Mol 3d Viewer

Molecular 3D Viewer

将 SMILES 字符串或化学名称转换为分子 3D 结构，支持生成 SDF 文件、3D 分子图片和 可交互 HTML 网页（可用鼠标旋转观察）。

触发条件

• 用户提供 SMILES 并要求 3D 可视化
• 提到"3D 分子"、"分子 3D"、"3D 结构"
• 说"3D visualization"、"rotate molecule"、"交互分子"
• 要求生成可旋转的分子模型
• 提供分子文件（SDF、MOL、PDB 等）

功能

• ✅ SMILES → 3D 分子结构
• ✅ IUPAC 名称 → 3D 结构（自动通过 OPSIN 转 SMILES）
• ✅ 分子文件支持 - SDF、MOL、PDB 格式
• ✅ 3D 优化 - 使用 RDKit MMFF94 力场优化几何结构
• ✅ SDF 文件输出 - 标准分子结构文件格式
• ✅ 真正的 3D 渲染图片 - 基于 3D 坐标渲染，不是 2D 结构图
• ✅ 可交互 HTML - 生成 WebGL 网页，支持鼠标旋转、缩放
• ✅ 多种渲染样式 - 球棍模型、棍状模型、空间填充模型
• ✅ 聚合物支持 - 正确渲染聚合物 3D 结构
• ✅ 批量生成 - 支持多个分子同时处理
• ✅ 分子信息展示 - HTML 中显示分子式、分子量

三种输出格式

1. SDF 文件 (.sdf)

• 格式: Structure Data File
• 用途: 标准分子结构交换格式
• 内容: 3D 坐标、原子、键信息
• 兼容: 支持所有化学软件（ChemDraw、PyMOL 等）

2. 3D 图片 (.png)

• 格式: PNG 位图
• 渲染: 基于真实 3D 坐标渲染
• 样式: 默认球棍模型（ball_stick）
• 尺寸: 800x600（可自定义）
• 用途: 快速预览、文档插入

3. 可交互 HTML (.html)

• 渲染: 3Dmol.js WebGL
• 功能:
  • 🖱️ 鼠标旋转、平移、缩放
  • 🎨 多种显示模式切换
  • 📊 分子式、分子量展示
  • 💾 截图保存功能
  • 🔄 自动旋转开关
• 特点: 分子自动居中，打开即可见

使用方法

对话框中使用

生成 ethanol 的 3D 分子结构
SMILES: CCO，创建 3D 可交互网页
可视化 aspirin 的 3D 结构，保存为 HTML
poly[oxy(1-methylethylene)] 生成 3D 模型
从文件 molecule.sdf 生成 3D 展示
批量生成 3D：CCO,C1=CC=CC=C1

命令行使用

# 生成全部三种输出（SDF + 3D 图片 + HTML）
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol

# 只生成 SDF 文件
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol --sdf-only

# 只生成 3D 图片
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol --image-only

# 只生成 HTML
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol --html-only

# 从名称生成
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --name "aspirin" --output aspirin

# 自定义渲染样式
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol --style ball_stick

# 批量生成
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO,C1=CC=CC=C1" --output-dir ./3d_molecules

参数说明

渲染样式

输出示例

生成全部三种输出

$ python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO" -o ethanol
✓ 已生成 3D 优化结构
  📄 SDF: ethanol.sdf
  🖼️  3D 图片：ethanol_3d.png
  🌐 HTML: ethanol.html (可交互，支持旋转)

从名称生成

$ python3 mol_3d_viewer.py -n "caffeine" -o caffeine
✓ 已生成 3D 优化结构
  📄 SDF: caffeine.sdf
  🖼️  3D 图片：caffeine_3d.png
  🌐 HTML: caffeine.html (可交互，支持旋转)

聚合物 3D 结构

$ python3 mol_3d_viewer.py -s "*OCC*" -o peo
✓ 已生成 3D 优化结构 [聚合物]
  📄 SDF: peo.sdf
  🖼️  3D 图片：peo_3d.png
  🌐 HTML: peo.html (可交互，支持旋转)

批量生成

$ python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO,C1=CC=CC=C1,CC(=O)O" -d ./3d_molecules
✓ 已生成：./3d_molecules/mol_1/ (3 files)
✓ 已生成：./3d_molecules/mol_2/ (3 files)
✓ 已生成：./3d_molecules/mol_3/ (3 files)
完成：3/3 成功

