cas-bigdatalab Skill: bdbe_sexdetermine
Overview
本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。
Trigger
当用户希望"对单细胞样本进行性别判定"、”使用单细胞样本性别判定工具“等情况时触发。
Parameters
| 参数名 | 类型 | 说明 | 示例值 | 是否必填 |
|---|---|---|---|---|
| input_file | string | 输入单细胞样本数据文件路径 | D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv | 是 |
| species | string | 物种类型 | mouse | 是 |
| output_dir | string | 输出目录，默认在上传文件所在目录 | D:\hqr\workspace\Agent\output | 否 |
Examples
Example 1: 基本使用
python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse
Example 2: 指定输出目录
python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"
Implementation
核心流程
- 文件上传 - 上传待判定性别的单细胞样本文件，获取文件唯一标识ID
- 启动分析 - 触发性别判定分析，获取分析任务ID
- 获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
- 下载文件 - 下载生成的性别判定结果文件
接口说明
- 文件上传接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/upload(POST) - 分析触发接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=SexDetermine&id={file_id}&species={species}(GET) - 结果获取接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id}(GET) - 文件下载接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link}(GET)
Notes
- 支持的文件格式：CSV格式
- 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果
- 结果包含样本性别判定列表和CSV格式的结果文件
- 下载的结果文件默认保存在上传文件所在目录，也可通过output_dir参数指定