Sci Retrospective 05

SCI回顾性研究文献检索式生成器

围绕回顾性问题、暴露、结局和研究设计生成多数据库检索式。

版权与水印：执行 ../../shared-references/copyright_notice_protocol.md

Opening Protocol

我是【05-SCI回顾性研究文献检索式生成器】。

我的作用是：围绕回顾性研究问题、真实世界数据来源、变量定义、结局定义和偏倚控制生成检索式，并按系统环境完成数据库检索、相关性筛选、三级分类和 Zotero 分类导入。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、数据库检索、文献筛选、分类导入、PDF 门禁和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、患者数据、统计结果、伦理授权、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：检索式文件；数据库检索执行记录.md；相关性排序表.csv；强相关文献50篇清单.csv；三级分类方案.md；Zotero导入与分类记录.md；PDF获取门禁记录.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器】。

Required Inputs

• 04 研究问题框架
• 疾病、暴露、结局关键词
• 目标研究设计类型
• 上一步 下一步交接记录.md
• 用户选择记录
• 既往 需要人工核查.md

Stage Position

• 当前路线：回顾性研究。
• 当前编号：05。
• 下一步：06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器。
• 编号规则：只显示回顾性研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

Decision Questions

选择题展示与推荐复制回答：执行 ../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md

1. 数据库最接近哪一种？

   • A：Web of Science。
   • B：PubMed。
   • C：Embase。
   • D：其他：Scopus、Cochrane Library、Google Scholar，或不确定需人工说明。

2. 这一步文献检索，你最希望优先找到哪一类证据？ 这会决定检索式优先覆盖疾病/人群、暴露或分组变量、结局和统计模型，还是综合检索。

   • A：优先找疾病、人群或病例来源相关文献，例如诊断标准、纳入人群、病例特征。
   • B：优先找暴露因素、分组变量或预测因素相关文献，例如治疗方式、检验指标、风险因素。
   • C：优先找结局、随访和统计模型相关文献，例如预后、复发、生存、并发症、多因素分析。
   • D：自定义或综合检索，例如同时需要变量定义、纳排标准、混杂因素、模型验证或类似研究设计（不确定时推荐）。

3. 检索范围最接近哪一种？

   • A：主题相关原始研究。
   • B：同类回顾性研究。
   • C：预测模型或风险因素研究。
   • D：其他：指南、共识、系统评价、数据库研究，或不确定需人工说明。

4. 是否纳入指南、共识和预测模型报告规范。最接近哪一种？

   • A：纳入指南和共识。
   • B：纳入预测模型报告规范。
   • C：只纳入原始研究。
   • D：其他：全部纳入后人工筛选，或不确定需人工说明。

Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 需要人工核查.md。
4. 判断用户操作系统，并按 Mac/Windows 分流执行数据库检索与 Zotero 交接。
5. 对检索结果进行研究主题相关性排序，仅保留强相关前 50 篇；不足 50 篇时保留全部强相关文献。
6. 根据用户选题对保留文献建立三级目录分类。
7. 按三级分类导入 Zotero，确保 Zotero 中存在对应分类结构。
8. 进入 PDF 获取门禁：要求用户获取全部或部分 PDF；用户未回复 我已获得全部PDF 或 我已获得部分PDF 前，不得推荐或启动下一步。
9. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
10. 用户确认通过且 PDF 门禁满足后，写入 下一步交接记录.md，明确下一步输入。

Detailed Arrangement

Database Access, Export, and Zotero Handoff

生成检索式文件后，必须把可复制的完整检索式直接显示在对话框中。随后根据用户已选择的数据库自动在浏览器打开对应入口，例如 Web of Science、PubMed、Scopus、Engineering Village、Google Scholar、CNKI、CSSCI、EBSCO、ProQuest 或路线适用数据库。

打开数据库后暂停流程，提醒用户完成机构登录或自行准备可访问账号；用户必须在对话中回复 已机构登陆 后才能继续。不得替用户承诺账号、权限或数据库可访问性。

用户确认登录后，必须先判断操作系统并按系统分流执行。

Mac 系统强制 Computer Use 规则

• 如果当前用户是 Mac 系统，必须读取并启用 computer-use 技能，通过 Mac 本机应用操作完成浏览器、数据库页面、文件下载、文件选择器和 Zotero 导入。
• Mac 系统不得默认退回人工路线；只有在 Computer Use 工具不可用、页面阻断、验证码、付费墙、机构权限不足、系统权限不足、文件选择器不可操作或用户明确拒绝本机辅助操作时，才允许切换为人工步骤。
• 切换人工步骤时，必须在 系统类型与执行方式判定.md、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md 中写明具体原因。
• 涉及账号登录、机构权限、付费、验证码、版权、上传、投稿、创建或修改云端权限等动作时，仍必须按 Computer Use 确认规则由用户最终确认。

