jsChen-biostat 验证和验收（Typst / LaTeX）
本 skill 是完整工作流的最后一关。它不重新建模、不生成新结果、不代替写作阶段重写论文；它负责发现硬错误、修复可直接修复的问题，并输出 reports/VERIFY_REPORT.md。
数学建模规范参考
如需领域判断，读取 ../_references/math_modeling_norms.md 中的"论文验收与一致性"小节。该文件只是规范知识库，不是固定执行流程；具体目录、入口文件、结果文件和图表目录由当前项目结构决定。
阶段边界
- 本阶段负责：结构验收、文本质量门禁、图表引用检查、结果一致性检查、Typst/LaTeX 编译检查、PDF 视觉检查、提交清单。
- 本阶段不负责：重新设计模型、重新跑大规模实验、重新组织整篇论文。
- 发现硬错误时，优先做小范围修复；如果需要回到前序阶段，写入
reports/VERIFY_REPORT.md并标记为未通过。
输入
由模型先根据当前工作区判断项目布局，再把实际路径传给检查脚本。常见输入包括但不限于：
- 论文入口文件：
main.typ（Typst）或main.tex（LaTeX）。 - 正文章节目录或若干正文文件（
.typ或.tex）。 - 参考文献文件（
references.typ或references.tex）。 - 前序阶段的分析、建模、结果、图示报告。
- 图表目录
- 可复现代码目录。
- 编译后的 PDF，或可由入口文件编译得到的输出 PDF。
不要假设论文目录一定叫 paper/，也不要假设结果文件一定在项目根。若项目使用不同命名，按实际结构传参并在 reports/VERIFY_REPORT.md 中说明。
工作流程
Step 1: 运行文本质量门禁
优先运行本 skill 的脚本。脚本按入口文件扩展名自动选择检查逻辑（.typ → Typst 检查，.tex → LaTeX 检查）：
set -o pipefail
mkdir -p _tmp
SCRIPT_PATH="<按当前 skill 实际位置确定>/scripts/writing_check.sh"
bash "$SCRIPT_PATH" \
--paper-dir "$PAPER_DIR" \
--main "$MAIN_FILE" \
--sections-dir "$SECTIONS_DIR" \
--references "$REFERENCES_FILE" \
--figures-dir "$FIGURES_DIR" \
--results-file "$RESULTS_FILE" \
--problem-analysis "$PROBLEM_ANALYSIS_FILE" \
--all-results "$ALL_RESULTS_FILE" \
| tee _tmp/writing_check.log
如果本 skill 被复制到其他目录，使用实际脚本路径。可以先运行 bash <script> --help 查看参数。不要把脚本路径、论文目录或文件名写死在验收逻辑中。
脚本只扫描文本，不生成论文，也不编译 PDF。它的 FAIL 属于硬错误，必须修复后重跑。
Step 2: 章节数量和标题顺序
Typst 引擎检查：
- 入口
.typ文件中#include("...")的数量是否与实际正文结构匹配。 - include 顺序是否符合文件名前缀顺序，例如
1_...,2_...,3_...。 - 每个 section 是否有明确一级标题（
= 标题，等号后有空格）。 - 标题顺序是否符合所选论文类型。
LaTeX 引擎检查：
- 入口
.tex文件中\input{...}或\include{...}的数量是否与实际正文结构匹配。 - 章节顺序是否符合文件名前缀顺序。
- 每个 section 是否有
\section{}或对应级别标题。
通用检查（两种引擎）：
- 章节文件是否缺失、重复引用、未被引用。
- 如果题目不是三问，不强行要求三段问题章节；按
ANALYSIS_MODELING_REPORT.md的子问题数量核对。
Step 3: 图表和章节匹配
Typst 引擎检查：
- 图表目录中的 PDF 是否在正文中被引用。
#figure(image(...), caption: [...])的图片是否真实存在。图片路径必须相对于.typ文件。- 数据图是否放在对应结果/分析章节，非数据流程图是否放在方法/总体思路章节。
LaTeX 引擎检查：
\includegraphics{}引用的图片文件是否真实存在。路径相对于.tex文件。\caption{}是否存在。- 数据图是否放在对应结果/分析章节。
通用检查（两种引擎）：
- 连续图表之间是否有足够解释文字。
- caption 是否过长、过泛或与图意不一致。
- 图表编号、正文引用和章节语义是否一致。
不要生成 *_typst_includes.typ 或 *_latex_includes.tex；图表必须直接嵌在对应 section 中。
Step 4: 写作质量和泄露检查
检查并修复：
TODO、PLACEHOLDER、待补充、待续写、示例数据等占位符。- 论文正文出现内部工作流文件名、临时目录名、代码目录名或结果 JSON 路径。
- 过多列表式写作（Typst 中大量
#list、enum，LaTeX 中大量\begin{itemize}、\begin{enumerate}）。 - 段落反复以"如图""由图""图 X 展示了"开头。
- 图表后没有解释、公式后没有变量含义、结论只报数不解释。
Step 5: 数值和结果一致性
