)与种子比对，命中种子的复用其编号不新增、真正新的从"种子最大 global_id + 1"续号追加，合并结果写 revise 自己的 data/literature_index.json。**只读种子、不写回撰写项目**(种子扩展语义)。种子读取兼容 gsw 松 schema(global_id/citation_number/id/number/ref_number 任一取号，都缺按数组顺序补号)与根级/data 下任意路径。 python scripts/matrix_manager.py bootstrap ... python scripts/matrix_manager.py audit ... python scripts/merge_manuscript.py --project-root --output-md # md 全量重建(回退路径)时按各节 figures 锚点把图片 markdown 回填到对应节;fail-closed 防幻影删除:manifest 里有但未归到任何一节的图片全部回填到文末 "# Unplaced figures" 区并 stderr/JSON warn,绝不静默丢图。旧工程无 figures 字段则保持原纯文本拼接不变。注:in-place 导出路径不经此重建,图片在原稿内原样保留。图号→图片文件绑定走 ordinal_heuristic(zip 顺序≈阅读顺序,常不一致),故每次都输出一份「图号→图片文件」对照(stderr 醒目 banner + JSON `figure_map`,含 binding=atomize-prefilled/ordinal_heuristic/unresolved),一旦触发 md 重建回退,图按此绑定嵌入,必须人工核对是否错号错位 python scripts/reference_sync.py --project-root --output-md python scripts/build_reference_registry.py --project-root --output-md [--references-source ] [--reference-search-decision ask|approved|declined] python scripts/export_docx.py --project-root --output-md --output-docx [--reference-docx ] [--manuscript-docx ] [--no-inplace] [--allow-rebuild-fallback] [--track-changes] [--author revise-sci] [--date ] [--journal-style journal-manuscript|nature-review|cell-press|lancet-review] # 传 --manuscript-docx <原始稿.docx> 时改后稿默认 in-place 保原稿格式（仅替换被改段落）。定位/身份失败时**硬停退出码 3 并打印两个选项**，不再默认静默降级；显式加 --allow-rebuild-fallback 才回退 md 全量重建。--no-inplace 强制走 legacy 全量重建。run_pipeline 会在原稿为 .docx 时自动传入 --manuscript-docx（并透传 --allow-rebuild-fallback）。 # --track-changes（默认关闭）：in-place 导出时，改动段落不再整段重建成 clean 文本，而是对 original vs current 做**词级 diff**（英文按空白/标点切词、中文按单字切），生成带 Word 修订痕迹的 docx，删除词用 、新增词用 、替换=先删旧后插新；未变的词保持普通 run 不进痕迹。每处 ins/del 带唯一递增 w:id + w:author（--author，默认 revise-sci）+ w:date（--date，默认 datetime.now().isoformat()）。行内格式（*斜体*/**粗**//）随词级 diff 完整保留在痕迹两侧。含内嵌图片的段落仍跳过（保图）。开关关闭时 clean in-place 行为**完全不变**。Word 里“接受全部修订”后正文==current，“拒绝全部修订”后==original。注意：python-docx 的 `.text` 不读 w:ins/w:del 内文，属正常现象（能正常打开），校验请用接受/拒绝后的文本或 docx 技能的 accept_changes.py。 python scripts/final_consistency_report.py ... python scripts/numeric_candidates.py --manuscript --project-root # 数值一致性核查第1层确定性锚；三层(独立检测子代理+delegate_review反向验证+HALT)见下方"数值一致性核查"节。挂在 final_consistency 与 strict_gate 之间 python scripts/structure_outline.py --manuscript --project-root # 交叉引用核查(xref)第1层确定性锚(sections/figures/tables/items)；三层见下方"交叉引用核查"节。与 numeric 同源、numeric 之后 python scripts/methods_terms.py --manuscript --project-root # 方法学漏写核查(M)第1层弱锚(authority:weak_focus_map)；三层+实验稿门见下方"方法学漏写核查"节。综述稿(journal_style∈{nature-review,lancet-review})跳过 M python scripts/strict_gate.py ... ``` **数值一致性核查（三层·final_consistency 与 strict_gate 之间·HALT 交用户裁决）**：数值矛盾天然跨摘要/结果/表，必须返修后全文成形后跑。读**返修后的 `output_docx`**（in-place 保格式，docx 表格 walk 头号用例，`numeric_candidates.py` 已额外遍历 `doc.tables` 抽单元格值 `location.source=="table"`）或 `output_md`。 - **① 第 1 层确定性锚**：上面 `numeric_candidates.py` 已产 `/numeric_candidates.json`。 - **② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）**：派一个 fresh context、**没参与返修**的独立检测子代理（`TaskCreate`/spawn_task），**只喂** `numeric_candidates.json` + 返修全文，**不给返修过程上下文/作者意图**（防继承确认偏误，否则漏看的真矛盾第 3 层永远看不到→系统性假阴）。子代理产出**零容差二元 schema** `[{"metric","same_measurement":bool,"values":[{"id","raw","location":{"region","para_index"}}],"conflict":bool,"evidence_quote","finding"}]`（**无 `tolerance_state`、无 `severity`**）：先判是否**同一指标/对象/分组/时间点/单位**（跨措辞语义归一、跨单位如 μM vs nM 由 LLM 换算判），仅对同一测量判是否**完全相等**，`same_measurement==true && 非完全相等 → conflict=true`；不同剂量组/时间点/亚组/单位的正常差异不报。