Generate Workflow Diagram

Workflow-Diagramm generieren

Ein thematisiertes Mermaid-Flussdiagramm aus putior-Workflowdaten generieren und in Dokumentation einbetten.

Wann verwenden

• Nach dem Annotieren von Quelldateien, wenn das visuelle Diagramm erstellt werden soll
• Neuerstellen eines Diagramms nach Workflow-Aenderungen
• Wechsel von Themen oder Ausgabeformaten fuer verschiedene Zielgruppen
• Einbettung von Workflow-Diagrammen in README-, Quarto- oder R-Markdown-Dokumente

Eingaben

• Erforderlich: Workflowdaten von put(), put_auto() oder put_merge()
• Optional: Themenname (Standard: "light"; Optionen: light, dark, auto, minimal, github, viridis, magma, plasma, cividis)
• Optional: Ausgabeziel: Konsole, Dateipfad, Zwischenablage oder Rohtext
• Optional: Interaktive Funktionen: show_source_info, enable_clicks

Vorgehensweise

Schritt 1: Workflowdaten extrahieren

Workflowdaten aus einer von drei Quellen beziehen.

library(putior)

# From manual annotations
workflow <- put("./src/")

# From manual annotations, excluding specific files
workflow <- put("./src/", exclude = c("build-workflow\\.R$", "test_"))

# From auto-detection only
workflow <- put_auto("./src/")

# From merged (manual + auto)
workflow <- put_merge("./src/", merge_strategy = "supplement")

Der Workflow-Dataframe kann eine node_type-Spalte aus Annotationen enthalten. Knotentypen steuern Mermaid-Formen:

Jeder node_type erhaelt auch eine entsprechende CSS-Klasse (z.B. class nodeId input;) fuer themenbasiertes Styling.

Erwartet: Ein Dataframe mit mindestens einer Zeile, der id, label und optional input, output, source_file, node_type-Spalten enthaelt.

Bei Fehler: Wenn der Dataframe leer ist, wurden keine Annotationen oder Muster gefunden. Zuerst analyze-codebase-workflow ausfuehren, oder pruefen ob Annotationen syntaktisch gueltig sind mit put("./src/", validate = TRUE).

Schritt 2: Thema und Optionen waehlen

Ein fuer die Zielgruppe geeignetes Thema auswaehlen.

Alle verfuegbaren Themen auflisten:

get_diagram_themes()

Standardthemen

• "light" — Standard, helle Farben
• "dark" — Fuer Dunkelmodusumgebungen
• "auto" — GitHub-adaptiv mit Volltonfarben
• "minimal" — Graustufen, druckfreundlich
• "github" — Optimiert fuer GitHub-README-Dateien

Farbenblindensichere Themen (Viridis-Familie)

• "viridis" — Lila→Blau→Gruen→Gelb, allgemeine Barrierefreiheit
• "magma" — Lila→Rot→Gelb, hoher Kontrast fuer Druck
• "plasma" — Lila→Pink→Orange→Gelb, Praesentationen
• "cividis" — Blau→Grau→Gelb, maximale Barrierefreiheit (kein Rot-Gruen)

Zusaetzliche Parameter:

• direction: Diagrammflussrichtung — "TD" (von oben nach unten, Standard), "LR" (von links nach rechts), "RL", "BT"
• show_artifacts: TRUE/FALSE — Artefaktknoten anzeigen (Dateien, Daten); kann bei grossen Workflows unuebersichtlich werden (z.B. 16+ zusaetzliche Knoten)
• show_workflow_boundaries: TRUE/FALSE — Knoten jeder Quelldatei in einen Mermaid-Subgraphen einschliessen
• source_info_style: Wie Quelldateiinformationen auf Knoten angezeigt werden (z.B. als Untertitel)
• node_labels: Format fuer Knotenbeschriftungstext

Erwartet: Themennamen werden ausgegeben. Eines basierend auf dem Kontext auswaehlen.

Bei Fehler: Wenn ein Themenname nicht erkannt wird, faellt put_diagram() auf "light" zurueck. Schreibweise pruefen.