检查：
- 论文中的关键数值必须来自当前工作流声明的结果记录或结果 JSON。
- 目标函数值、误差指标、排名、权重、阈值、灵敏度结果不得与结果记录冲突。
- 如果存在汇总结果 JSON，抽取关键指标并确认论文正文中有对应结果。
- 公式中的符号应在符号说明或正文首次出现处解释。
发现数值冲突时，不要自行发明新结果；应回到结果记录或代码输出修正论文。
Step 6: 引用和模板规范
检查：
- 参考文献文件是否存在，或模板是否采用了其他真实参考文献机制。
- 正文引用标记（Typst 的
@label/#super，LaTeX 的\cite{}）是否能对应到真实参考文献。 - 中文论文 caption、表题、摘要语言保持中文；英文论文保持英文。
- 选定的模板入口是否保留所选比赛模板的必要封面、摘要、编号、页眉页脚或提交格式。
- 不要把模板结构误删成普通空白文档。
Step 7: 编译
Typst 编译：
command -v typst >/dev/null 2>&1 && typst compile "$MAIN_FILE" "$OUTPUT_PDF"
LaTeX 编译：
command -v xelatex >/dev/null 2>&1 && xelatex -interaction=nonstopmode "$MAIN_FILE" && xelatex -interaction=nonstopmode "$MAIN_FILE"
xelatex 需跑两遍解决目录和交叉引用。
编译失败必须修复语法、路径、图片引用或模板问题后重跑。编译通过后确认输出 PDF 非空。
Step 8: PDF 视觉检查
如果模型有视觉能力，必须把编译后的 PDF 每页导出为 PNG 并逐页查看。这个步骤用于发现纯文本扫描和编译器无法发现的版式错误。
优先使用系统已有工具导出页面 PNG；不要为了视觉检查引入沉重依赖。可选命令示例：
mkdir -p _tmp/pdf-pages
if command -v pdftoppm >/dev/null 2>&1; then
pdftoppm -png -r 160 "$OUTPUT_PDF" _tmp/pdf-pages/page
elif command -v mutool >/dev/null 2>&1; then
mutool draw -r 160 -o _tmp/pdf-pages/page-%03d.png "$OUTPUT_PDF"
elif command -v magick >/dev/null 2>&1; then
magick -density 160 "$OUTPUT_PDF" _tmp/pdf-pages/page-%03d.png
else
echo "No PDF rasterizer found; record visual check as not run."
fi
导出后逐页检查：
- 页面是否空白、缺页、页数异常或页面尺寸异常。
- 标题、摘要、正文、页眉页脚、页码是否被裁切或位置明显错误。
- 表格是否超出页边距，单元格文字是否重叠、溢出、被截断。
- 图片、图题、表题、公式、编号是否与正文重叠。
- 公式是否越界，长公式是否压到页边距或下一段文字。
- 列表、段落、脚注、参考文献是否出现异常大空白、重叠或孤立残行。
- 中文/英文/数学符号字体是否明显缺字、乱码或 fallback 异常。
- 封面、摘要页、目录、附录等模板关键页面是否保留比赛要求的视觉结构。
如果是模板转换或已有参考 PDF 的项目，还应将不同引擎的 PDF 都逐页导出 PNG，按页对比版式差异；页数或页面尺寸不一致必须记录为硬错误或明确说明原因。
如果模型没有视觉能力，必须在 reports/VERIFY_REPORT.md 中明确写出“未执行视觉检查”的原因，并至少完成 PDF 非空、页数、页面尺寸等可程序化检查。
Step 9: 写验收报告
创建 reports/VERIFY_REPORT.md：
# 验证和验收报告
## 结论
PASS / FAIL
## 检查项
| 检查项 | 结果 | 说明 |
| --- | --- | --- |
## 章节结构
## 图表引用
## 数值一致性
## 文本质量门禁
## 编译
## PDF 视觉检查
## 仍需处理的问题
只有当硬错误都修复、文本门禁通过、核心图表都引用、数值一致、编译通过或明确说明不可编译原因、视觉检查通过或明确说明无法执行原因时，才写 PASS。
硬错误标准
以下问题必须判定 FAIL：
- 缺少选定的论文入口文件（
main.typ或main.tex）或核心正文。 - 论文入口引用的章节文件不存在。
- Typst 入口缺少
#include；LaTeX 入口缺少\input/\include。 - 正文章节缺少一级标题（Typst
=后缺空格，LaTeX\section{}缺失）。 - 章节顺序明显错误或重复。
- 正文仍有占位符。
- 正文泄露内部工作流文件名。
- 引用的图片不存在。
- 关键数值与结果记录冲突。
- 编译器可用但论文编译失败。
- 编译后的 PDF 为空、缺页、页数异常或页面尺寸异常且无法解释。
- 视觉检查发现正文、表格、图片、公式、页眉页脚、页码等关键元素重叠、裁切、越界或乱码。
警告标准
以下问题可判定为 WARN，但应尽量修复：
- 未引用的备用图片。
- 某章节过短或明显不均衡。
- caption 偏长。
- 参考文献偏少。
- 图表后解释文字不足。
- 视觉检查工具不可用，但已经记录原因并完成基础 PDF 元数据检查。
- 代码完整复现耗时过长，只做了轻量检查。