Adaptyv

Adaptyv

Adaptyv é uma plataforma de laboratório em nuvem que oferece serviços automatizados de testes e validação de proteínas. Envie sequências de proteínas via API ou interface web e receba resultados experimentais em aproximadamente 21 dias.

Início Rápido

Configuração de Autenticação

Adaptyv requer autenticação via API. Configure suas credenciais:

1. Entre em contato com support@adaptyvbio.com para solicitar acesso à API (a plataforma está em fase alfa/beta)
2. Receba seu token de acesso à API
3. Configure a variável de ambiente:

export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"

Ou crie um arquivo .env:

ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here

Instalação

Instale o pacote necessário usando uv:

uv pip install requests python-dotenv

Uso Básico

Envie sequências de proteínas para testes:

import os
import requests
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()

api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"

headers = {
    "Authorization": f"Bearer {api_key}",
    "Content-Type": "application/json"
}

# Submit experiment
response = requests.post(
    f"{base_url}/experiments",
    headers=headers,
    json={
        "sequences": ">protein1\nMKVLWALLGLLGAA...",
        "experiment_type": "binding",
        "webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
    }
)

experiment_id = response.json()["experiment_id"]

Tipos de Experimentos Disponíveis

Adaptyv oferece suporte a múltiplos tipos de ensaios:

• Ensaios de ligação - Teste interações proteína-alvo usando interferometria de biolayer
• Testes de expressão - Meça os níveis de expressão de proteínas
• Estabilidade térmica - Caracterize a estabilidade térmica da proteína
• Atividade enzimática - Avalie a função enzimática

Consulte reference/experiments.md para informações detalhadas sobre cada tipo de experimento e workflows.

Otimização de Sequências de Proteínas

Antes de enviar sequências, otimize-as para melhor expressão e estabilidade:

Problemas comuns a serem abordados:

• Cisteínas não pareadas que criam dissulfetos indesejados
• Regiões excessivamente hidrofóbicas causando agregação
• Predições pobres de solubilidade

Ferramentas recomendadas:

• NetSolP / SoluProt - Filtragem inicial de solubilidade
• SolubleMPNN - Redesenho de sequência para solubilidade melhorada
• ESM - Pontuação de probabilidade de sequência
• ipTM - Avaliação de estabilidade de interface
• pSAE - Quantificação de exposição hidrofóbica

Consulte reference/protein_optimization.md para workflows detalhados de otimização e uso de ferramentas.

Referência de API

Para documentação completa de API incluindo todos os endpoints, formatos de requisição/resposta e detalhes de autenticação, consulte reference/api_reference.md.

Exemplos

Para exemplos de código concretos cobrindo casos de uso comuns (submissão de experimentos, rastreamento de status, recuperação de resultados, processamento em lote), consulte reference/examples.md.

Notas Importantes

• A plataforma está atualmente em fase alfa/beta com recursos sujeitos a alterações
• Nem todos os recursos da plataforma estão disponíveis via API ainda
• Resultados geralmente entregues em ~21 dias
• Entre em contato com support@adaptyvbio.com para solicitações de acesso ou dúvidas
• Adequada para workflows de design de proteínas impulsionados por IA de alto rendimento