Schritt 3: Benutzerdefinierte Palette mit put_theme() (optional)

Wenn die 9 eingebauten Themen nicht zur Projektpalette passen, ein benutzerdefiniertes Thema mit put_theme() erstellen.

# Create custom palette — unspecified types inherit from base theme
cyberpunk <- put_theme(
  base = "dark",
  input    = c(fill = "#1a1a2e", stroke = "#00ff88", color = "#00ff88"),
  process  = c(fill = "#16213e", stroke = "#44ddff", color = "#44ddff"),
  output   = c(fill = "#0f3460", stroke = "#ff3366", color = "#ff3366"),
  decision = c(fill = "#1a1a2e", stroke = "#ffaa33", color = "#ffaa33")
)

# Use the palette parameter (overrides theme when provided)
mermaid_content <- put_diagram(workflow, palette = cyberpunk, output = "raw")
writeLines(mermaid_content, "workflow.mmd")

put_theme() akzeptiert die Knotentypen input, process, output, decision, artifact, start und end. Jeder nimmt einen benannten Vektor c(fill = "#hex", stroke = "#hex", color = "#hex") entgegen. Nicht gesetzte Typen erben vom base-Thema.

Erwartet: Mermaid-Ausgabe mit benutzerdefinierten classDef-Zeilen. Knotenformen aus node_type bleiben erhalten; nur Farben aendern sich. Alle Knotentypen verwenden stroke-width:2px — Ueberschreiben derzeit nicht ueber put_theme() unterstuetzt.

Bei Fehler: Wenn das Palettenobjekt nicht die Klasse putior_theme hat, gibt put_diagram() einen beschreibenden Fehler aus. Sicherstellen dass der Rueckgabewert von put_theme() uebergeben wird, nicht eine rohe Liste.

Rueckfallmethode — manueller classDef-Ersatz: Fuer feingranulare Kontrolle ueber das hinaus was put_theme() bietet (z.B. typspezifische Strichbreiten), mit einem Basisthema generieren und classDef-Zeilen manuell ersetzen:

mermaid_content <- put_diagram(workflow, theme = "dark", output = "raw")
lines <- strsplit(mermaid_content, "\n")[[1]]
lines <- lines[!grepl("^\\s*classDef ", lines)]
custom_defs <- c("  classDef input fill:#1a1a2e,stroke:#00ff88,stroke-width:3px,color:#00ff88")
mermaid_content <- paste(c(lines, custom_defs), collapse = "\n")

Schritt 4: Mermaid-Ausgabe generieren

Das Diagramm im gewuenschten Ausgabemodus erzeugen.

# Print to console (default)
cat(put_diagram(workflow, theme = "github"))

# Save to file
writeLines(put_diagram(workflow, theme = "github"), "docs/workflow.md")

# Get raw string for embedding
mermaid_code <- put_diagram(workflow, output = "raw", theme = "github")

# With source file info (shows which file each node comes from)
cat(put_diagram(workflow, theme = "github", show_source_info = TRUE))

# With clickable nodes (for VS Code, RStudio, or file:// protocol)
cat(put_diagram(workflow,
  theme = "github",
  enable_clicks = TRUE,
  click_protocol = "vscode"  # or "rstudio", "file"
))

# Full-featured
cat(put_diagram(workflow,
  theme = "viridis",
  show_source_info = TRUE,
  enable_clicks = TRUE,
  click_protocol = "vscode"
))

Erwartet: Gueltiger Mermaid-Code der mit flowchart TD (oder LR je nach Richtung) beginnt. Knoten sind durch Pfeile verbunden die den Datenfluss zeigen.

Bei Fehler: Wenn die Ausgabe flowchart TD ohne Knoten ist, ist der Workflow-Dataframe leer. Wenn Verbindungen fehlen, pruefen ob Ausgabedateinamen den Eingabedateinamen knotenuebergreifend exakt entsprechen.

Schritt 5: In Zieldokument einbetten

Das Diagramm in das passende Dokumentationsformat einfuegen.

