How do I install the Bdbe Cellanno skill?

Run npx skillmds@latest add cas-bigdatalab/bdbe-cellanno in your terminal (requires Node.js), paste this page's agent-chat prompt into Claude, Cursor, or any MCP-connected agent, or download the SKILL.md file and copy it into your agent's skills directory.

Is Bdbe Cellanno safe to use?

This skill has not completed SkillMD's automated safety review yet. SkillMD never runs a skill's scripts for you; review the SKILL.md before installing.

Which AI agents work with Bdbe Cellanno?

This skill is tagged as working with Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex. SKILL.md is an open format, so most agents that read a skills directory can load it too.

Is Bdbe Cellanno free to use?

Yes. Installing skills from SkillMD is free, and the skill stays under its author's original license.

Who published Bdbe Cellanno?

cas-bigdatalab (@cas-bigdatalab) published this skill. Their other Agent Skills are listed on their SkillMD profile.

Bdbe Cellanno by cas-bigdatalab — Agent Skill

Name: Bdbe Cellanno
Author: cas-bigdatalab

Bdbe Cellanno

本skill是用于单细胞测序数据分析的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对经过预处理的单细胞表达数据进行自动化细胞类型注释。它通过基因比对、数据标准化、降维等一系列流程，将细胞聚类结果与已知参考数据库进行匹配，从而为每个细胞分配生物学功能标签。

File contents

Trigger

当用户希望"对单细胞数据进行自动化细胞类型注释"、”使用单细胞数据注释工具“等情况时触发。

Parameters

参数名	类型	说明	示例值	是否必填
input_file	string	输入单细胞测序数据文件路径	D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603	是
species	string	物种类型	mouse	是
output_dir	string	输出目录，默认在上传文件所在目录	D:\hqr\workspace\Agent\output	否

Examples

Example 1: 基本使用

python scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse

Example 2: 指定输出目录

python scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"

Implementation

核心流程

文件上传 - 上传待注释的单细胞数据集文件，获取文件唯一标识ID
启动分析 - 触发细胞类型注释分析，获取分析任务ID
获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
下载文件 - 下载生成的细胞类型注释结果文件

接口说明

文件上传接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/upload (POST)
分析触发接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=CellAnno&id={file_id}&species={species} (GET)
结果获取接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id} (GET)
文件下载接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link} (GET)

Notes

支持的文件格式：h5ad格式
分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果
结果包含细胞类型注释列表和CSV格式的结果文件
下载的结果文件默认保存在上传文件所在目录，也可通过output_dir参数指定

---name: bdbe-cellannodescription: 本skill是用于单细胞测序数据分析的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对经过预处理的单细胞表达数据进行自动化细胞类型注释。它通过基因比对、数据标准化、降维等一系列流程，将细胞聚类结果与已知参考数据库进行匹配，从而为每个细胞分配生物学功能标签。---## Trigger当用户希望"对单细胞数据进行自动化细胞类型注释"、”使用单细胞数据注释工具“等情况时触发。## Parameters| 参数名 | 类型 | 说明 | 示例值 | 是否必填 || :--- | :--- | :--- | :--- | :--- || input_file | string | 输入单细胞测序数据文件路径 | D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603 | 是 || species | string | 物种类型 | mouse | 是 || output_dir | string | 输出目录，默认在上传文件所在目录 | D:\hqr\workspace\Agent\output | 否 |## Examples### Example 1: 基本使用```bashpython scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse```### Example 2: 指定输出目录```bashpython scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"```## Implementation### 核心流程1. **文件上传** - 上传待注释的单细胞数据集文件，获取文件唯一标识ID2. **启动分析** - 触发细胞类型注释分析，获取分析任务ID3. **获取结果** - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果4. **下载文件** - 下载生成的细胞类型注释结果文件### 接口说明- **文件上传接口**：`https://www.bdbe.cn/kun/api/upload` (POST)- **分析触发接口**：`https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=CellAnno&id={file_id}&species={species}` (GET)- **结果获取接口**：`https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id}` (GET)- **文件下载接口**：`https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link}` (GET)## Notes- 支持的文件格式：h5ad格式- 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果- 结果包含细胞类型注释列表和CSV格式的结果文件- 下载的结果文件默认保存在上传文件所在目录，也可通过output_dir参数指定

Frequently asked questions