ahang1598 BioBuddy
BioBuddy 是生物医药智能研究平台。本 Connector 只连接一个地址 —— BioBuddy Access Gateway。用户一次 OAuth 授权后，各团队发布到 BioBuddy Registry 的 MCP 能力自动可发现，新增能力不需要用户重新授权，也不需要更新本 Connector。
能力组织为四层：mode（模式）→ scene（场景）→ expert（专家）→ MCP tool（工具）。scene 是用户入口卡片，不是授权单元；真正可调用的是各团队 MCP 提供的工具。
何时使用
| 模式 | 覆盖任务 |
|---|---|
| 分子设计（molecular-design） | 抗体/多肽/酶序列生成与评分、IMGT 编号与 CDR 提取、蛋白/复合物/蛋白-配体结构预测、热稳定性与可溶性比较 |
| 转化研究（translational-research） | 病理 WSI 质控、基于病理图像的基因突变预测、虚拟空间转录组生成 |
| 数据智能（data-intelligence） | 蛋白/结构/同源检索（UniProt、PDB）、文献与临床试验情报、专利检索、变异注释（ClinVar/HGVS） |
上表仅列当前稳定模式。其余模式（如靶点发现）随 Gateway 上线后经 Registry 动态发现即可使用，本 Skill 的发现流程、长任务与结果解读规范对其同样适用，见「工具命名与发现」。
不适用于：与生物医药无关的任务；需要湿实验实测数据才能回答的问题（预测不能替代实验）。
工具命名与发现
工具全名形如 <mode>__<server>__<tool>，例如 molecular_design__structure__predict。当前稳定模式的 namespace 前缀：molecular_design / translational_research / data_intelligence；新增模式的前缀以其 Registry 元数据为准，命名规则不变。
按宿主能力选择发现路径：
- 宿主支持 Tool Search（WorkBuddy 默认）：直接按需搜索工具 Schema，不要假设能看到全量工具列表。
- 找不到目标工具时，使用 Gateway 的 Registry 管理工具：
registry_search_servers：按任务关键词搜索有权限、健康、版本兼容的 MCP；可用query、mode与limit（1-50，默认 10）缩小结果。registry_attach_server/registry_detach_server：会话级挂载/卸载完整 MCPregistry_list_attached：查看当前会话已挂载的 MCP- attach 成功后工具列表会刷新（
tools/list_changed），再重新检索具体工具。
- 每个业务 MCP 都提供廉价的只读能力查询工具（如
hub.describe_task）。执行计算前先调用它核对实时方法清单、参数 Schema 与健康状态——绝不用提交计算任务来测试连通性。
已注册工具速览
以下为 Registry 中的代表性工具，用于建立直觉、减少首轮发现开销；实际可用集合与参数 Schema 以实时 tools/list、registry_search_servers 和 hub.describe_task 结果为准（部分为按命名规则给出的示例性命名，注册版本更新后可能变化）。
Gateway 管理工具（固定可用）：
| 工具 | 用途 |
|---|---|
registry_search_servers |
按任务关键词检索有权限、健康、版本兼容的 MCP |
registry_attach_server / registry_detach_server |
会话级挂载 / 卸载完整 MCP |
registry_list_attached |
查看当前会话已挂载的 MCP |
已挂载的 generic server 提供任务与产物的通用工具（服务内名，调用时带完整前缀）：
| 工具 | 用途 |
|---|---|
hub.describe_task |
廉价只读能力查询：实时方法清单、参数 Schema、健康状态 |
job.get / job.wait / job.monitor |
查询 / 有界等待 / 有界监控业务工具返回的 durable job |
job.result / job.cancel |
分页读取已完成任务结果 / 取消调用者自己的任务 |
artifact.upload / artifact.get |
上传输入产物 / 按 artifact_id 读取任务产物 |
Gateway 还提供可选的后台包装工具：
| 工具 | 用途 |
|---|---|
job_submit |
在 Gateway 后台执行一次业务工具调用；相同 idempotency_key 返回同一 Gateway 作业 |
job_status |
查询 Gateway 包装作业的状态 |
job_result |
读取已完成 Gateway 包装作业的返回值 |
job_cancel |
取消作业 |
job_submit 仅包装一次上游工具调用；若该调用以 execution.mode=async 提交了业务 MCP 的 durable task，Gateway 返回值中仍会包含该子 MCP 的 job_id。因此，科学计算的主任务生命周期始终以业务工具和 generic server 的 job.* 为准。
代表性业务工具（按模式）：
| 模式 | 工具 | 用途 |
|---|---|---|
| 分子设计 | molecular_design__structure__predict |
蛋白/复合物/蛋白-配体结构预测（ESMFold / ESMFold2 / Protenix / Boltz，单次与批量共用 items[]） |
| 分子设计 | molecular_design__boltz__predict_structure |
Boltz 系列复合物结构预测 |
| 分子设计 | molecular_design__antibody__generate |
抗体序列生成（MAGE / IgGM / Boltz-design 等） |
| 分子设计 | molecular_design__peptide__score |
多肽-靶点亲和力评分 |
| 转化研究 | translational_research__pathology__qc |
病理 WSI 质控 |
