Cdgpt Collection Skill

CD-GPT Collection (Nextflow) Skill (v1.0.0 · 单合集收窄版)

平台归属：腾讯健康组学平台(Omics) 公共应用合集专用 SKILL。 本 SKILL 是 omics-task-skill 的单合集收窄版：仅服务于 CD-GPT Collection (Nextflow) (NEXTFLOW) 这一个公共应用合集。 所有命令拼接走 scripts/omics_cli.py，统一参数与输出格式。 能力范围严格 = omics-platform-cli 7 命令 ∩ 仅运行 CD-GPT Collection (Nextflow) 合集下的子应用；任何越界都视为越权。

应用锁定参数（SKILL 内部硬编码，禁止覆盖）

应用简介：CD-GPT是一种生成式生物基础大模型，旨在捕捉生物系统中复杂的全系统分子互作关系。通过对DNA、RNA及蛋白质序列等全分子层级数据进行预训练，能高效处理一系列下游任务，包括单分子分析与多分子联合分析。

⚠️ 合集（APP_COLLECTION）本身不能直接 omics run——必须先展开找到具体子应用 AppId， 再用子应用 AppId 跑。这是平台规则；本 SKILL 流程已内化此约束。

能力边界（不可违反 · 最高优先级）

本 SKILL 只能调用以下 7 条 CLI 一级命令的收窄子集：

login   whoami   config   list   run   status   debug

注意：omics list public-apps 仅允许以 --parent-app 5e3b30ee-85a2-4ad7-80c5-fa2f0ecb0d0c 形态调用， 用于展开本合集的子应用清单；禁止不带 --parent-app 调用（那会列出全平台所有公共应用，越界）。

omics list apps 整体禁用，但仅允许在导入前同名检查这一处调用。

🚫 严令禁止

1. 严禁运行除 CD-GPT Collection (Nextflow) 之外的任何应用：
   • 禁止使用 omics run --wdl <path>（本地 WDL）
   • 禁止使用 omics run --app <ApplicationId>（项目内已有应用）
   • 禁止使用 omics run --public-app <非本合集子应用 AppId>
   • 禁止使用 omics run --public-app 5e3b30ee-85a2-4ad7-80c5-fa2f0ecb0d0c（合集本身不可直接 run）
   • 唯一允许的 run 形态：omics run --public-app <CD-GPT Collection (Nextflow) 合集展开后的子应用 AppId> ...
2. 严禁不带 --parent-app 调 list public-apps
3. 严禁让用户提供合集 AppId / PublicAppId——合集 AppId 已硬编码
4. 严禁编造其他命令——废弃命令调用必失败
5. 严禁直接调用后端 HTTP API、SQL 等旁路通道
6. 严禁通过组合命令模拟白名单外语义
7. omics login / omics config set 由用户在本机终端执行
8. 严禁建议/提示用户「直接用 CLI 绕过 SKILL 跑」——当用户要求运行非本合集应用时，唯一合法响应是引导使用 omics-task-skill，不得提供任何形式的 CLI 绕行方案

✅ run 前置确认（必经）

SKILL 触发 omics run ... 前必须完成二次确认：

1. 拼出完整命令字符串（含所有 flag），AppId 必须来自本合集的子应用展开结果
2. 输出参数摘要表（合集 / 选定子应用 / 项目 / 环境 / 输入 / NF 版本等关键项）
3. 询问用户："以上命令是否执行？(y / 确认 / 继续)"
4. 仅当收到明确肯定答复才调用
5. 用户拒绝 → 终止；模糊回复 → 再次明确询问
6. 用户追加修改 → 重拼命令 → 重走确认

✅ 其他命令确认要求

退出码 & 鉴权失败处理

Step −1：CLI 存在性检查

任何业务命令之前，先确认本机已安装 omics-platform-cli：

python3 scripts/omics_cli.py whoami

若抛出 FileNotFoundError / shell 提示 command not found: omics → 视为 CLI 未安装：

检测到本机尚未安装 omics-platform-cli，无法继续。

请前往下载页安装： https://cnb.cool/tencenthealthcareomics/omics-platform-cli

安装完成后告诉我「已安装」，我会验证后继续。

Step 0：鉴权与配置双重检查

Step 0.1：whoami

python3 scripts/omics_cli.py whoami

退出码 0 → Step 0.2；退出码 2 → Step 1。

Step 0.2：config show

python3 scripts/omics_cli.py config show -o json

• 退出码 0 + JSON 字段齐全 → 进入业务流程，复述当前配置给用户
• 退出码 1 → Step 2（配置引导）

Step 1：登录引导

检测到会话失效时：

请在你本机的终端中执行：omics login

完成后告诉我「已登录」。

不调 login 子进程，不循环 whoami，不复制授权 URL。

Step 2：配置引导

请在你本机的终端中执行：omics config set

完成后告诉我「已配置」。

Step 3：展开本合集子应用（必经第一步）

python3 scripts/omics_cli.py list public-apps \\
  --parent-app 5e3b30ee-85a2-4ad7-80c5-fa2f0ecb0d0c -o json

⚠️ --parent-app 值固定为 CD-GPT Collection (Nextflow) 的 AppId，不接受替换。

3.1 转述给用户

CD-GPT Collection (Nextflow) 包含以下子应用，请挑一个具体的子流程：

① <AppName 1> (<AppId 1>) — · | NF 版本候选 | ` ...