**样本量 n 跨位置核对**：核对同一实验/同一组的样本重复数 n（`metric_clue=="样本量"`）是否跨**方法学 / 图注 / 结果与讨论**三处一致；**防假阳**：不同图/不同实验的 n 本可合理不同，**只有多处 n 明确指向同一实验、同一组样本时**其不一致才报 conflict，无法确认的按 `same_measurement=false` 不报（拿不准交人工）。**降级**：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"数值一致性未经独立检测"交用户人肉核。 - **③ 第 3 层反向验证**：每条 `conflict==true` 过 `delegate_review.py`（**不改它，只 pack/verify**，gate=`numeric-verify`，checklist 内自由 key，不查 gate_registry）。⚠️ **revise 的 `delegate_review.py` 是 fork（md5 ≠ base）——pack/verify 与 fail-closed 行为须对 fork 实测，不假设 base 行为。** 动态合成 `/numeric_verify_checklist.json`：item 只放两处 `raw`/location/`metric` + 核验所需原文切片（**绝不放子代理 finding/reasoning**），默认硬项（不标 `"severity":"soft"`）；**≥3 值的组拆成两两配对的多个 item**（id `num-<组>-<配对序>`，任一配对 pass → 该组整体保留、全部 fail → 剔除）。**🔴 check 逐字用零容差极性模板（禁占位符、禁自由发挥）**： > "到给你的原稿全文里独立核实：`{locA}` 处的值『{valA}』与 `{locB}` 处的值『{valB}』，两者据称都是指标『{metric}』的测量结果。请逐字回源确认两点——**(1) 两处是否确指同一指标、同一测量对象、同一分组、同一时间点、同一单位**（即本就应当相等；跨单位如 μM vs nM，请换算到同一单位后再判是否本应相等）？请到原文找出各自邻近的分组/剂量/时间点/亚组/单位线索比对。**(2) 若确为同一测量，两值是否非完全相等**（**零容差：只要不是完全相同的数值即算不等，含末位舍入差异如 58% vs 58.3%**）？**只有『同一测量且非完全相等』才判 pass（矛盾属实，保留交人工裁决）；只要发现两者其实是不同分组/不同时间点/不同亚组/不同单位（正常差异），或换算后完全相等，一律判 fail（非矛盾，剔除）。** evidence 必填：逐字引出 A、B 两处原文句及各自的分组/时间点/单位线索。" `--files` 给返修全文；`pack` → 独立空白子代理逐条裁 `pass|fail|na` 附逐字证据 → `verify`。**verdict 映射**：`pass`→confirmed（矛盾属实）；`fail`/`na`→refuted（剔除）；verify 的 `problems`（空证据/未裁决/verdict 非法）照 fail-closed 视为未核验、不进清单（宁漏报）。极性写反 = 假批评全放行，务必对准 pass=矛盾属实。 ⚠️ **退出码陷阱（务必理解）**：本 numeric-verify 复用通用门禁 `delegate_review`，任一 item fail 会让 verify 报 `ok=false` / **exit 1** / stderr『盲检未通过』——但在数值反向验证里 **fail = 成功剔除假矛盾 = 正常好结果**。主 agent 必须**忽略退出码**，只读返回 JSON 的逐条 verdict + problems：verdict=pass→confirmed 保留、fail/na→refuted 剔除、problems 内→fail-closed 不进报告。切勿把 exit 1 误读成核查失败 / 报告不能完成。 - **④ HALT**：命中 confirmed conflict → **HALT 交用户裁决**（列 `metric` + 两处 `raw`/location + evidence_quote），暂停 pipeline、用户逐条裁决是否需统一，处置后重跑本步至无 confirmed conflict 再进 `strict_gate.py`。**不 auto-block 硬拦、不静默判等放过**（零容差 + 灰区交人工）。 **交叉引用核查（xref，三层·numeric 之后·strict_gate 之前·HALT 交用户裁决）**：改稿最爱动图/节/表编号（删段、并段、重排），"见图5/见3.3节"指向对不对是返修高发坑；必须返修后全文成形、编号冻结后跑（与 numeric 同挂点、同源）。读**返修后的 `output_docx`**（in-place 保格式）或 `output_md`。revise 对交叉引用一致性零覆盖，纯新增能力。 - **① 第 1 层确定性锚**：上面 `structure_outline.py --manuscript --project-root ` 已产 `/outline.json`（稿中真实存在的全部 `sections`/`figures`/`tables`/`items`）。**脚本零改造、docx 读取现役已具备**（走 `manuscript_index.read_manuscript_paragraphs` 抽 docx 段落，含 Heading 样式认小节）。JSON 落 `` 根，不进托管 glob。 - **② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）**：派一个 fresh context、**没参与返修**的独立检测子代理（`TaskCreate`/spawn_task），**只喂** `outline.json` + 返修全文，**不给返修过程上下文/作者意图**（防继承确认偏误→系统性假阴）。逐条指向型表述（`见 3.1`/`如前文 4.1.2 所述`/`见图3`/`见表2`/`见(2)`）对着 `outline.json`（**唯一权威真值**，不凭记忆假设稿子有某小节，拿不准标 `uncertain`）判**存在性**（`missing_target`）与**语义对应**（`semantic_mismatch`）。产出 schema `[{"ref_id","citing_location","cited_target","issue_type":"missing_target|semantic_mismatch|uncertain","evidence_quote","outline_says","finding","severity"}]`（`severity` 仅信息字段，HALT 不按它路由）。**🔴 补充材料护栏**：`S` 前缀编号（`Figure S1`/`Table S3`/`见图 S22`/`Supplementary Fig. 5`）**一律强制 skip 丢弃**（不产 finding、绝不标 `uncertain`、绝不报 `missing_target`、绝不送第 3 层——否则补充材料图注天然不在正文稿，第 3 层"连定义处都找不到→pass=confirmed"会把整份补充材料 S1–Sn 批量假报为悬空引用、假阳 HALT）。**降级**：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"交叉引用未经独立检测"交用户人肉核。 - **③ 第 3 层反向验证**：每条发现过 `delegate_review.py`（**不改它，只 pack/verify**，gate=`xref-verify`，checklist 内自由 key，不查 gate_registry）。⚠️ **revise 的 `delegate_review.py` 是 fork（md5 ≠ base）——但 D1 numeric-verify 已在这份 fork 上实测 pack/verify + 退出码陷阱 + fail-closed 全通；xref 复用同一 fork、同一 gate 机制，pack/verify 一律不传 `--comments`（那是 RR 专用可选 arg，不传则 pack 行为等同 base）。