findscripter 何时使用
经 EBI QuickGO REST API 程序化访问 Gene Ontology（术语 + 层级）与跨物种蛋白 GO 注释时使用。免认证、返回 JSON，所有端点位于 https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/services/。典型场景：
- 把 GO ID（如
GO:0006915）解析为 name / definition / aspect（BP/MF/CC）。 - 按关键词搜 GO 术语（如 "apoptosis"）拿到候选 GO ID。
- 沿 GO DAG 向上取祖先或向下取后代。
- 按 UniProt 蛋白、物种 taxon、证据码、aspect 抓 GO 注释，或统计注释计数分布。
- 一次批量解析多个 GO ID（≤200/请求），免逐条循环。
不该用的边界：
- 不做富集分析本身（ORA/GSEA）——QuickGO 只提供原始注释数据，富集用
gene-set-enrichment-analysis。 - 不取蛋白序列 / 结构 / 特征注释——用
uniprot-protein-database。 - 需要跨多库（化合物/通路/变异等）泛查时改用
scientific-database-lookup。
步骤
- 装依赖（已在 pixi/conda 环境则跳过）：
pip install requests pandas matplotlib。 - 选端点：术语元数据 →
ontology/go/terms/{ids}；搜词 →ontology/go/search；层级 →terms/{id}/ancestors|descendants；注释 →annotation/search。 - 构造参数：注释查询按需带
goId/geneProductId（UniProtKB:ACCESSION）/taxonId/evidenceCode/goAspect。 - 发 GET：统一带
headers={"Accept": "application/json"}、timeout=30，并raise_for_status()。 - 翻页：读响应
numberOfHits，当其 >limit（默认 25，设limit=200）时用page逐页取，循环间time.sleep(1.0)。 - 落地：解析
results，按需转pandas.DataFrame出表/出图。
指令
统一 GET 封装与基址：
import requests, time
QUICKGO_BASE = "https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/services"
def quickgo_get(endpoint: str, params: dict = None) -> dict:
r = requests.get(f"{QUICKGO_BASE}/{endpoint}", params=params,
headers={"Accept": "application/json"}, timeout=30)
r.raise_for_status()
return r.json()
核心端点速查：
| 任务 | 端点 | 关键参数 |
|---|---|---|
| 术语元数据（单/批） | ontology/go/terms/{id1,id2,...} |
逗号分隔，≤200 IDs |
| 关键词搜词 | ontology/go/search |
query, limit, page |
| 祖先 | ontology/go/terms/{id}/ancestors |
relations（默认 is_a） |
| 后代 | ontology/go/terms/{id}/descendants |
relations |
| 注释检索 | annotation/search |
goId/geneProductId/taxonId/evidenceCode/goAspect/limit/page |
GO 三大 aspect 根： biological_process(GO:0008150)、molecular_function(GO:0003674)、cellular_component(GO:0005575)；主要关系 is_a(子类)、part_of(部分)。
证据码分级（按可信度筛选）：
| 类别 | 代码 | 含义 |
|---|---|---|
| 实验 | EXP, IDA, IPI, IMP, IGI, IEP | 直接生化/遗传实验，高可信 |
| 计算/相似 | ISS, ISO, ISA, IBA, RCA | 序列或系统发育推断 |
| 作者陈述 | TAS, IC | 注释者/作者断言，无实验 |
| 电子 | IEA | 自动推断、无人审，最低可信 |
| 高通量 | HTP, HDA, HMP, HGI, HEP | 高通量实验方法 |
机制性/临床结论应排除 IEA，仅取 EXP,IDA,IPI,IMP,IGI,IEP[,TAS]。
示例
1) 批量解析 GO ID → name/aspect（一次请求）：
go_ids = ["GO:0006915", "GO:0005515", "GO:0016020"]
data = quickgo_get(f"ontology/go/terms/{','.join(go_ids)}")
for t in data.get("results", []):
print(f"{t['id']} {t['aspect']:<20} {t['name']}")
# GO:0006915 biological_process apoptotic process
# GO:0005515 molecular_function protein binding
# GO:0016020 cellular_component membrane
2) 关键词搜词：
hits = quickgo_get("ontology/go/search",
{"query": "autophagy", "limit": 20, "page": 1})["results"]
for h in hits[:3]:
print(h["id"], h["aspect"], h["name"])
3) 沿 DAG 取祖先/后代：
def get_relatives(go_id, kind, relations="is_a,part_of"):
r = quickgo_get(f"ontology/go/terms/{go_id}/{kind}",
{"relations": relations})["results"]
return r[0].get(kind, []) if r else []
anc = get_relatives("GO:0006915", "ancestors")
desc = get_relatives("GO:0006915", "descendants")
print(len(anc), "ancestors,", len(desc), "descendants")
4) 抓蛋白实验注释并翻页（TP53 = P04637）：
EXP = "EXP,IDA,IPI,IMP,IGI,IEP"
def get_exp_annotations(uniprot_id, page_size=200):
out, page = [], 1
while True:
data = quickgo_get("annotation/search", {
"geneProductId": f"UniProtKB:{uniprot_id}",
"evidenceCode": EXP, "limit": page_size, "page": page})
batch = data.get("results", [])
out.extend(batch)
if not batch or len(out) >= data.get("numberOfHits", 0):
break
page += 1
time.sleep(1.0) # 礼貌限速
return out
anns = get_exp_annotations("P04637")
print(f"TP53 experimental GO annotations: {len(anns)}")
5) 本体感知抓取：先取某术语全部后代，再合并查注释，覆盖更具体子术语（仅查精确 goId 会漏标到子术语的蛋白）。
注意事项
- GO ID 格式：
GO:+ 7 位数字、大写、无空格，否则 HTTP 400。 - UniProt 加前缀：
geneProductId须为UniProtKB:P04637（大小写敏感），否则 0 命中。 - 必检
numberOfHits：默认limit=25常只返回一小部分；务必设limit=200并按page翻页直到取全。 - 批量优先：terms 端点接受逗号分隔 ID 列表，一次解析 ≤200 个，比逐条快约百倍；超 200 分块、块间
sleep(1.0)。 - 礼貌限速：QuickGO 无硬性限额但属共享 EBI 设施；批量循环每请求间隔
time.sleep(1.0)，遇5xx/503退避后重试。 - obsolete 术语：已知 GO ID 却返回
results: []时检查isObsolete，在replacedBy/consider里找替代。 - 后代过大（1000+）：选了过宽的根术语；改用更具体子术语或按 100 分块处理。
- 避免混淆 aspect：筛注释/富集时核对
aspect字段，勿混 BP/MF/CC。
互见
- requires：（无）——免认证、零前置，直接可调。
- related：
uniprot-protein-database—— 取蛋白序列/结构/特征注释的互补库；scientific-database-lookup—— 跨多库泛查的总入口。 - combines_with：
gene-set-enrichment-analysis—— 用 QuickGO 抓原始 GO 注释/解析术语 ID，再交给它做 ORA/GSEA 富集。
本条采编自 jaechang-hits/SciAgent-Skills（CC-BY-4.0）。