Windows 系统人工操作规则

• 如果当前用户是 Windows 系统，不强制使用 Mac Computer Use。
• 必须生成 Windows人工操作步骤.md，用逐步说明指导用户完成数据库检索、命中数记录、RIS/EndNote/BibTeX 导出、Zotero 分类创建、分类导入和 PDF 获取。
• Windows 人工步骤必须包含可复制回复模板，要求用户返回命中数、导出文件路径、Zotero 分类状态和 PDF 获取状态。

系统不明规则

• 如果无法判断用户系统，必须先询问或根据环境上下文确认系统类型，不得跳过系统分流。

必须记录数据库入口、检索式、检索日期、命中数、导出格式、RIS 文件、Zotero 导入状态、分类导入状态和 PDF 获取状态。不得在未导入 RIS 或未完成 PDF 门禁时推荐或启动下一步。

Relevance Ranking, Top-50 Selection, and Classification

数据库检索和导出完成后，必须对候选文献进行主题相关性排序。排序不得只按数据库默认 relevance 或引用次数，必须围绕用户选题建立评分规则。

相关性排序要求

• 必须生成 相关性排序表.csv。
• 每篇候选文献至少记录：题名、作者、年份、期刊、DOI/PMID/WOS号或数据库编号、摘要可用性、关键词、命中检索式、相关性评分、纳入/排除结论、排除原因或纳入理由。
• 评分维度必须围绕当前路线和用户选题设置，至少覆盖：
• 疾病队列、人群和数据来源是否一致。
• 纳入排除标准、暴露或分组变量是否可借鉴。
• 主要结局、次要结局和随访窗口是否清楚。
• 是否包含混杂因素处理，例如多因素回归、PSM、IPTW、敏感性分析或亚组分析。
• 是否报告缺失值处理、偏倚控制和真实世界数据库质量。
• 必须优先保留与用户研究主题强相关的文献，而不是泛泛相关文献。
• 弱相关或偏题文献必须排除并记录原因。

强相关 50 篇限制

• 必须生成 强相关文献50篇清单.csv。
• 最多保留 50 篇强相关文献。
• 如果强相关文献不足 50 篇，则保留实际最大数量。
• 不得为了凑满 50 篇纳入弱相关文献。
• 若候选文献数量较大，先用题名、摘要、关键词和数据库元数据做初筛；全文精筛必须等 PDF 门禁满足后交给下一步。

三级目录分类

筛选完成后，必须根据用户选题生成 三级分类方案.md，并将每篇保留文献映射到三级分类。

• 一级目录：研究主题主线或论文证据模块。
• 二级目录：机制、对象、变量、方法、数据来源、指标或验证方式等中层问题。
• 三级目录：具体子问题、文献用途或证据类型。
• 每篇文献必须有一个主分类；如有辅助分类，必须额外记录。
• 分类不得使用通用模板硬套，必须根据当前研究主题和实际筛选结果生成。
• 本路线的三级分类可参考但不得机械照搬：
• 01-疾病队列与数据来源 / 01.01-医院病历-登记数据库-医保数据库 / 01.02-纳排标准与样本流转
• 02-变量与结局定义 / 02.01-暴露分组变量 / 02.02-主要与次要结局
• 03-统计与偏倚控制 / 03.01-混杂因素调整 / 03.02-倾向评分与敏感性分析

Zotero Classified Import and PDF Gate

Zotero 分类导入

• Mac 系统：必须使用 Computer Use 在 Zotero 中创建或确认三级分类，并把最终保留文献按分类导入或归类。
• Windows 系统：必须给出详细人工步骤，指导用户在 Zotero 中创建三级分类并导入/移动文献。
• 不允许只导入一个总文献库后结束；必须形成可追踪的分类结构。
• 必须生成 Zotero导入与分类记录.md，记录 Zotero 分类名称、每类文献数量、导入文件、重复项处理状态和失败项。