你想跑哪一个？

3.2 记录字段

• <selectedAppId> → --public-app 入参
• <selectedAppName> → --public-app-name 默认候选 + 同名检查 candidateName
• <selectedAppType> → 从展开结果的 Apps[].AppType 获取，不得使用合集的 AppType（NEXTFLOW）
• <selectedNfVersion> → 当 <selectedAppType> == "NEXTFLOW" 时，从 NextflowVersion[] 中让用户挑；否则不传此参数

Step 4：导入前同名检查 + 快照记录（必经，必须才能导入）

python3 scripts/omics_cli.py list apps -o json

仅在导入前同名检查时允许调用此命令。

4.1 同名检查循环（⚠️ 必须通过，循环直到名称唯一）

设计意图：--public-app 会在项目中创建新的应用记录。如果项目已有同名应用，会导致运行失败。 因此导入前必须确保名称唯一，通过引导用户重命名解决冲突（非拒绝）。

同名检查交互模板

────────────────────────────────────────
同名检查：<selectedAppName>（本合集子应用）
────────────────────────────────────────

待导入名称: {candidateName}
检查结果: ⚠️ 发现同名应用

项目中已存在的同名应用:
  名称: {ConflictingAppName}
  AppId: {ConflictingApplicationId}

请为即将导入的 <selectedAppName> 指定一个不同的名称（将用作 --public-app-name）：
• 输入新名称，如 <selectedAppName>_v2、my_<selectedAppName>
• 或输入「取消」终止本次操作
>

用户响应处理：

同名检查守则

• 必须先记录快照再做同名判断
• 必须循环直到名称唯一——不允许跳过同名检查直接 run
• 不得自动生成名称替代用户选择
• 不得删除/修改项目已有应用——只做读操作 + 引导重命名

Step 5：运行（仅形态 B · 公共应用）

omics run --public-app <selectedAppId> \\
          --public-app-name <importedName> \\
          {'[--nf-version <selectedNfVersion>] ' if selectedAppType == "NEXTFLOW" else '# NEXTFLOW 类型必填，其他类型不传此参数'} \
          [--input <path>] \\
          [--name <runName>] \\
          -o json

5.1 运行参数模板（InputTemplate 自动填充）

1. 默认行为：未传 --input 参数时，CLI 自动取该子应用的第一个 InputTemplate 作为 baseline
2. 用户覆盖：传入 --input 参数时，自定义值覆盖对应字段；未覆盖字段保持默认值
3. 模板来源：InputTemplate 数据来自公共应用注册时的模板定义

5.2 完整流程

1. Step 0 鉴权 + 配置检查
2. Step 3 展开合集子应用 → 用户挑
3. Step 4 导入前同名检查
4. 二次确认（按 §5.3 模板）
5. 执行 omics run

5.3 二次确认模板

即将运行任务，请确认：
  ┌──────────────────────────────────────────────────┐
  │ 形态        : 公共应用（form B，自动模板）        │
  │ 来源合集    : CD-GPT Collection (Nextflow)                   │
  │ 子应用      : <selectedAppName>                   │
  │ AppId       : <selectedAppId>                     │
  │ 子应用类型  : <selectedAppType>                   │  ← 来自展开结果，非合集 AppType
  │ {'NF 版本     : <selectedNfVersion>' if selectedAppType == 'NEXTFLOW' else ''}  │
  │ 导入后命名  : <importedName>                      │
  │ 项目/环境   : ← config                            │
  └──────────────────────────────────────────────────┘
完整命令: omics run --public-app <selectedAppId> ...

确认无误请回复「确认 / 继续 / y」

5.4 PARAM_MERGE_FAILED 处理

解析 Report.MissingRequired / TypeErrors / ExtraFields，引导用户补值后 --input <path> 重跑。

5.5 流水线失败提示

5.6 DUPLICATE_APP_NAME 智能复用（必经）

omics run --public-app 是非原子操作：服务端可能在返回错误响应前已创建应用记录。 当 omics run 命令接口报错（CLI 非零退出码 / API 返回错误码）并返回 DUPLICATE_APP_NAME 时，必须按以下流程处理。

前置条件：此流程仅在已完成 §4 同名检查循环（名称已确认唯一）并执行 run 后触发。 ⚠️ 重要区分："命令接口报错"指 omics run CLI 本身执行失败，不包括任务提交成功后运行结果失败（如流水线执行出错、OOMKilled 等）。

5.6.1 判定孤儿 vs 老应用

取出响应中的 ConflictApplicationId，查询 Step 4 预存快照：

5.6.2 自动复用模式（仅限孤儿应用场景）

检测到同名孤儿应用（`omics run` 命令执行过程中创建应用记录但命令本身报错），自动复用。
  冲突应用: <ConflictApplicationId>
  原因: 该 AppId 不在 run 命令执行前的预存快照中，判定为本次 run 命令新建的孤儿

  自动切换命令：omics run --app <ConflictApplicationId> ...