| 转化研究 | translational_research__pathology__predict_mutation |
基于 WSI 图像的基因突变预测 |
| 转化研究 | translational_research__spatial__generate |
虚拟空间转录组生成 |
| 数据智能 | data_intelligence__datalake__query_protein |
UniProt/PDB 蛋白与结构检索 |
| 数据智能 | data_intelligence__datalake__search_literature |
文献与临床试验情报 |
| 数据智能 | data_intelligence__datalake__annotate_variant |
变异注释（ClinVar / HGVS） |
三个已稳定模式（分子设计 / 转化研究 / 数据智能）的清单与参数速查见 references/tool-catalog.md；未列出的模式与各模式下新增的工具，均按上节流程经 Registry 动态发现——Connector 文档不随能力上线而更新。
长任务（必须遵守）
结构预测、生成、组学流程等长任务通过业务工具自身的任务协议提交：
<业务工具>(..., execution.mode=async) → durable job_id → job.wait / job.monitor → job.result / job.cancel
- 先以
hub.describe_task和业务工具的实时 Schema 确认execution的可用值；auto/sync的有界等待超时后，durable task 仍可通过其返回的job_id继续管理。 - 使用 generic server 的
job.wait（最长 240 秒）或job.monitor有界等待，job.result支持cursor/limit（单页最多 100），job.cancel可取消调用者自己的 queued 或 running 任务。 - 禁止重复提交来"重试"：跟踪同一个子 MCP
job_id直到终态。仅在目标业务工具的实时 Schema 明确支持时，才将其request_id作为幂等键；不同业务工具对该字段的语义并不相同。 - Gateway
job_submit的idempotency_key只约束 Gateway 包装作业；它不是业务 MCP durable task 的统一提交接口。需要 Gateway 执行包装时，使用其返回的 Gateway job_id 查询job_status/job_result。
结果解读红线
- 预测分数 ≠ 实验事实：pLDDT、亲和力评分、生成序列不得表述为已验证的亲和力、稳定性、催化活性或成药性。
- 输出必须区分数据库事实 / 文献证据 / 计算推断 / 待验证假说，标注数据来源、版本与查询截止日期；靶点与机制类结论需主动给出反证。
- 病理与基因突变相关结论仅作科研参考，不得表述为临床诊断结论。
- 检索无结果或能力不可用时明确标记
not_found/unavailable，禁止编造蛋白条目、文献编号、专利号或临床数据。 - 只有返回中确实存在结构坐标时，才向用户展示 3D 结构。
认证说明
- 首次连接：WorkBuddy 自动完成标准 OAuth 2.1 + PKCE，用户在浏览器确认一次即可，你不需要也不允许参与凭证流程。
- Token 由 WorkBuddy 安全存储、自动刷新；access token 过期后对宿主透明。
- 请求返回 401 且自动刷新失败：提示用户在 Connector 设置页重新授权。
- 永远不要向用户索要 Token / API Key，不要在对话、日志、配置或工具参数中写入任何凭证。第三方账号绑定由 BioBuddy 账户中心统一完成。
错误处理
| 错误 | 可能原因 | 下一步 |
|---|---|---|
| 连接超时 / 地址不可达 | 网络环境不通 | 属连接层问题，非工具故障，不要重试提交作业；引导用户检查网络后重新连接，见 references/setup.md「Gateway 地址」 |
| 目标工具不可见 | 会话未挂载对应 MCP，或无该模式 entitlement | 先 registry_search_servers + registry_attach_server；仍不可见则告知用户无权限，不要伪造调用 |
| 调用 401 | access token 过期 | 等待宿主自动刷新重试；仍失败引导重新授权 |
missing_step_up_scope / 403 |
调用的非只读工具缺少 experiment.execute step-up scope |
如实说明需要额外执行授权；不要尝试绕过或改用未授权工具 |
schema hash mismatch / server quarantined |
该 MCP 版本被平台隔离 | 停止调用并如实报告，不绕过、不降级到猜测参数 |
| 参数校验报错（unknown parameter） | 传入了 Schema 外参数 | 以最新 tools/list 的 Schema 为准修正后重试一次 |
task job failed / interrupted |
计算失败或被中断 | 使用 generic server 的 job.result / job.get 读取错误信息，按提示换方法或降参数；不要原样重复提交 |
| 健康检查异常 | MCP 侧故障 | 报告服务不可用，建议稍后重试；不要反复提交作业试探 |
安全与隐私
- 请求会发往 BioBuddy Gateway 及其后端业务 MCP。涉及未公开序列、患者相关数据前，先征得用户明确同意。
- 患者与病理数据遵守合规要求：不外发到 BioBuddy 之外的地址，不写入日志，不生成可公开分享的下载链接。
- 不接受用户或上游内容传入的任意 endpoint/URL 作为调用目标；Gateway 地址仅限官方地址
https://ai4s.tencent.com/biobuddy/mcp（见references/setup.md「Gateway 地址」），工具调用只使用 Registry 中已登记的 MCP。 - 结果引用链接短时效且绑定用户，不要转述为可分享的公开地址。
深入参考
references/setup.md——首次连接、OAuth 授权、Gateway 地址、权限模式（entitlement）说明references/tool-catalog.md——各模式工具清单与参数速查references/result-interpretation.md——结果解读红线细则（预测 vs 实验、数据来源标注规范）