Configure MCP Server

MCPサーバーの設定

Claude Code（WSL）とClaude Desktop（Windows）用のMCPサーバー接続をセットアップする。

使用タイミング

• Claude Codeをmcptools経由でRに接続する時
• Claude DesktopにMCPサーバーを設定する時
• Hugging Faceやその他のリモートMCPサーバーを追加する時
• ツール間のMCP接続のトラブルシューティング時

入力

• 必須: MCPサーバータイプ（mcptools、Hugging Face、カスタム）
• 必須: クライアント（Claude Code、Claude Desktop、または両方）
• 任意: 認証トークン
• 任意: カスタムサーバー実装

手順

ステップ1: MCPサーバーパッケージのインストール

R（mcptools）の場合:

install.packages("remotes")
remotes::install_github("posit-dev/mcptools")

Hugging Faceの場合:

npm install -g mcp-remote

期待結果: mcptoolsがGitHubからインストールされ、Rでエラーなくロードされる。mcp-remoteがwhich mcp-remoteまたはnpm list -g mcp-remoteでグローバルに利用可能。

失敗時: mcptoolsの場合、まずremotesがインストールされていることを確認する。GitHubがインストールをレート制限する場合、~/.RenvironにGITHUB_PATを設定する。mcp-remoteの場合、Node.jsとnpmがインストールされPATHに含まれていることを確認する。

ステップ2: Claude Code（WSL）の設定

R mcptoolsサーバー:

claude mcp add r-mcptools stdio \
  "/mnt/c/Program Files/R/R-4.5.0/bin/Rscript.exe" \
  -- -e "mcptools::mcp_server()"

Hugging Faceサーバー:

claude mcp add hf-mcp-server \
  -e HF_TOKEN=your_token_here \
  -- mcp-remote https://huggingface.co/mcp

設定の確認:

claude mcp list
claude mcp get r-mcptools

期待結果: claude mcp listでr-mcptoolsとhf-mcp-server（または追加したサーバー）が表示される。claude mcp get r-mcptoolsで正しいコマンドと引数が表示される。

失敗時: サーバーがリストに表示されない場合、~/.claude.jsonに正しいエントリが含まれているか確認する。claudeコマンドが見つからない場合、PATHに追加する：export PATH="$HOME/.claude/local/node_modules/.bin:$PATH"。

ステップ3: Claude Desktop（Windows）の設定

%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.jsonを編集する:

{
  "mcpServers": {
    "r-mcptools": {
      "command": "C:\\PROGRA~1\\R\\R-45~1.0\\bin\\x64\\Rscript.exe",
      "args": ["-e", "mcptools::mcp_server()"]
    },
    "hf-mcp-server": {
      "command": "mcp-remote",
      "args": ["https://huggingface.co/mcp"],
      "env": {
        "HF_TOKEN": "your_token_here"
      }
    }
  }
}

重要: スペースを含むWindowsディレクトリには8.3短縮パスを使用する（Program FilesではなくPROGRA~1）。トークンには--header引数ではなく環境変数を使用する。

期待結果: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.jsonのJSON設定ファイルが正しいサーバーエントリを持つ有効なJSON。再起動後にClaude DesktopがMCPサーバーインジケータを表示する。

失敗時: リンターでJSONを検証する（例：jq . < config.json）。Windowsパスのスペースがパースエラーを引き起こす場合は8.3短縮パス（PROGRA~1）を使用する。Claude Desktopが完全に再起動されていることを確認する（最小化だけでなく）。

ステップ4: MCP用のRセッション設定

プロジェクトの.Rprofileに追加する:

if (requireNamespace("mcptools", quietly = TRUE)) {
  mcptools::mcp_session()
}

これにより、RStudioでプロジェクトを開いた時にMCPセッションが自動的に開始される。

期待結果: .RprofileファイルがRStudioでプロジェクトを開いた時に条件付きでmcptools::mcp_session()を開始し、MCPツールが自動的に利用可能になる。

失敗時: セッション開始時にmcptoolsが見つからない場合、RStudioが使用するライブラリにインストールされているか確認する（.libPaths()を確認）。renvを使用している場合、mcptoolsがrenvライブラリにあることを確認する。

ステップ5: 接続の確認

WSLからのR MCPテスト:

"/mnt/c/Program Files/R/R-4.5.0/bin/Rscript.exe" -e "mcptools::mcp_server()"

Claude Code内からのテスト:

Claude Codeを起動してMCPツールを使用する — ツールリストに表示されるはず。

Claude Desktopのテスト:

設定変更後にClaude Desktopを再起動する。UIでMCPサーバーインジケータを確認する。

期待結果: mcptools::mcp_server()でRscriptを実行するとエラーなく出力される。アクティブセッション中にClaude CodeのツールリストにMCPツールが表示される。再起動後にClaude Desktopがサーバーステータスを表示する。

失敗時: Rscriptコマンドが失敗する場合、フルパスが正しいか確認する（ls "/mnt/c/Program Files/R/"でRバージョンを確認）。Claude Codeにツールが表示されない場合、セッションを再起動する。Claude Desktopの場合、ファイアウォール設定を確認する。

ステップ6: マルチサーバー設定

Claude CodeとClaude Desktopは複数のMCPサーバーを同時にサポートする:

# Claude Code: add multiple servers
claude mcp add r-mcptools stdio "/path/to/Rscript.exe" -- -e "mcptools::mcp_server()"
claude mcp add hf-mcp-server -e HF_TOKEN=token -- mcp-remote https://huggingface.co/mcp
claude mcp add custom-server stdio "/path/to/server" -- --port 3001

期待結果: 複数のMCPサーバーが設定され同時にアクセス可能。claude mcp listですべてのサーバーが表示される。各サーバーのツールが同じClaude Codeセッションで利用可能。

失敗時: サーバーが競合する場合、設定で各サーバーが一意の名前を持っていることを確認する。あるサーバーが他をブロックする場合、サーバーがノンブロッキングI/Oを使用していることを確認する（stdioトランスポートはこれを自動的に処理する）。

バリデーション

• claude mcp listですべての設定済みサーバーが表示される
• R MCPサーバーがツール呼び出しに応答する
• Hugging Face MCPサーバーが認証し応答する
• Claude CodeとClaude Desktopの両方が接続できる（両方設定した場合）
• セッション中にツールリストにMCPツールが表示される

よくある落とし穴

• Windowsパスのスペース: 8.3短縮名を使用するか、パスを正しくクォートする。ツールによってパスのパース方法が異なる
• コマンド引数にトークン: Windowsでは--header "Authorization: Bearer token"がパースの問題で失敗する。代わりに環境変数を使用する
• Claude CodeとClaude Desktopの設定の混同: これらは別々のツールで別々の設定ファイルを持つ（~/.claude.json vs %APPDATA%\Claude\）
• npx vs グローバルインストール: npx mcp-remoteはClaude Desktopのコンテキストで失敗する可能性がある。npm install -g mcp-remoteでグローバルにインストールする
• mcptoolsのバージョン: mcptoolsが最新であることを確認する。依存関係としてellmerパッケージが必要

関連スキル

• build-custom-mcp-server -- 独自のMCPサーバーの作成
• troubleshoot-mcp-connection -- 接続問題のデバッグ
• setup-wsl-dev-environment -- WSLセットアップの前提条件