How do I install the Wcvp Name Resolution skill?

Run npx skillmds@latest add oshinsu/wcvp-name-resolution in your terminal (requires Node.js), paste this page's agent-chat prompt into Claude, Cursor, or any MCP-connected agent, or download the SKILL.md file and copy it into your agent's skills directory.

Is Wcvp Name Resolution safe to use?

This skill has not completed SkillMD's automated safety review yet. SkillMD never runs a skill's scripts for you; review the SKILL.md before installing.

Which AI agents work with Wcvp Name Resolution?

This skill is tagged as working with Claude Code, Claude.ai, OpenAI Codex. SKILL.md is an open format, so most agents that read a skills directory can load it too.

Is Wcvp Name Resolution free to use?

Yes. Installing skills from SkillMD is free, and the skill stays under its author's original license.

Who published Wcvp Name Resolution?

Oshinsu (@oshinsu) published this skill. Their other Agent Skills are listed on their SkillMD profile.

Wcvp Name Resolution by oshinsu — Agent Skill

Name: Wcvp Name Resolution
Author: Oshinsu

Wcvp Name Resolution

Résoudre un nom de plante contre la nomenclature de référence WCVP (Kew) et l'étendre à tous ses synonymes avant toute recherche de données. À utiliser dès qu'un nom d'espèce végétale sert de clé de jointure — recherche de composés, d'occurrences, de spectres ou de littérature. Indispensable avant d'affirmer qu'une plante « n'a pas de données ».

Oshinsu 7c9b42a 2 files · 11.1 KB Updated Sep 17, 2026

File contents

Résolution de noms de plantes (WCVP)

Pourquoi cette étape n'est jamais optionnelle

Une plante change de nom. Les genres sont redécoupés, les espèces sont fusionnées, les hybrides sont notés de trois façons différentes. Si vous cherchez des données sous un seul nom, vous obtiendrez une absence — et vous la prendrez pour un fait.

Cas réels, tous rencontrés en production :

Nom cherché	Nom sous lequel la chimie existe	Composés manqués
Vetiveria zizanioides	Chrysopogon zizanioides	44
Wedelia trilobata	Sphagneticola trilobata	78
Chamaesyce hirta	Euphorbia hirta	86
Ocimum sanctum	Ocimum tenuiflorum	106
Eucalyptus citriodora	Corymbia citriodora	108
Citrus aurantium	Citrus deliciosa	573
Hibiscus rosa-sinensis	Hibiscus × rosa-sinensis	25
Paeonia suffruticosa	Paeonia × suffruticosa	—

Dans une analyse réelle, 10 noms sur 33 issus d'une liste botanique de référence publiée en 2006 étaient devenus des synonymes. Sans expansion, 30 % du jeu de données aurait été déclaré « sans chimie décrite » à tort.

Procédure

Obtenir WCVP. Archive publique de Kew, ~84 Mo : https://sftp.kew.org/pub/data-repositories/WCVP/wcvp.zip Contient wcvp_names.csv (1,45 M noms) et wcvp_distribution.csv, séparateur |.
Résoudre. Pour chaque nom, trouver accepted_plant_name_id.
Étendre. Récupérer TOUS les taxon_name pointant vers ce même identifiant accepté. C'est l'ensemble de recherche.
Normaliser. Avant toute comparaison de chaînes, appliquer la normalisation des hybrides et des rangs infraspécifiques (voir scripts/resolve.py).
Chercher sur l'union, jamais sur le nom d'entrée seul.

Normalisation obligatoire

Trois pièges distincts, à traiter systématiquement :

Hybrides : Citrus × limon, Citrus x limon, Citrus limon doivent s'apparier. Le signe × (U+00D7) et la lettre x ne sont pas le même caractère.
Rangs infraspécifiques : Raphanus raphanistrum subsp. sativus doit pouvoir s'apparier à Raphanus raphanistrum.
Espaces multiples et casse.

Utilisation

python scripts/resolve.py --names "Vetiveria zizanioides" "Wedelia trilobata" \
                          --wcvp /chemin/vers/wcvp_names.csv

Sortie JSON : nom d'entrée, nom accepté, identifiant WCVP, liste complète des noms de recherche, et famille.

Contrôle de qualité à rapporter

Toujours publier, avec tout résultat fondé sur des noms :

le taux de résolution (combien de noms appariés sur le total) ;
le nombre de noms d'entrée qui sont des synonymes ;
le nombre total de noms de recherche générés ;
la liste des noms non résolus.

Un résultat qui ne rapporte pas son taux d'appariement n'est pas vérifiable.

