Create R Dockerfile

R Dockerfileの作成

rockerベースイメージを使用し、適切な依存関係管理を行うRプロジェクト用Dockerfileを構築する。

使用タイミング

• Rアプリケーションや分析のコンテナ化
• 再現可能なR環境の構築
• Rベースサービス（Shiny、Plumber、MCPサーバー）のデプロイ
• 一貫した開発環境のセットアップ

入力

• 必須: 依存関係を持つRプロジェクト（DESCRIPTIONまたはrenv.lock）
• 必須: 用途（開発、本番、またはサービス）
• 任意: Rバージョン（デフォルト: 最新安定版）
• 任意: 必要な追加システムライブラリ

手順

ステップ1: ベースイメージの選択

期待結果： プロジェクトの要件に合致し、不要な肥大化のないベースイメージが選択される。

失敗時： どのイメージを使用するか不明な場合は、rocker/r-ver（最小限）から始めて必要に応じてパッケージを追加する。完全なイメージカタログはrocker-orgを参照。

ステップ2: Dockerfileの作成

FROM rocker/r-ver:4.5.0

# Install system dependencies
# Group by purpose for clarity
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    # HTTP/SSL
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    # XML processing
    libxml2-dev \
    # Git integration
    libgit2-dev \
    libssh2-1-dev \
    # Graphics
    libfontconfig1-dev \
    libharfbuzz-dev \
    libfribidi-dev \
    libfreetype6-dev \
    libpng-dev \
    libtiff5-dev \
    libjpeg-dev \
    # Utilities
    git \
    curl \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# Install R packages
# Order: least-changing first for cache efficiency
RUN R -e "install.packages(c( \
    'remotes', \
    'devtools', \
    'renv' \
    ), repos='https://cloud.r-project.org/')"

# Set working directory
WORKDIR /workspace

# Copy renv files first (cache layer)
COPY renv.lock renv.lock
COPY renv/activate.R renv/activate.R

# Restore packages from lockfile
RUN R -e "renv::restore()"

# Copy project files
COPY . .

# Default command
CMD ["R"]

期待結果： docker build -t myproject . でDockerfileが正常にビルドされる。

失敗時： apt-get install中にビルドが失敗した場合、対象ディストロ（Debian）のパッケージ名を確認する。renv::restore()が失敗した場合、renv.lockとrenv/activate.Rがrestoreステップの前にコピーされていることを確認する。

ステップ3: .dockerignoreの作成

.git
.Rproj.user
.Rhistory
.RData
renv/library
renv/cache
renv/staging
docs/
*.tar.gz

期待結果： .dockerignoreがGit履歴、IDEファイル、ローカルrenvライブラリ、ビルド成果物をDockerコンテキストから除外する。

失敗時： Dockerビルドが不要なファイルをコピーし続ける場合、.dockerignoreがDockerfileと同じディレクトリにあり、正しいグロブパターンを使用していることを確認する。

ステップ4: ビルドとテスト

docker build -t r-project:latest .
docker run --rm -it r-project:latest R -e "sessionInfo()"

期待結果： コンテナが正しいRバージョンですべてのパッケージが利用可能な状態で起動する。sessionInfo()の出力で期待されるRバージョンが確認できる。

失敗時： ビルドログでシステム依存関係のエラーを確認する。不足している-devパッケージをapt-get installレイヤーに追加する。

ステップ5: 本番環境向け最適化

本番デプロイにはマルチステージビルドを使用する：

# Build stage
FROM rocker/r-ver:4.5.0 AS builder
RUN apt-get update && apt-get install -y libcurl4-openssl-dev libssl-dev
COPY renv.lock .
RUN R -e "install.packages('renv'); renv::restore()"

# Runtime stage
FROM rocker/r-ver:4.5.0
COPY --from=builder /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library
COPY . /app
WORKDIR /app
CMD ["Rscript", "main.R"]

期待結果： マルチステージビルドにより最終イメージが小さくなる。ランタイムステージにはコンパイル済みRパッケージのみが含まれ、ビルドツールは含まれない。

失敗時： ランタイムステージでパッケージの読み込みに失敗する場合、COPY --from=builderのライブラリパスがRのインストール先と一致していることを確認する。両方のステージでR -e ".libPaths()"で確認する。

バリデーション

• docker buildがエラーなく完了する
• コンテナが起動しRセッションが動作する
• すべての必要なパッケージが利用可能
• .dockerignoreが不要なファイルを除外している
• イメージサイズがユースケースに対して適切
• コード変更のみの場合のリビルドが高速（レイヤーキャッシュが機能）

よくある落とし穴

• システム依存関係の不足: コンパイルコードを含むRパッケージには-devライブラリが必要。install.packages()中のエラーメッセージを確認する
• レイヤーキャッシュの無効化: パッケージインストール前にすべてのファイルをコピーすると、コード変更のたびにキャッシュが無効化される。先にロックファイルをコピーする
• 大きなイメージ: apt-get installの後にrm -rf /var/lib/apt/lists/*を使用する。マルチステージビルドを検討する
• タイムゾーンの問題: タイムゾーン対応の操作にはENV TZ=UTCを追加するかtzdataをインストールする
• rootでの実行: 本番環境には非rootユーザーを追加する: RUN useradd -m appuser && USER appuser

例

# Development container with mounted source
docker run --rm -it -v $(pwd):/workspace r-project:latest R

# Plumber API service
docker run -d -p 8000:8000 r-api:latest

# Shiny app
docker run -d -p 3838:3838 r-shiny:latest

関連スキル

• setup-docker-compose - 複数コンテナのオーケストレーション
• containerize-mcp-server - MCP Rサーバーの特殊ケース
• optimize-docker-build-cache - 高度なキャッシュ戦略
• manage-renv-dependencies - renv.lockがDockerビルドに入力される