** 动态合成 `/xref_verify_checklist.json`（`{"skill":"revise-sci","gates":{"xref-verify":{"title":"交叉引用一致性·反向验证","items":[{"id","name","check"}]}}}`）：item 只放 `cited_target`+`evidence_quote`+`issue_type`+核验所需原文切片（**绝不放子代理 finding/理由、也不放 outline**），默认硬项。**按 issue_type 分流喂料**：`missing_target`/`uncertain` 的 item `--files` 给**返修全文**（让核验人独立回源检索该编号定义存否，反查第 1 层漏抽真小节造成的假 missing_target）；`semantic_mismatch` 的 item 给引用处上下文切片 + outline 里该编号标题/caption。**🔴 check 逐字用极性模板（禁占位符、禁自由发挥），两类分写**： > `missing_target`/`uncertain`："到给你的原稿全文里，找得到编号「{编号}」的**定义处**吗？定义处专指：图/表的图注行（以『Figure {N}』『图{N}』『Table {N}』『表{N}』开头、后接说明文字的 caption 行），或该编号的小节标题行（如独占一行的『3.2 方法』）；**把它当引用来提及的句子不算定义处**（如『见 Figure 3』『as shown in Figure 3』『详见 3.2 节』这类指向句，即便含该编号也一律不算）。只有连定义处都找不到（该编号只被引用、从未被定义）才判 pass；只要找到定义处就判 fail，并逐字引出该定义/caption 行。" > `semantic_mismatch`："正文该引用处的具体断言，与目标「{编号}」的标题/caption 是否明确无关？只有'正文明确断言见 X 讨论了 Y、而 X 根本不涉及 Y'这种明确错位才判 pass；若只是笼统指向或目标标题能合理概括该引用，一律判 fail。" `pack` → 独立空白子代理逐条裁 `pass|fail|na` 附逐字证据（写回 `.review_return_xref-verify.json`）→ `verify`。**verdict 映射**：`missing_target`/`uncertain` 连定义处都找不到（悬空）→ `pass`=confirmed 保留、找到定义处（caption/小节标题行，非引用句自身）→ `fail`=refuted 剔除；`semantic_mismatch` 明确无关→ `pass`=confirmed、笼统指向/合理概括→ `fail`=refuted；verify 的 `problems`（空证据/未裁决/verdict 非法）照 fail-closed 视为未核验、不进清单（宁漏报）。⚠️ **极性关键**：核验人**必须区分"定义处"与"引用处"**（引用句自身含该编号不构成"找得到"），写反 = 假批评全放行。⚠️ **退出码陷阱**：任一 item fail 会让 verify 报 `ok=false`/**exit 1**/stderr『盲检未通过』——但在 xref-verify 里 **fail = 成功剔除假问题 = 正常好结果**。主 agent 必须**忽略退出码**，只读返回 JSON 的逐条 verdict + problems。 - **④ HALT**：命中 confirmed → **HALT 交用户裁决**（列 `cited_target` + 引用处切片 + evidence），暂停 pipeline、用户逐条裁决，处置后重跑本步至无 confirmed 再进下一步。**不 auto-block、不静默放过**（灰区交人工）。 **方法学漏写核查（M，三层·实验稿门·xref 之后·strict_gate 之前·HALT 交用户裁决）**："结果做了某实验、方法学没交代"是审稿高频硬伤；revise 是改已有稿、不像 gsw 那样系统重建 Methods，M 在 revise 补的是一整块空白。读**返修后的 `output_docx`**（in-place 保格式，methods_terms 已自带 `_read_docx_table_cells` 遍历 docx 表格单元格）或 `output_md`。 - **🔴 实验稿门（M 节开头必判，判据可读可测）**：读 `/project_state.json` 的 `inputs.journal_style`（由 `preflight.py`/`export_docx.py` 写入、`strict_gate.py` 已校验合法，本挂点在 export 之后 → 字段必就绪）。 - `journal_style ∈ {"nature-review","lancet-review"}` → **整个 M 节 skip**，向用户打印"综述稿跳过方法学漏写核查"，直接进 `strict_gate.py`（xref 照跑、不受此门影响）。 - `journal_style ∈ {"journal-manuscript","cell-press"}` → **跑 M**（原始研究/Cell 系一次研究，有实验方法学）。 - 字段缺失/非法（理论上 strict_gate 已挡）→ **保守跑 M**（宁多跑不漏，第 3 层兜假阳）。 - **① 第 1 层弱锚**：上面 `methods_terms.py --manuscript --project-root ` 已产 `/methods_terms.json`（`authority:"weak_focus_map"`，`method_hits`/`methods_sections`）。**弱锚缺失/损坏降级**：`methods_terms.py` 若 exit 2 或 JSON 缺失/损坏，第 2 层**降级为纯全文语义跑**（它本就不依赖弱锚），不得静默失效。JSON 落 `` 根。 - **② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）**：派 fresh context、**没参与返修**的独立检测子代理，**只喂** `methods_terms.json` + 返修全文，**不给返修过程上下文**。读结果/讨论 + 方法学 + 弱锚，判**每个本研究用到的实验方法方法学章节有没有交代**，报 `methods_missing`。关键约束（逐条写进 prompt）：① 弱锚非穷尽、须自行语义补词典外方法（含隐含如"散点图门控"→流式）；② **只判本研究做的（头号假阳防线）**——引用他人研究（`previous studies used…`）/未来工作计划（`plan to/would/future work`）/背景泛提**一律不报**，判据=人称时态 + 区段 + `has_figure_adjacent` + 语义；③ "交代了"从宽三选一（方法学出现方法名 / 主文指向补充材料 / 方法学引用文献描述该方法，任一即 `methods_section_covers=true`）。产出 schema `[{"method","used_in_study":bool,"methods_section_covers":bool,"methods_missing":bool,"evidence_quote","finding"}]`，判据 `used_in_study==true && methods_section_covers==false → methods_missing=true`。**下游路由**：`methods_missing==true` → 第 3 层；`used_in_study==false` 或 `methods_section_covers==true` → 丢弃。**已知局限（明写交代用户）**：仅核主文、不读补充材料文件——方法完全下沉补充材料且主文连"见补充材料"都没提的漏报核不出。**降级**：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"方法学一致性未经独立检测"交用户人肉核。 - **③ 第 3 层反向验证**：每条 `methods_missing==true` 过 `delegate_review.py`（**不改它，只 pack/verify**，gate=`methods-verify`，checklist 内自由 key，不查 gate_registry，不传 `--comments`，fork 行为等同 base、见 xref ③）。动态合成 `/methods_verify_checklist.json`（`skill:"revise-sci"`，gate=`methods-verify`）：item 只放 `{method}` + 结果处命中句（弱锚 `sentence` 或第 2 层 evidence）+ 核验所需切片（**绝不放 finding/reasoning**），默认硬项，`--files` 给**返修全文**。**🔴 check 逐字用两条件极性模板（禁占位符、禁自由发挥）**： > "到给你的原稿全文里独立核实两点——**(1) 结果/讨论是否确实报告了本研究做的『{method}』**（有对应实验数据/图/门控/条带等本研究结果，而非仅在背景/引言/讨论里引用他人研究提及该方法，也非讨论/局限里"将来/拟/计划/would/planned to/future work"等表述里打算做但本研究并未做的未来工作/计划实验）？请回源找邻近的数据/图引用与人称/时态/引文线索比对。**(2) 方法学章节是否确实【完全没有】交代『{method}』**——须同时满足三个『没有』才算完全没交代：**(2a)** 既无该方法的小节标题、也无任何描述其如何做的句子；**(2b)** 也没有任何指向补充材料/附录的表述（如『见补充材料』『详见附录』『see Supplementary Methods』『described in the Supplementary/Supporting Information』）；**(2c)** 也没有【引用文献描述该方法】的表述（如『方法参照文献[X]』『按照[X]的方法进行』『as previously described [12]』这类带文献引用标记的方法指向）。只要出现 (2b) 指向补充材料 或 (2c) 引用文献描述该方法，即算已交代、不算漏写。**只有『结果确实用了本研究的该方法』且『方法学确实没写、没指向补充材料、也没引用文献描述该方法』两条同时成立才判 pass（漏写属实，保留交人工裁决）；只要发现方法学其实写了该方法（哪怕只一句）、或主文有指向补充材料的交代、或方法学有引用文献描述该方法（带引文标记）、或结果里的该方法其实是引用他人研究/背景讨论（非本研究做的），一律判 fail（非漏写，剔除）。** evidence 必填：逐字引出结果处用到该方法的句 + 方法学处（有则引出该句证明写了/引出指向补充材料或引用文献的句，无则说明通读方法学未见）。" `pack` → 独立空白子代理逐条裁 `pass|fail|na` 附逐字证据（写回 `.review_return_methods-verify.json`）→ `verify`。**verdict 映射**：本研究确用 AND 方法学确未写/未指向补充材料/未引用文献描述 → `pass`=confirmed 保留；方法学其实写了 / 主文指向补充材料 / 方法学引用文献描述 / 结果只是引用他人 → `fail`=refuted 剔除；verify 的 `problems` 照 fail-closed 视为未核验、不进清单（宁漏报）。⚠️ **极性关键**：核验人**必须独立确认两件事**——条件 (1) 本研究做的 vs 引用他人（M 头号假阳源）、条件 (2) 两类从宽交代（(2b) 指向补充材料、(2c) 方法学引用文献描述该方法），不能只问"方法学有没有直接写"，写反 = 假批评全放行。⚠️ **退出码陷阱**：任一 item fail 会让 verify 报 `ok=false`/**exit 1**/『盲检未通过』——但在 methods-verify 里 **fail = 成功剔除假漏写 = 正常好结果**。主 agent 必须**忽略退出码**，只读返回 JSON 的逐条 verdict + problems。 - **④ HALT**：命中 confirmed → **HALT 交用户裁决**（列 `method` + 结果处切片 + evidence），暂停 pipeline、用户逐条裁决，处置后重跑本步至无 confirmed 再进 `strict_gate.py`。**不 auto-block、不静默放过**（灰区交人工）。 Or use the single entrypoint: ```bash python scripts/run_pipeline.py --comments --manuscript --project-root --output-md --output-docx [--journal-style journal-manuscript|nature-review|cell-press|lancet-review] [--expected-comments-mode ] [--context-token-budget 4200] [--context-tail-lines 80] [--paper-search-results ] [--resume] [--resume-from ] [--resume-keep-unaffected] [--force-rebuild] [--allow-rebuild-fallback] ``` `--expected-comments-mode` is strongly recommended after the user confirms the branch chosen by `intake_router.py`. `preflight.py` will block execution if the confirmed mode and the detected mode do not match. ### round22 一键 pipeline 状态机（可恢复人工/独立闸口，机器强制） `run_pipeline.py` 自带 `project_state.json.pipeline_gate`（schema_version=1 + epoch）状态机，把上面「意见清单核对·必停」「通读定策略」「三层核查」「DoD 停」从纪律变成机器强制。退出码写死：`0=complete`、`1=执行/检查失败`、`2=坏参数/非法转换/坏回执`、`3=预期人工/独立动作暂停`（停点打印 `PIPELINE_PAUSED phase=`）。 - **首跑**：原子化完成后生成 `audit/comment_inventory.json`（reviewer+comment_id+原意见规范空白文本，含 `comments_source_sha256` 与自摘要 `inventory_sha256`）即停 `awaiting_comment_confirmation`，**不调用 revise_units**。用户核对清单后 `--resume --confirm-comment-inventory ` 确认（摘要绑定内容，路径相同不等于内容相同）。 - **策略门**：确认后每个 unit 必须先填四选一 `revision_strategy`（canonical 闭集 `comply/partial/push_back/needs_data`，别名 `驳回/reject/pushback` 归一到 push_back），缺失/非法停 `awaiting_revision_strategies`，不改稿。 - **三层独立核查**：final consistency 后固定顺序跑 numeric→xref→Methods 锚（综述 `nature-review/lancet-review` 的 Methods 记 na+理由），生成 `audit/detection_task.json`（绑定 epoch/delivery/audit manifest，`task_manifest_sha256` 自摘要）停 `awaiting_audit_detection`。