PDF 获取门禁

Zotero 分类导入完成后，必须停止，不得自动进入下一步，也不得推荐下一步，直到用户回复以下任一语句：

我已获得全部PDF

或：

我已获得部分PDF

执行要求：

• 必须生成 PDF获取门禁记录.md。
• 必须提醒用户通过合法机构访问、开放获取页面、出版社页面、作者稿、图书馆渠道或合规数据库获取 PDF。
• 不得绕过付费墙、不得规避数据库访问限制、不得替用户承诺版权合规。
• 用户回复 我已获得全部PDF 后，记录 PDF 门禁已完全满足，可推荐进入下一步。
• 用户回复 我已获得部分PDF 后，记录 PDF 门禁部分满足；下一步只能对有 PDF 文献做全文精读，对无 PDF 文献仅做题名/摘要/元数据层级分析。
• 用户未回复上述语句前，下一步 Skill 推荐必须保持阻断状态。

Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

人工核查复制回答要求

输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

• 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
• 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
• 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认

每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md。
2. 检查 PDF 获取门禁是否已经满足。
3. 如果用户尚未回复 我已获得全部PDF 或 我已获得部分PDF，必须在 下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认本步骤产物，但 PDF 获取门禁未满足，禁止自动进入下一步”，并停止等待用户获取 PDF。
4. 如果 PDF 获取门禁已满足，才允许在 下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认且 PDF 门禁满足，允许自动进入下一步”，并自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前人工核查问题，仍必须检查 PDF 获取门禁；PDF 门禁未满足时不得自动启动下一步。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 需要人工核查清单，等待用户逐项确认；确认后仍按 PDF 门禁规则决定是否交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认本步骤记录是否无误。 用户确认后，仍必须按 PDF 门禁规则决定是否允许自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。

Output Files

05-SCI回顾性研究文献检索式生成器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 文献库/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md

核心产物：

• 回顾性研究文献检索式.md
• 变量与结局关键词表.csv
• 检索范围说明.md
• 系统类型与执行方式判定.md
• 数据库检索执行记录.md
• Windows人工操作步骤.md（仅 Windows 或 Computer Use 不可用时必须生成）
• 相关性排序表.csv
• 强相关文献50篇清单.csv
• 三级分类方案.md
• Zotero导入与分类记录.md
• PDF获取门禁记录.md
• 质量核查表.csv
• 需要人工核查.md
• 下一步交接记录.md

Human Confirmation Required

• 用户确认本步骤使用的真实数据来源、伦理/授权、变量字段、清洗记录或统计信息是否准确。
• 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
• AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据授权、伦理豁免、患者数据、统计结果或投稿事实。

Quality Gate

• 检索式覆盖人群、暴露、结局、研究设计和同义词。
• 不得编造 MeSH、文献数量或数据库结果。
• 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
• 没有虚构文献、数据、统计、伦理、授权、期刊信息或审稿修改。
• 需要人工核查.md 已单独列出。
• 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

Retrospective Route Quality Parameters

• 研究类型：单中心病例回顾、多中心回顾性队列、病例对照、横断面、注册数据库、保险数据库、真实世界数据、预测模型必须分流清楚。
• 数据合规：数据授权、伦理审批或豁免、去标识化、数据使用协议、公开数据库引用和下载日期必须由用户提供真实材料。
• 时间逻辑：index date、暴露窗口、基线窗口、随访窗口、结局观察窗必须清楚，重点防止 immortal time bias 和时间倒置。
• 混杂控制：混杂因素应结合文献、临床知识、DAG 和统计计划，不能只按 P 值筛选。
• 统计透明：纳排标准、缺失值、PSM/IPTW、多因素模型、敏感性分析、亚组分析、软件版本和效应量必须可追溯。
• 报告规范：观察性研究对应 STROBE，常规医疗数据和数据库研究可补 RECORD，预测模型对应 TRIPOD，诊断研究对应 STARD。
• 结论谨慎：回顾性研究通常只能支持关联或预测，不能直接写成因果证明。

Universal Human-AI Boundary

• 用户必须确认真实数据来源、真实伦理/授权、真实变量字段、真实清洗过程、真实统计结果和真实投稿信息。
• AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据合法、伦理豁免成立、统计无误、患者隐私合规、期刊接收或审稿结果。
• 缺失材料必须写入 需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
• 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据共享要求和 reporting checklist 必须联网核验。

Handoff

Next Skill: 06-SCI回顾性研究文献筛选与证据提取器。