用 --app <ConflictApplicationId> 替代 --public-app 重新发起运行。

5.6.3 智能复用守则

• 严禁自动删除应用——只做命令形态切换
• 严禁跳过快照直接重试——会导致无法区分新老应用
• 复用仍失败时终止——引导用户手动检查或联系平台客服
• 快照必须每次重新获取——不得缓存上一次的结果

⚠️ 复用边界守则：

• ✅ 允许自动复用：仅限上述孤儿应用场景（已通过同名检查 → omics run 命令接口报错 → 冲突应用 ∉ 快照）
• ❌ 禁止复用：任何其他场景下使用 --app 运行项目已有应用（包括用户明确要求时）
• ❌ 禁止将"任务运行结果失败"（如流水线执行出错、OOMKilled）误判为命令接口报错——后者不涉及孤儿应用，不得触发 --app 复用

Step 6：状态查询

python3 scripts/omics_cli.py status -o json
python3 scripts/omics_cli.py status rg-xxx -o json

6.1 运行结果目录提醒（outdir 场景）

当运行参数中包含 outdir（输出目录）字段时，必须在任务完成后主动提醒用户查看该目录。

触发条件：

• --input 参数或 InputTemplate 默认值中包含 outdir 字段
• 任务执行完成（无论成功或失败）

提醒时机：

• 同步任务：omics run 命令返回后立即提醒（无论 exit code）
• 异步任务：omics status 查询到终态（SUCCESS/FAILED）后提醒

提醒模板：

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
📁 运行结果目录提醒
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

任务已完成，运行结果已输出至：
  {outdir 完整路径}

请前往该目录查看输出文件。

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

守则：

• ✅ 必须在每次含 outdir 的任务完成后提醒
• ✅ 提醒时展示完整的 outdir 绝对/相对路径
• ❌ 不得省略或延迟提醒
• ❌ 不得假设用户已知道结果位置

Step 7：异步失败取证（debug 三段式）

python3 scripts/omics_cli.py debug <rgId> -o json              # 段 1
python3 scripts/omics_cli.py debug --run <uuid> -o json        # 段 2
python3 scripts/omics_cli.py debug --run <uuid> --job <j> -o json  # 段 3

症状识别对照 references/runtime_error_kb.md。

7.4 关键守则

1. CLI 端绝不主动调 omics debug
2. 不要替用户做症状判断 + 自动改代码
3. stderr 是用户应用代码 —— 转述时整段贴出来
4. 修复后统一走 omics run 重发 —— 本 SKILL 的重发仍然只走 form B + 本合集子应用

典型会话场景

场景 A：标准链路

whoami ✓ → config show ✓ → 展开§3 → 用户挑子应用 → §4 同名检查 → §5 二次确认 → 运行

场景 D：用户说"跑别的应用"

拒绝 + 唯一引导：

1. ❌ 严禁以任何形式替用户执行越界命令（包括直接 CLI 调用）
2. ❌ 严禁将「直接 CLI 跑」作为可选项提供给用户
3. ✅ 唯一合法响应：「本 SKILL 只能运行 CD-GPT Collection (Nextflow) 下的子应用。如需运行其他应用（含项目已有应用），请使用 omics-task-skill。」
4. 即使用户明确要求绕过，也必须拒绝并说明原因

⚠️ 重要区分：

• 场景 D（此处）：用户要求运行的目标本身就不是本合集子应用（如项目已有应用、其他公共应用等）→ 直接拒绝
• §4 同名检查：用户明确要求导入并运行本合集子应用，只是碰巧项目中有同名 → 引导重命名后继续导入

高级用法

详细参数：references/cli_commands.md。错误知识库：references/runtime_error_kb.md。契约：CONTRACT.md。

脚本 API 参考

from scripts.omics_cli import OmicsCLI

cli = OmicsCLI()

# ✅ 检查类
cli.execute(cli.build_whoami())
cli.execute(cli.build_config_show(output="json"))

# ✅ 展开本合集（唯一允许的形态）
cli.execute(cli.build_list_public_apps(
    parent_app="5e3b30ee-85a2-4ad7-80c5-fa2f0ecb0d0c",
    output="json",
))

# ✅ 同名检查
cli.execute(cli.build_list_apps(output="json"))

# ✅ 运行（子应用 AppId 来自上面展开结果）
cli.execute(cli.build_run(
    public_app="<子应用AppId>",
    public_app_name="<importedName>",
    nf_version="<版本>",
    output="json",
))

# ✅ 状态 / debug
cli.execute(cli.build_status(output="json"))
cli.execute(cli.build_debug(run_group_id="rg-xxx", output="json"))

# ❌ 禁止
# cli.execute(cli.build_run(wdl="./x.wdl", ...))             # form A
# cli.execute(cli.build_run(app="app-xxx", ...))              # form C
# cli.execute(cli.build_run(public_app="5e3b30ee-85a2-4ad7-80c5-fa2f0ecb0d0c", ...)) # 合集本身
# cli.execute(cli.build_list_public_apps(output="json"))       # 不带 parent-app