How do I install the MCP BioMCP skill?

Run npx skillmds@latest add caoronglin/mcp-biomcp in your terminal (requires Node.js), paste this page's agent-chat prompt into Claude, Cursor, or any MCP-connected agent, or download the SKILL.md file and copy it into your agent's skills directory.

Is MCP BioMCP safe to use?

This skill has not completed SkillMD's automated safety review yet. SkillMD never runs a skill's scripts for you; review the SKILL.md before installing.

Which AI agents work with MCP BioMCP?

This skill is tagged as working with Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex. SKILL.md is an open format, so most agents that read a skills directory can load it too.

Is MCP BioMCP free to use?

Yes. Installing skills from SkillMD is free, and the skill stays under its author's original license.

Who published MCP BioMCP?

caoronglin (@caoronglin) published this skill. Their other Agent Skills are listed on their SkillMD profile.

MCP BioMCP by caoronglin — Agent Skill

Name: MCP BioMCP
Author: caoronglin

MCP BioMCP

生物信息学工具，整合基因查询、NCBI搜索、蛋白质分析、临床试验等功能。整合PubMed、ClinicalTrials.gov、MyGene.info、NCBI等权威数据源。当用户需要查询基因信息、搜索NCBI、蛋白质信息、生物文献时使用此技能。

caoronglin ebcc8bf 2.9 KB Updated Sep 17, 2026

File contents

BioMCP 生物信息学技能（整合版）

整合 BioMCP + NCBI 基因搜索，一站式生物信息学服务。

🧬 核心功能

基因信息查询

NCBI Gene：基因详情、序列信息、基因组位置
MyGene.info：基因批量查询、注释信息
UniProt：蛋白质序列、结构、功能

变异分析

ClinVar：致病性变异、临床意义
gnomAD：变异频率、人群分布
疾病关联：疾病-基因关系

文献检索

PubMed：生物医学文献搜索
文献关联：基因相关文献

临床试验

ClinicalTrials.gov：临床试验查询
疾病相关试验：按疾病/基因筛选

🔧 工具对比

功能	BioMCP	NCBI搜索
基因查询	✅ MyGene.info	✅ NCBI Gene
蛋白质	✅ UniProt	✅ NCBI Protein
文献	✅ PubMed	✅ PubMed
变异	✅ ClinVar/gnomAD	❌
临床试验	✅ ClinicalTrials	❌
序列信息	✅	✅ 更详细

最佳实践：

快速基因查询 → BioMCP（MyGene.info）
详细基因信息 → NCBI Gene
变异分析 → BioMCP（ClinVar/gnomAD）
临床试验 → BioMCP

💡 使用示例

1. 查询基因信息

用户: "查一下TP53基因"
操作: BioMCP搜索 "TP53" 或 NCBI Gene搜索

2. 变异分析

用户: "TP53的致病突变有哪些"
操作: BioMCP查询 ClinVar 变异

3. 搜索文献

用户: "找几篇关于CRISPR的论文"
操作: PubMed搜索 "CRISPR"

4. 临床试验

用户: "乳腺癌相关的临床试验"
操作: ClinicalTrials查询 "breast cancer"

📊 支持的数据源

数据源	类型	内容
NCBI Gene	基因数据库	基因信息、序列
NCBI Protein	蛋白质数据库	蛋白质序列、结构
PubMed	文献数据库	生物医学文献
ClinVar	变异数据库	致病性变异
gnomAD	变异数据库	人群变异频率
ClinicalTrials.gov	临床试验	全球临床试验
MyGene.info	基因API	快速基因查询
UniProt	蛋白质数据库	蛋白质注释

🎯 触发场景

用户询问基因、蛋白质信息
需要查询生物医学文献
需要分析基因变异
需要查找临床试验
生物信息学相关需求

🌐 相关资源

BioMCP: https://github.com/modelcontextprotocol/servers/tree/main/src/biomcp
NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov
MyGene.info: https://mygene.info
ClinVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar

BioMCP + NCBI | 一站式生物信息学服务

---name: mcp-biomcpdescription: 生物信息学工具，整合基因查询、NCBI搜索、蛋白质分析、临床试验等功能。整合PubMed、ClinicalTrials.gov、MyGene.info、NCBI等权威数据源。当用户需要查询基因信息、搜索NCBI、蛋白质信息、生物文献时使用此技能。---# BioMCP 生物信息学技能（整合版）整合 BioMCP + NCBI 基因搜索，一站式生物信息学服务。## 🧬 核心功能### 基因信息查询- **NCBI Gene**：基因详情、序列信息、基因组位置- **MyGene.info**：基因批量查询、注释信息- **UniProt**：蛋白质序列、结构、功能### 变异分析- **ClinVar**：致病性变异、临床意义- **gnomAD**：变异频率、人群分布- **疾病关联**：疾病-基因关系### 文献检索- **PubMed**：生物医学文献搜索- **文献关联**：基因相关文献### 临床试验- **ClinicalTrials.gov**：临床试验查询- **疾病相关试验**：按疾病/基因筛选## 🔧 工具对比| 功能 | BioMCP | NCBI搜索 ||------|--------|----------|| 基因查询 | ✅ MyGene.info | ✅ NCBI Gene || 蛋白质 | ✅ UniProt | ✅ NCBI Protein || 文献 | ✅ PubMed | ✅ PubMed || 变异 | ✅ ClinVar/gnomAD | ❌ || 临床试验 | ✅ ClinicalTrials | ❌ || 序列信息 | ✅ | ✅ 更详细 |**最佳实践：**- 快速基因查询 → BioMCP（MyGene.info）- 详细基因信息 → NCBI Gene- 变异分析 → BioMCP（ClinVar/gnomAD）- 临床试验 → BioMCP## 💡 使用示例### 1. 查询基因信息```用户: "查一下TP53基因"操作: BioMCP搜索 "TP53" 或 NCBI Gene搜索```### 2. 变异分析```用户: "TP53的致病突变有哪些"操作: BioMCP查询 ClinVar 变异```### 3. 搜索文献```用户: "找几篇关于CRISPR的论文"操作: PubMed搜索 "CRISPR"```### 4. 临床试验```用户: "乳腺癌相关的临床试验"操作: ClinicalTrials查询 "breast cancer"```## 📊 支持的数据源| 数据源 | 类型 | 内容 ||--------|------|------|| NCBI Gene | 基因数据库 | 基因信息、序列 || NCBI Protein | 蛋白质数据库 | 蛋白质序列、结构 || PubMed | 文献数据库 | 生物医学文献 || ClinVar | 变异数据库 | 致病性变异 || gnomAD | 变异数据库 | 人群变异频率 || ClinicalTrials.gov | 临床试验 | 全球临床试验 || MyGene.info | 基因API | 快速基因查询 || UniProt | 蛋白质数据库 | 蛋白质注释 |## 🎯 触发场景- 用户询问基因、蛋白质信息- 需要查询生物医学文献- 需要分析基因变异- 需要查找临床试验- 生物信息学相关需求## 🌐 相关资源- BioMCP: https://github.com/modelcontextprotocol/servers/tree/main/src/biomcp- NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov- MyGene.info: https://mygene.info- ClinVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar---*BioMCP + NCBI | 一站式生物信息学服务*

Frequently asked questions