独立检测子代理写 `audit/detection_{numeric,xref,methods}.json`（round22 envelope，须回传 task hash）；普通 `--resume` 自动校验（缺轨/坏 schema/hash 不符/空证据 rc=2）。有真 finding 才生成 reverse 任务（pipeline 按 canonical item 生成稳定 finding ID `-`），返回写 `.review_return_{numeric,xref,methods}-verify.json`（envelope），极性 pass=confirmed / fail|na=refuted / problems=未核 rc=2；受理后原子写 `.pipeline_receipts/audit_reverse.json`。有 confirmed 时用户在 `audit/adjudication.json` 逐条 `fix|accept_with_rationale`，`--resume --confirm-audit-adjudication ` 受理：fix 要求交付物已实际变化并开新 epoch 从 detection 重跑；accept 要求理由非空且 manifest 未漂移。 - **DoD 解环**：进入 DoD 前 pipeline 自跑 `strict_gate.py --preclose`（只输出 `STRICT_PRECLOSE: PASS`，绝不冒充 final）；DoD JSON 里的 strict_gate 命令也全部带 `--preclose`。独立 DoD 返回写 `.review_return_revision-dod.json`（envelope），普通 `--resume` 走本地 `delegate_review.py verify --expect-task-manifest` 验证并原子写 `.pipeline_receipts/revision_dod.json`，随后停 `awaiting_dod_user_confirmation` 展示逐项裁决。**唯一收口出口**是 `--resume --confirm-dod-closure `：写 `.pipeline_receipts/dod_closure.json` 后才运行最终 bare `strict_gate.py`（成功唯一字面量 `STRICT_GATE: PASS`），pipeline 才 rc=0。 - **失效规则**：审稿信/inventory/策略等上游内容变化一律 epoch+1，旧确认与全部下游 receipt 逻辑失效并回到对应早期停点；`--resume-from` 同样提升 epoch。bare gate 自行核 skill signature 与 closure 链（缺 `pipeline_gate` 默认 rc=2；pre-round22 旧项目仅 `--legacy-direct` + 精确 allowlist signature 可降级运行）。 - **旧项目迁移**：无 `pipeline_gate` 的旧项目普通 `--resume` 非破坏性 rc=3 提示 `--resume --migrate-round22`；迁移只接受 allowlist 内旧 signature 且输入指纹未变，保留全部产物、不推断任何历史确认，落回 inventory 确认点。 ## [意见清单核对·必停]（拆意见后、改写前的强制关卡） **位置**：`atomize_comments.py` 拆完审稿意见之后、`revise_units.py` 开始改写之前。这是流程内部的硬关卡，与开场监工卡不同：监工卡是启动时提醒，这一步是拆完意见后的当场核对。 拆完审稿意见后，**立即停下**，把**每条 comment_id + 该条前 30 字**列成清单打给用户，并原样问： > 「请拿**原始审稿信**对照数一遍，条数对不对？有没有哪条被合并成一条、或整段漏掉？（尤其审稿人用连续散文、`(i)(ii)`、罗马数字、或一段里塞多个要求时最容易漏）」 **用户确认"都在、没漏"后才继续改写**。用户指出漏掉或被合并的，回去把它补成独立 comment（补进 `units/`、重新原子化）后再继续，不得跳过这一步直接跑 `revise_units.py`。 ## [通读定策略·前置阶段]（清单核对通过后、逐条改写前） 真人返修的第一件事不是逐条动手，而是**先把所有意见通读一遍、定下每条的应对策略**。这里也一样：意见清单核对通过后、`revise_units.py` 开始逐条改写之前，**先做一轮 triage**，不要从 atomize 直接跳到逐条改。 对每条 comment 定四选一的策略，并**写进该 unit 的 `revision_strategy` 字段**（`units/*.json`）： | 策略 | `revision_strategy` 值 | 含义 | 结局 | |---|---|---|---| | 照做 | `comply` | 认可意见，按要求改正文 | 走正常改写 → `completed` / `needs_author_confirmation` | | 部分让 | `partial` | 部分采纳，改一部分并说明取舍 | 正常改写 + 回复信说明界限 | | 驳回 | `push_back`（或 `驳回`/`reject`） | 不采纳、正文不动，在回复信据理反驳 | 一等结局 `push_back`（见下节） | | 补数据 | `needs_data` | 需新增实验/数据/图，当前材料不足 | 落 `needs_author_confirmation`，等作者补 | **硬规则**：`revise_units.py` 逐条改写前，每条 unit 的 `revision_strategy` 必须先填（该字段已存在也要强制先确认/覆盖，不能留空跳过）。通读定策略是本阶段的产出，把结论落到字段里再进逐条改写。 ## [驳回/不改] 是一等合法结局（不是漏改） 除 `completed` / `needs_author_confirmation` 外，新增第三个合法结局 **`push_back`**：**认定某条意见不应采纳，正文一个字不动，只在回复信里据理反驳**。这是真实返修的常态（审稿人误解、超范围要求、与本文定位冲突等），不是缺陷。 - **怎么触发**：该 unit 的 `revision_strategy` 设为 `push_back`（或 `驳回`/`reject` 等，见上表）。`revise_units.py` 即把该条 `status` 置为 `push_back`：正文不改、`revised_excerpt` 记为「N/A — manuscript unchanged」、回复信生成据理反驳的中英回应。反驳理由填 unit 的 `push_back_rationale_zh` / `push_back_rationale_en`（不填则回复信留占位提示作者补）。 - **覆盖判定别误报**：`issue_matrix.md` 的「修改动作」列会显示「不改（驳回）」、状态列显示 `push_back`；**监工卡第 3 条的对照表里，某条「改稿」列为空但结局是 `push_back` 的，是「有意不改」，不得判成「漏改」**。判漏改的唯一标准是：`status` 既非 `completed`、又非 `push_back`、又非 `needs_author_confirmation`，或该 comment_id 在回复信里根本没有回应。 - **不阻断交付**：`push_back` 是已决结局，`delivery_status` 只被 `needs_author_confirmation` 卡；`push_back` 计入 `project_state.json` 的 `counts.push_back`，不进待办。 - **红线仍在**：驳回≠可以不回应。回复信里该条必须有据理反驳的 response（中英），否则仍算漏回。 ## [合并意见] 允许多条相关意见协调回应 原子架构默认每条意见一个密封 state window，但相关意见（同一处、同一诉求的不同侧面）应允许**合并成一处协调回应 + 交叉引用**，而不是各写各的、自相矛盾。 - **最小用法**：给相关的几条 unit 设同一个 `merge_group`（任意稳定 id，如 `MG-limitations`），并指定其中一条为 `merge_lead`（主回应所在的 comment_id）。主条写完整协调回应；其余成员条的 response 里**交叉引用**主条（如「详见 R2.3 的统一回应」/ "see our unified response to R2.3"），不重复长篇。 - **窗口不封死**：`state/comment_windows/.json` 会带上 `merge_group` / `merge_lead`，据此从 `comment_registry.json` 找到同组兄弟条一起看，避免协同时上下文被切断。 - **不拆原子架构**：合并只是「分组 + 交叉引用」，每条仍是独立 unit、独立 comment_id、独立覆盖核验，绝不把多条塞进一条。 ## Anti-Forgetfulness And Token-Budget Protocol `revise-sci` does **not** load the entire manuscript and all comments into one context window. It uses the same approach as `article-writing`, `review-writing`, and `sci2doc`, adapted for revise work: 1. **Intake-first routing**: route the comment source first, then lock the branch before loading anything large. 2. **Section-paragraph atomicization**: only the target section and target paragraph are used for rewrite scope. 3. **Comment-scoped state windows**: every processed `comment_id` gets its own context package under `state/comment_windows/.json`. 4. **Section digests, not full reloads**: cross-section consistency uses `state/section_digests.json`, which stores only headings, paragraph counts, and key sentences, rather than full section text. 5. **Token budget compaction**: `state_manager.py write-cycle` estimates token load and compacts related digests / reviewer context / neighboring paragraphs if the bundle exceeds the configured budget. 6. **Cycle log persistence**: every revise action appends to `state/comment_cycle_log.json` and `state/comment_memory/.md`, so a future agent does not need to reconstruct local history from scratch. 7. **Snapshot safety**: `state_manager.py snapshot` writes state snapshots so runs can be resumed with smaller context and lower drift risk. Recommended per-comment loading command: ```bash python scripts/state_manager.py --project-root write-cycle --comment-id --token-budget 4200 --tail-lines 80 --json-summary ``` This command is the revise-sci equivalent of the section-scoped state loading in `article-writing`, `review-writing`, and `sci2doc`. It is the preferred context entry before any manual or AI-assisted change to a specific comment-linked paragraph. ## Patch 修订协议（可选的确定性修订路径） This is an **optional, additive** deterministic path for applying scope-locked edits. It does not replace the `atomize -> issue-matrix -> revise_units -> strict_gate` flow. Use it when you need a hard guarantee that only the touched blocks can change and every other block stays byte-for-byte identical, rather than having the model regenerate whole sections (the main source of scope creep and drift). Protocol (four phases): 1. **anchorize**: split the target draft into blank-line blocks, assign each a stable anchor id (`block-NNNN-`), and write a block manifest (anchor -> exact original bytes + sha256 + byte offsets): ```bash python scripts/anchorize_draft.py --draft --manifest /block_manifest.json ``` 2. **patch**: for each reviewer comment that needs a block changed, author a patch entry `{anchor_id, expected_hash, new_content}` where `expected_hash` is the block's `sha256` from the manifest. Patch only the blocks that must change; never touch other anchors. The patch file is a JSON array of such entries. 3. **apply (deterministic, fail-closed)**: locate each block by anchor id, verify its current sha256 equals the patch's `expected_hash`, then splice only the patched byte-spans: ```bash python scripts/apply_revision_patch.py --manifest --patch --output ``` If **any** entry's hash does not match (the block already changed) or the source draft drifted since anchorize, the whole patch set is **rejected**, nothing is written, and the script exits non-zero. There is no silent partial apply. 