Rangs et pièges résiduels

WCVP couvre les plantes vasculaires. Les algues, mousses et champignons en sont absents : une absence dans WCVP ne veut rien dire pour eux.
Certains noms sont marqués Unplaced ou Artificial Hybrid — les traiter à part.
La correspondance avec la taxonomie NCBI (utilisée par les dépôts de spectres) et avec le backbone GBIF n'est pas exacte. Prévoir une étape de réconciliation supplémentaire quand vous croisez ces sources.

---name: wcvp-name-resolutiondescription: Résoudre un nom de plante contre la nomenclature de référence WCVP (Kew) et l'étendre à tous ses synonymes avant toute recherche de données. À utiliser dès qu'un nom d'espèce végétale sert de clé de jointure — recherche de composés, d'occurrences, de spectres ou de littérature. Indispensable avant d'affirmer qu'une plante « n'a pas de données ».---# Résolution de noms de plantes (WCVP)## Pourquoi cette étape n'est jamais optionnelleUne plante change de nom. Les genres sont redécoupés, les espèces sont fusionnées, leshybrides sont notés de trois façons différentes. Si vous cherchez des données sous unseul nom, vous obtiendrez une absence — et vous la prendrez pour un fait.Cas réels, tous rencontrés en production :| Nom cherché | Nom sous lequel la chimie existe | Composés manqués || --- | --- | --- || *Vetiveria zizanioides* | *Chrysopogon zizanioides* | 44 || *Wedelia trilobata* | *Sphagneticola trilobata* | 78 || *Chamaesyce hirta* | *Euphorbia hirta* | 86 || *Ocimum sanctum* | *Ocimum tenuiflorum* | 106 || *Eucalyptus citriodora* | *Corymbia citriodora* | 108 || *Citrus aurantium* | *Citrus deliciosa* | 573 || *Hibiscus rosa-sinensis* | *Hibiscus × rosa-sinensis* | 25 || *Paeonia suffruticosa* | *Paeonia × suffruticosa* | — |Dans une analyse réelle, **10 noms sur 33** issus d'une liste botanique de référencepubliée en 2006 étaient devenus des synonymes. Sans expansion, 30 % du jeu de donnéesaurait été déclaré « sans chimie décrite » à tort.## Procédure1. **Obtenir WCVP.** Archive publique de Kew, ~84 Mo : `https://sftp.kew.org/pub/data-repositories/WCVP/wcvp.zip` Contient `wcvp_names.csv` (1,45 M noms) et `wcvp_distribution.csv`, séparateur `|`.2. **Résoudre.** Pour chaque nom, trouver `accepted_plant_name_id`.3. **Étendre.** Récupérer TOUS les `taxon_name` pointant vers ce même identifiant accepté. C'est l'ensemble de recherche.4. **Normaliser.** Avant toute comparaison de chaînes, appliquer la normalisation des hybrides et des rangs infraspécifiques (voir `scripts/resolve.py`).5. **Chercher sur l'union**, jamais sur le nom d'entrée seul.## Normalisation obligatoireTrois pièges distincts, à traiter systématiquement :- **Hybrides** : `Citrus × limon`, `Citrus x limon`, `Citrus limon` doivent s'apparier. Le signe `×` (U+00D7) et la lettre `x` ne sont pas le même caractère.- **Rangs infraspécifiques** : `Raphanus raphanistrum subsp. sativus` doit pouvoir s'apparier à `Raphanus raphanistrum`.- **Espaces multiples et casse**.## Utilisation```bashpython scripts/resolve.py --names "Vetiveria zizanioides" "Wedelia trilobata" \ --wcvp /chemin/vers/wcvp_names.csv```Sortie JSON : nom d'entrée, nom accepté, identifiant WCVP, liste complète des noms derecherche, et famille.## Contrôle de qualité à rapporterToujours publier, avec tout résultat fondé sur des noms :- le taux de résolution (combien de noms appariés sur le total) ;- le nombre de noms d'entrée qui sont des synonymes ;- le nombre total de noms de recherche générés ;- la liste des noms non résolus.Un résultat qui ne rapporte pas son taux d'appariement n'est pas vérifiable.## Rangs et pièges résiduels- WCVP couvre les **plantes vasculaires**. Les algues, mousses et champignons en sont absents : une absence dans WCVP ne veut rien dire pour eux.- Certains noms sont marqués `Unplaced` ou `Artificial Hybrid` — les traiter à part.- La correspondance avec la taxonomie NCBI (utilisée par les dépôts de spectres) et avec le backbone GBIF n'est pas exacte. Prévoir une étape de réconciliation supplémentaire quand vous croisez ces sources.

Frequently asked questions