可交互 HTML 功能

生成的 HTML 网页支持：

鼠标控制

• 左键拖动 - 旋转分子
• 右键拖动 - 平移分子
• 滚轮 - 缩放
• 双击 - 重置视角

显示模式切换

• 棍状模型（Stick）
• 球棍模型（Ball & Stick）
• 空间填充（Space Fill）
• 分子表面（Surface）

信息展示

• 分子式 - 醒目显示在顶部
• 分子量 - 精确到小数点后两位
• SMILES - 可滚动查看完整结构
• 输入名称 - 如果从名称生成

其他功能

• 原子标签显示/隐藏
• 自动旋转开关
• 截图保存（一键下载 PNG）
• 响应式设计（适配桌面和移动设备）

依赖

pip install rdkit requests numpy

可选依赖（用于更高级的 3D 优化）：

pip install openbabel  # 支持更多文件格式

OPSIN API 说明

• 来源: 剑桥大学（重定向至欧洲生物信息学研究所 EBI）
• 网址: https://opsin.ch.cam.ac.uk/
• 优势:
  • 支持复杂 IUPAC 名称解析
  • 无需 API 密钥
  • 自动跟随重定向
• 限制:
  • 需要网络连接
  • 某些商品名可能无法识别

3D 优化流程

1. 从 SMILES 生成 2D 结构 - RDKit
2. 添加氢原子 - 补全分子
3. 生成 3D 坐标 - ETKDG 算法
4. 力场优化 - MMFF94 或 UFF
5. 能量最小化 - 最多 200 步迭代
6. 渲染输出 - 3Dmol.js（HTML）或 RDKit（图片）

完整工作流程示例

示例 1: 从 IUPAC 名称到三种输出

# 一键生成（自动转换名称 + 3D 优化 + 三种输出）
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --name "aspirin" --output aspirin

示例 2: 从分子文件到 3D 展示

# 从 SDF 文件生成
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --input molecule.sdf --output molecule_3d

# 从 PDB 文件生成（蛋白质等生物大分子）
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --input protein.pdb --output protein_3d --style surface

示例 3: 批量处理聚合物

# 创建聚合物列表
cat > polymers.txt << EOF
poly[oxyethylene]
poly[methyl methacrylate]
poly[styrene]
EOF

# 批量转换并生成 3D
python3 scripts/iupac_to_smiles.py --input polymers.txt --output polymers.json

# 提取 SMILES 并批量生成 3D
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "*OCC*,*CC(C)(C(=O)OC)*,*CC(C1=CC=CC=C1)*" \
  --output-dir ./polymer_3d

与其他化学技能配合

与 iupac_to_smiles 配合

# 1. 转换名称为 SMILES
python3 scripts/iupac_to_smiles.py --name "poly[oxy(1-methylethylene)]" -o result.json

# 2. 生成 3D 三种输出
SMILES=$(cat result.json | jq -r '.results[0].polymer_smiles')
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "$SMILES" --output ppo_3d

与 mol_visualizer 配合

# 2D 结构图 + 3D 可交互模型一起生成
python3 scripts/mol_visualizer.py --smiles "CCO" --output ethanol_2d.png
python3 scripts/mol_3d_viewer.py --smiles "CCO" --output ethanol_3d

支持的分子文件格式

注意事项

• ✅ 三种输出 - 默认生成 SDF + 3D 图片 + HTML
• ✅ 3D 优化 - 所有结构都经过力场优化，接近真实几何
• ✅ 聚合物支持 - 正确处理聚合物连接点
• ✅ 自动加氢 - 自动补充氢原子确保价态正确
• ✅ 交互友好 - HTML 分子自动居中，打开即可见
• ✅ 信息完整 - HTML 显示分子式、分子量
• ⚠️ 大分子优化时间 - 超过 100 个原子的分子可能需要数秒优化
• ⚠️ 构象异构体 - 生成的是单一构象，可能存在多种稳定构象
• ⚠️ 需要网络连接 - IUPAC 名称转换需要 OPSIN API
• ⚠️ HTML 需要浏览器 - 可交互网页需要现代浏览器（支持 WebGL）

错误处理

技术实现

3D 坐标生成

• 算法: ETKDG (Experimental-Torsion Knowledge Distance Geometry)
• 库: RDKit
• 精度: 接近实验晶体结构

力场优化

• 默认: MMFF94 (Merck Molecular Force Field)
• 备选: UFF (Universal Force Field)
• 迭代: 最多 200 步能量最小化

3D 图片渲染

• 库: RDKit MolDraw2D (Cairo/SVG)
• 类型: 真正的 3D 坐标渲染（不是 2D 结构图）
• 默认样式: 球棍模型（ball_stick）

HTML 渲染

• 库: 3Dmol.js (v2.x)
• 渲染器: WebGL
• 兼容性: 所有现代浏览器

性能参考

输出文件位置

默认输出目录：~/.openclaw/media/mol-3d-viewer/

可以在技能目录创建输出目录：

mkdir -p ~/.openclaw/media/mol-3d-viewer

高级选项

自定义力场

# 使用 UFF 力场（适合含金属的分子）
python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO" -o ethanol --force-field uff

自定义优化步数

# 增加优化步数（更精确但更慢）
python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO" -o ethanol --max-steps 500

自定义样式

# 球棍模型
python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO" -o ethanol --style ball_stick

# 空间填充模型
python3 mol_3d_viewer.py -s "CCO" -o ethanol --style sphere