GitHub README (```mermaid Code-Fence):

## Workflow

```mermaid
flowchart TD
  A["Daten extrahieren"] --> B["Transformieren"]
  B --> C["Laden"]
```

Quarto-Dokument (nativer Mermaid-Chunk ueber knit_child):

# Chunk 1: Generate code (visible, foldable)
workflow <- put("./src/")
mermaid_code <- put_diagram(workflow, output = "raw", theme = "github")

# Chunk 2: Output as native mermaid chunk (hidden)
#| output: asis
#| echo: false
mermaid_chunk <- paste0("```{mermaid}\n", mermaid_code, "\n```")
cat(knitr::knit_child(text = mermaid_chunk, quiet = TRUE))

R Markdown (mit mermaid.js CDN oder DiagrammeR):

DiagrammeR::mermaid(put_diagram(workflow, output = "raw"))

Erwartet: Diagramm rendert korrekt im Zielformat. GitHub rendert Mermaid-Code-Fences nativ.

Bei Fehler: Wenn GitHub das Diagramm nicht rendert, sicherstellen dass der Code-Fence exakt ```mermaid verwendet (keine zusaetzlichen Attribute). Fuer Quarto sicherstellen dass der knit_child()-Ansatz verwendet wird, da direkte Variableninterpolation in {mermaid}-Chunks nicht unterstuetzt wird.

Validierung

• put_diagram() erzeugt gueltigen Mermaid-Code (beginnt mit flowchart)
• Alle erwarteten Knoten erscheinen im Diagramm
• Datenflussverbindungen (Pfeile) zwischen verbundenen Knoten vorhanden
• Gewaehltes Thema wird angewendet (init-Block in Ausgabe auf themenspezifische Farben pruefen)
• Diagramm rendert korrekt im Zielformat (GitHub, Quarto usw.)

Haeufige Stolperfallen

• Leere Diagramme: Bedeutet meist dass put() keine Zeilen zurueckgegeben hat. Pruefen ob Annotationen existieren und syntaktisch gueltig sind.
• Alle Knoten unverbunden: Ausgabedateinamen muessen exakt mit Eingabedateinamen uebereinstimmen (einschliesslich Erweiterung) damit putior Verbindungen zeichnet. data.csv und Data.csv sind unterschiedlich.
• Thema nicht sichtbar auf GitHub: GitHubs Mermaid-Renderer hat eingeschraenkte Themenunterstuetzung. Das "github"-Thema ist speziell fuer GitHub-Rendering konzipiert. Der %%{init:...}%%-Themenblock wird von einigen Renderern moeglicherweise ignoriert.
• Quarto Mermaid-Variableninterpolation: Quartos {mermaid}-Chunks unterstuetzen R-Variablen nicht direkt. Die in Schritt 5 beschriebene knit_child()-Technik verwenden.
• Klickbare Knoten funktionieren nicht: Click-Direktiven erfordern einen Renderer der Mermaid-Interaktionsereignisse unterstuetzt. GitHubs statischer Renderer unterstuetzt keine Klicks. Einen lokalen Mermaid-Renderer oder die putior-Shiny-Sandbox verwenden.
• Selbstreferenzielle Meta-Pipeline-Dateien: Ein Verzeichnis scannen das das Build-Skript enthaelt das das Diagramm generiert verursacht doppelte Subgraph-IDs und Mermaid-Fehler. Den exclude-Parameter verwenden um sie beim Scannen zu ueberspringen:

  workflow <- put("./src/", exclude = c("build-workflow\\.R$", "build-workflow\\.js$"))
  

• show_artifacts = TRUE zu unuebersichtlich: Grosse Projekte koennen viele Artefaktknoten generieren (10-20+), die das Diagramm ueberladen. show_artifacts = FALSE verwenden und sich auf node_type-Annotationen verlassen um wichtige Ein-/Ausgaben explizit zu markieren.

Verwandte Skills

• annotate-source-files — Voraussetzung: Dateien muessen vor der Diagrammgenerierung annotiert sein
• analyze-codebase-workflow — Auto-Erkennung kann manuelle Annotationen ergaenzen
• setup-putior-ci — Diagramm-Neugenerierung in CI/CD automatisieren
• create-quarto-report — Diagramme in Quarto-Berichte einbetten
• build-pkgdown-site — Diagramme in pkgdown-Dokumentationsseiten einbetten