4. **finalizer**: `apply_revision_patch.py` reassembles the full draft from the original source, copying every unpatched byte verbatim (blocks, separators, and trailing-newline state preserved). Feed `` back into the normal `polish -> literature/reference checks -> strict_gate` flow before delivery. Rules: - The patch path is **fail-closed**: a hash mismatch or source drift must abort and write nothing; never coerce or auto-relocate a patch onto a changed block. - The patch path is an increment on top of the existing pipeline, not a replacement: `atomize_comments.py`, `build_issue_matrix.py`, the state-window protocol, and `strict_gate.py` all still apply to the resulting draft. ## 缩略语首展一致性(Abbreviation Consistency) 改稿最易破坏缩略语一致性:改某句时删掉了首展、在首展之前的位置裸用 ABBR、或新增术语未首展。规则: - **首展格式**:英文 `Full Name (ABBR)`;中文正文 `中文全称（English Full Name, ABBR）`。同一缩写全文只首展一次,之后裸用 ABBR,不重复展开。 - **Title 禁缩写**(DNA/RNA/PCR 等通用词除外);Abstract 独立,即使正文已定义,Abstract 内首次出现仍应重新展开。 - **改稿守则**:替换/删除句子时若该句承载某缩写的唯一首展,须把首展移到改后稿中该缩写的新首现处;新引入的术语必须在首现处首展。 - **核查**:`manuscript_index.py` 对改后稿产 `abbreviation_index.json`。`undefined_use`(裸用未定义)/`duplicate_definition`(重复首展)/`title_abbreviation`(Title 含缩写)为硬错须修;`defined_unused`(定义后未再用)为软警告,人工取舍。通用缩写见脚本 `UNIVERSAL_ABBREVIATIONS` 白名单,自动跳过。索引为启发式辅助,可疑项人工复核。 ## Response Format `response_to_reviewers` must use this hierarchy: - `# 回复审稿人的邮件` - optional `## Editor Statement` when the decision letter contains editor-only overall instructions but no numbered editor comments - optional `# Editor` when there are numbered editorial action items - `# Reviewer #N` - `## Major / Minor` - `### Comment k` Each comment must contain: 1. `审稿意见与中文理解` 2. `Response to Reviewer（中英对照）` 3. `可能需要修改的正文/附件内容（中英对照）` 4. `修改说明（中文）` 5. `Evidence Attachments` ## Rules - Missing information must be written as `Not provided by user` or `需作者确认`. - If a reviewer asks for new literature, only `paper-search` is allowed as the external provider family. - `paper_search_results_path` may be used to ingest confirmed paper-search results into citation-oriented comment handling. - `paper_search_results_path` is not trusted directly. It must first pass `citation_guard.py`, which performs dual verification using provider trace and identifier/title consistency evidence before citations can auto-complete a comment. - **新增文献真实性双验（B②，不许 --offline 交付）**：审稿要求补新文献时，全部新引文献必须过 `citation_guard.py` 的 **在线**真实性双验（DOI/PMID 解析、撤稿检测、逐源标题一致性）。有已 `completed` 的 citation 类意见时，`strict_gate.py` 会读 `paper_search_guard_report.json`：`summary.online_check` 非 `true`（即用 `--offline` 或没加 `--live` 跑的）或 `all_rows_guard_verified` 非 `true`，一律 fail-close。交付前必须 `python scripts/citation_guard.py --live ...` 重跑，不许 `--offline` 跳过。 - **已知限制（诊断提示在本技能里看不到，但请求照打）**：`--live` 跑时，对每条没验过、带 DOI/PMID、标题≥3 个词的文献，底层核验会额外拿标题上网回查一次，本可给出「这条的 DOI/PMID 可能填错了，线上同名文章是这个」之类的提示；但本技能的 `verification_details` 只保留固定字段，这些提示会被直接丢掉——**请求照打、结果照扔**，白花一次网络往返和限流额度。**判定结果完全不受影响**（guard_verified / 撤稿 / fail-close 一条都不会变），只是新引文献多时 `--live` 那一趟会慢些。所以验不过的条目直接看 `verification_details.failure_reasons` 排查，别等诊断提示。注意这条省不掉：交付必须 `--live`，不能为了少打请求改用 `--offline`。 - **新引文献↔它支撑的回复论点，须过引文核证（B④）**：真实性通过只说明该文献存在，不说明它真支撑你借它下的结论。对每条「新引文献 → 它在回复信/正文里支撑的论点句」，用该文献**检索到的真实 abstract** 判支撑度，落 `claim_evidence.json`（每条含 `claim_sentence` / `is_load_bearing` / `ref_id` / `retrieved_abstract` / `verdict∈support/weak/contradict/unknown` / `user_confirmed`），再跑共享 `citation_claim_check.py`（`CITATION_CHECK_CMD`）。