Setup Docker Compose

Docker Compose einrichten

Docker Compose fuer R-Entwicklungs- und Deployment-Umgebungen konfigurieren.

Wann verwenden

• Betrieb von R neben anderen Diensten (Datenbanken, APIs)
• Einrichten einer reproduzierbaren Entwicklungsumgebung
• Orchestrieren eines R-basierten MCP-Server-Containers
• Verwalten von Umgebungsvariablen und Volume-Mounts

Eingaben

• Erforderlich: Dockerfile fuer den R-Dienst
• Erforderlich: Projektverzeichnis zum Einhaengen
• Optional: Zusaetzliche Dienste (Datenbank, Cache, Webserver)
• Optional: Konfiguration von Umgebungsvariablen

Vorgehensweise

Schritt 1: docker-compose.yml erstellen

version: '3.8'

services:
  r-dev:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    container_name: r-dev
    image: r-dev:latest

    volumes:
      - .:/workspace
      - renv-cache:/workspace/renv/cache

    stdin_open: true
    tty: true

    environment:
      - TERM=xterm-256color
      - R_LIBS_USER=/workspace/renv/library
      - RENV_PATHS_CACHE=/workspace/renv/cache

    command: R

    restart: unless-stopped

volumes:
  renv-cache:
    driver: local

Erwartet: Eine docker-compose.yml-Datei existiert mit definiertem R-Dienst, einschliesslich Volume-Mounts fuer das Projektverzeichnis und den renv-Cache sowie Umgebungsvariablen fuer R-Bibliothekspfade.

Bei Fehler: Bei ungueltigem YAML mit docker compose config validieren. Sicherstellen, dass die Einrueckung Leerzeichen (keine Tabs) verwendet und alle Zeichenkettenwerte mit Sonderzeichen in Anfuehrungszeichen stehen.

Schritt 2: Zusaetzliche Dienste hinzufuegen (bei Bedarf)

services:
  r-dev:
    # ... as above
    depends_on:
      - postgres
    environment:
      - DB_HOST=postgres
      - DB_PORT=5432

  postgres:
    image: postgres:16
    container_name: r-postgres
    environment:
      POSTGRES_DB: analysis
      POSTGRES_USER: ruser
      POSTGRES_PASSWORD_FILE: /run/secrets/db_password
    volumes:
      - pgdata:/var/lib/postgresql/data
    ports:
      - "5432:5432"

volumes:
  renv-cache:
  pgdata:

Erwartet: Der zusaetzliche Dienst (z.B. PostgreSQL) ist mit eigenem Volume, Umgebungsvariablen und Port-Mapping definiert. Der R-Dienst hat depends_on mit Verweis auf den neuen Dienst.

Bei Fehler: Wenn der Datenbankdienst nicht startet, docker compose logs postgres auf Initialisierungsfehler pruefen. Sicherstellen, dass Umgebungsvariablen wie POSTGRES_PASSWORD_FILE auf gueltige Secrets verweisen oder fuer die Entwicklung auf POSTGRES_PASSWORD umstellen.

Schritt 3: Netzwerk konfigurieren

Fuer Dienste, die Localhost-Zugriff benoetigen (z.B. MCP-Server):

services:
  r-dev:
    network_mode: "host"

Fuer isoliertes Netzwerk:

services:
  r-dev:
    networks:
      - app-network
    ports:
      - "3000:3000"

networks:
  app-network:
    driver: bridge

Erwartet: Netzwerk ist entsprechend konfiguriert: host-Modus fuer Dienste, die Localhost-Zugriff benoetigen (MCP-Server), oder Bridge-Netzwerk mit expliziten Port-Mappings fuer isolierte Dienste.

Bei Fehler: Wenn Dienste nicht kommunizieren koennen, sicherstellen, dass sie sich im selben Netzwerk befinden. Bei Bridge-Netzwerk Dienstnamen als Hostnamen verwenden (z.B. postgres statt localhost). Bei Host-Modus localhost verwenden und sicherstellen, dass Ports nicht kollidieren.

Schritt 4: Umgebungsvariablen verwalten

.env-Datei erstellen (git-ignoriert):

R_VERSION=4.5.0
GITHUB_PAT=your_token_here

In Compose referenzieren:

services:
  r-dev:
    build:
      args:
        R_VERSION: ${R_VERSION}
    env_file:
      - .env

Erwartet: Eine .env-Datei existiert (git-ignoriert) mit projektspezifischen Variablen, und docker-compose.yml referenziert sie ueber env_file oder Variableninterpolation (${VAR}).

Bei Fehler: Wenn Variablen nicht aufgeloest werden, sicherstellen, dass die .env-Datei im selben Verzeichnis wie docker-compose.yml liegt. docker compose config ausfuehren, um die aufgeloeste Konfiguration mit allen erweiterten Variablen zu sehen.

Schritt 5: Bauen und Starten

# Build images
docker compose build

# Start services
docker compose up -d

# Attach to R session
docker compose exec r-dev R

# View logs
docker compose logs -f r-dev

# Stop services
docker compose down

Erwartet: Alle Dienste starten. R-Sitzung ist erreichbar.

Bei Fehler: docker compose logs auf Startfehler pruefen. Haeufig: Port-Konflikte, fehlende Umgebungsvariablen.

Schritt 6: Override fuer Entwicklung erstellen

docker-compose.override.yml fuer lokale Entwicklungseinstellungen erstellen:

services:
  r-dev:
    volumes:
      - /path/to/local/packages:/extra-packages
    environment:
      - DEBUG=true

Dies wird automatisch mit docker-compose.yml zusammengefuehrt.

Erwartet: Eine docker-compose.override.yml-Datei existiert mit entwicklungsspezifischen Einstellungen (zusaetzliche Volumes, Debug-Flags), die automatisch beim Ausfuehren von docker compose up angewendet werden.

Bei Fehler: Wenn Overrides nicht wirksam werden, sicherstellen, dass der Dateiname exakt docker-compose.override.yml lautet. docker compose config ausfuehren, um die Zusammenfuehrung zu bestaetigen. Fuer explizite Override-Dateien docker compose -f docker-compose.yml -f custom-override.yml up verwenden.

Validierung

• docker compose build wird fehlerfrei abgeschlossen
• docker compose up startet alle Dienste
• Volume-Mounts teilen Dateien korrekt zwischen Host und Container
• Umgebungsvariablen sind innerhalb der Container verfuegbar
• Dienste koennen miteinander kommunizieren
• docker compose down stoppt alles sauber

Haeufige Fehler

• Volume-Mount-Berechtigungen: Linux-Container koennen Dateien als Root erstellen. user:-Direktive verwenden oder Berechtigungen korrigieren.
• Port-Konflikte: Pruefen, ob Dienste bereits dieselben Ports auf dem Host verwenden.
• Docker Desktop vs CLI: docker compose (v2) vs docker-compose (v1). V2 verwenden.
• WSL-Pfad-Mounts: /mnt/c/...-Pfade verwenden, wenn Windows-Verzeichnisse aus WSL eingehaengt werden.
• Benannte Volumes vs Bind-Mounts: Benannte Volumes bleiben ueber Rebuilds erhalten; Bind-Mounts spiegeln Host-Aenderungen sofort wider.

Verwandte Skills

• create-r-dockerfile - Das Dockerfile erstellen, das Compose referenziert
• containerize-mcp-server - Compose-Konfiguration fuer MCP-Server
• optimize-docker-build-cache - Compose-Builds beschleunigen