Academic Literature Workflow

学术文献检索与下载工作流

将三个能力串联为一条 Agent 可执行流水线：

技能根目录：C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow

前置安装

# 1. academic-search（已安装到 ~/.cursor/skills/academic-search）
#    来源: https://github.com/ustc-ai4science/academic-search

# 2. ScanSci PDF
pip install "scansci-pdf[cloakbrowser,instsci]"
scansci-pdf check

# 3. JCR 转换依赖（仅更新 Excel 时需要）
pip install -r requirements.txt

JCR 数据源（用户本地，不提交 Git）：

C:\Users\MI\Desktop\副本2026SCI期刊影响因子.xls

阶段 0：准备影响因子表

首次使用或 Excel 更新后执行：

python "C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow\scripts\convert_jcr_xls.py" `
  "C:\Users\MI\Desktop\副本2026SCI期刊影响因子.xls"

输出：references/journals-if.csv（ISSN 优先匹配，其次刊名/缩写）

阶段 1：PubMed 检索 + IF 筛选

先与用户确认

• 主题词（建议英文；中文先翻译）
• 年份范围、研究类型
• IF 门槛（用 AskQuestion）：不限 / IF≥5 / IF≥10 / 仅 Q1 / 自定义

运行检索

python "C:\Users\MI\.cursor\skills\academic-literature-workflow\scripts\search_pubmed.py" `
  --terms "air pollution" "childhood asthma" `
  --mode AND `
  --year-from 2020 --year-to 2026 `
  --types review meta-analysis `
  --min-if 5 `
  --quartile Q1 `
  --max 80 `
  --email "your@email.com" `
  --out-dir ".\litsearch_results"

输出目录包含：

• results.md — 排序表格 + 摘要
• results.csv / results.bib / results.json
• dois.txt — 供 ScanSci 批量下载

筛选规则：指定 --min-if 或 --quartile 时，不在 JCR 表中的期刊会被剔除（无法判定 IF）。

阶段 2：跨库扩展（academic-search）

当 PubMed + IF 筛选结果不足，或需要引用数/OA 状态/系统综述时，叠加 academic-search：

1. 读取 ~/.cursor/skills/academic-search/SKILL.md
2. 在 Semantic Scholar / OpenAlex / Europe PMC 扩展 query（2–3 个互补 query）
3. 第一遍输出轻量摘要表（标题、年份、venue、引用数、OA）
4. 用 DOI/PMID 与阶段 1 结果去重合并
5. 需要 PRISMA 时遵循 references/workflows/systematic-review.md

将新 DOI 追加到 dois.txt，或写入单独文件供下载。

阶段 3：批量下载 PDF（ScanSci PDF）

scansci-pdf batch ".\litsearch_results\dois.txt" --output "D:\papers"

单篇：

scansci-pdf get 10.1038/nature12373 --output "D:\papers"

机构访问（按需）：

scansci-pdf elsevier-setup --api-key YOUR_KEY
scansci-pdf login --url https://www.sciencedirect.com/

典型 Agent 工作流

A. 「找 IF>5 的队列研究并下载」

1. convert_jcr_xls.py（若 CSV 不存在或 Excel 已更新）
2. search_pubmed.py --min-if 5 --types cohort
3. 展示 results.md 给用户确认
4. scansci-pdf batch dois.txt --output <目标目录>

B. 「扩展检索 + 引用排序 + 下载」

1. academic-search 在 S2/OpenAlex 扩展并导出 DOI
2. 与本 skill 的 PubMed 结果按 DOI 去重
3. 可选：用 JCR 表对扩展结果做 IF 后筛（读 CSV 匹配 ISSN/刊名）
4. ScanSci 批量下载

C. 「系统综述 / PRISMA」

1. academic-search 主导检索与筛选记录
2. 本 skill 的 JCR 表用于期刊质量分层
3. ScanSci 下载纳入文献全文

配置清单

外部仓库

• academic-search — Cursor Agent 学术检索
• scansci-pdf — PDF 下载 CLI / MCP