跨批复用由脚本自动完成，AI 不必手动记账。脚本在核证前从项目根 `ref_evidence_cache.json` 自动回填缺失字段，核证后强制落盘。已在别处验过 abstract 的文献，本批该行 `retrieved_abstract` 可留空，脚本按 `ref_id` 回填。同一篇文献且完全同一论点句此前已人工确认过的，脚本自动复用其 `verdict` 与 `user_confirmed`，不再重复反向验证与逐条确认。只有新的 (文献, 论点) 组合才需要你补 abstract、判支撑度并逐条人工确认。门禁强度不变，承重句被判 `contradict`/`unknown`、缺 abstract、或 support/weak 但未确认一律硬拦，新 (文献, 论点) 无 verdict 仍 fail-close。同一篇文献换去支撑另一句论点，不复用旧确认，须独立判定。有 `completed` citation 意见时，`strict_gate.py` 复用共享 `citation_claim_check._row_blockers` 核验 `claim_evidence.json`，文件缺失或任一承重句阻断即 fail-close。abstract 的检索走工作流subagent（本脚本不含 MCP）。 - `build_literature_index.py` must convert validated citation support into review-writing style canonical artifacts: `data/literature_index.json` and `data/revision_claims.json`. - `build_literature_index.py` accepts an optional `--seed-index ` to reuse the writing project's existing `literature_index.json` (produced by `gsw`/`review-writing`) as a seed. Seed entries keep their original `global_id`; revision-found references that match a seed entry (dedup key: normalized DOI > PMID > normalized title) reuse the seed number instead of getting a new one, and truly new references continue numbering from `max(seed global_id) + 1`. The seed is read-only; the merged result is written only to revise-sci's own `data/literature_index.json`, never back to the writing project (seed-extension semantics). The seed reader tolerates the looser gsw schema (global id under any of `global_id`/`citation_number`/`id`/`number`/`ref_number`, back-filled by array order when absent) and a seed located either at the project root or under `data/`. Omitting `--seed-index` keeps the original rebuild-from-1 behavior unchanged. - `matrix_manager.py` must derive `data/synthesis_matrix.json` from the canonical literature index and emit `data/synthesis_matrix_audit.json` before delivery. - `build_reference_registry.py` must extract the final manuscript reference list into canonical `data/reference_registry.json` and audit body-to-reference coverage into `data/reference_coverage_audit.json`. - `build_reference_registry.py` may import a fallback reference seed from `references_source_path` when the manuscript reference list is empty or absent. - If a manuscript already has a partial numeric `References` section, `build_reference_registry.py` should try to merge missing numbered entries from the detected legacy reference source instead of failing immediately. - If unresolved reference gaps still remain after registry rebuild, `build_reference_registry.py` must emit `reference_recovery_request.md` so the author knows exactly which source formats to provide next. - If no original or legacy reference source is available, ask the user whether to start a new literature-search-and-fill cycle; default state is `reference_search_decision=ask`, not silent auto-search. - If the user approves new reference search, the search-and-fill path must follow the `review-writing` discipline: `paper-search` retrieval only, immediate `citation_guard.py` after each import batch, update canonical `data/literature_index.json`, then refresh `data/synthesis_matrix.json` / `data/synthesis_matrix_audit.json` before any new references can enter the manuscript. - If `reference_search_decision=approved` and reference gaps still exist, the skill must generate `reference_search_manifest.json` and `reference_search_task.md` so the approved search cycle is executable and auditable rather than implicit. - The approved search cycle should also emit `reference …(truncated)