richard0901 SCI回顾性研究图表制作器
规划回顾性论文 Table 1、样本流转图、森林图、生存曲线、Love plot 和补充图表。
版权与水印：执行
../../shared-references/copyright_notice_protocol.md
Opening Protocol
我是【16-SCI回顾性研究图表制作器】。
我的作用是：规划回顾性论文 Table 1、样本流转图、森林图、生存曲线、Love plot 和补充图表。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、患者数据、统计结果、伦理授权、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：回顾性图表清单.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【17-SCI报告规范与偏倚风险核查器】。
Required Inputs
- 作图执行协议：
../../shared-references/figure_execution_protocol.md中本路线对应规则 - 高质量图件契约协议：
../../shared-references/high_quality_figure_contract_protocol.md - 环境与工具调用协议：
../../shared-references/environment_tool_execution_protocol.md。 - 01 输出的
系统环境与工具调用权限记录.md和已安装工具与不可调用工具清单.md。 - 14 主要分析
- 15 敏感性/亚组分析
- 10 样本流转说明
- 上一步
下一步交接记录.md - 用户选择记录
- 既往
需要人工核查.md
Stage Position
- 当前路线：回顾性研究。
- 当前编号：
16。 - 下一步：
17-SCI报告规范与偏倚风险核查器。 - 编号规则：只显示回顾性研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。
Decision Questions
选择题展示与推荐复制回答：执行
../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md
图表类型最接近哪一种？
- A：Table1。
- B：流程图。
- C：森林图。
- D：其他：KM曲线、Love plot、ROC、校准曲线、敏感性分析表，或不确定需人工说明。
图表位置最接近哪一种？
- A：主文。
- B：补充。
- C：投稿系统附件。
- D：其他/混合/不确定，需要人工说明。
平衡展示最接近哪一种？
- A：匹配前后。
- B：加权前后。
- C：完整案例与插补对比。
- D：其他/混合/不确定，需要人工说明。
隐私处理最接近哪一种？
- A：去标识化。
- B：小样本单元格隐藏。
- C：机构信息处理。
- D：其他/混合/不确定，需要人工说明。
高质量图件契约协议
- 必须先读取并遵守
../../shared-references/high_quality_figure_contract_protocol.md。 - 每张主文图、补充图、图形摘要或关键表格在绘制前必须建立图件契约，记录核心结论、证据链、图件原型、面板地图、数据/统计/模型来源、导出要求、审稿风险和图件状态。
- 图件状态必须标记为
final、candidate、demo、template或missing data；不得把候选图、演示图、模板图或缺数据图写成正式论文结果图。 - 图件布局应优先服务科学论证：确定 hero panel 和 supporting panels，不为了整齐而强制所有 panel 等大。
回顾性路线高质量图件契约补充
- 作图前必须建立图件契约，说明研究对象、暴露/分组、index date、时间窗、结局和混杂控制策略。
- PSM/IPTW 图必须记录 SMD before/after、匹配或加权方法、平衡阈值和 Love plot 数据来源。
- 森林图、KM 图和敏感性图必须记录效应量、CI、P 值、交互作用 P 值和模型设定。
- 图注必须避免把回顾性关联写成因果证明。
作图执行协议
- 必须遵循交付包共享协议：
../../shared-references/figure_execution_protocol.md。 - 必须先读取环境与工具调用协议：
../../shared-references/environment_tool_execution_protocol.md，并根据 Mac/Windows 与 Computer Use 权限决定执行模式。 - 只读取并执行该协议中“路线3：回顾性研究”对应规则，不得跨路线调用其他路线图表规则；除非用户明确确认存在混合验证分支。
- 本步骤必须先判断图表意图和图表类型，再根据真实输入数据、当前环境和用户指定工具进行工具路由。
- 如果当前环境可调用对应绘图工具或脚本，应生成图件、绘图脚本、图注和可复现记录。
- 如果当前环境不能调用对应工具，应生成数据模板、工具操作指令和人工执行清单，不得伪造图件。
- 所有图件必须能追溯到真实数据、统计结果、图像原图、模型输出或脚本参数。
Core Workflow
- 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
- 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
- 检查必需材料是否齐全，缺失项写入
需要人工核查.md。 - 根据系统环境与工具调用权限记录判断 AI辅助操作、脚本执行或用户手动操作模式。
- 根据作图执行协议完成图表类型判断、工具路由、绘图执行或人工作图指令生成。
- 记录源数据、工具版本、脚本参数、导出格式和图件质量核查结果。
- 按回顾性研究类型、数据来源和报告规范执行本步骤任务。
- 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
- 用户确认通过后，写入
下一步交接记录.md，明确下一步输入。
Detailed Arrangement
| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|---|---|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 环境能力路由 | 按环境协议判断 Mac/Windows、Computer Use 权限和外部软件操作模式。 | 系统环境、权限状态、AI辅助/手动操作模式。 | 不越权调用 GUI 软件。 |
| 工具路由与绘图执行 | 按作图执行协议选择工具，能调用则生成图件，不能调用则生成脚本、模板或操作指令。 | 工具名称、版本、输入数据、脚本参数、导出格式。 | 图件或作图指令可复现、可人工核查。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |
Retrospective-Specific Literature-Matched Figure Production Protocol
本步骤必须读取 06 的回顾性图表证据和 13-15 的真实统计结果。不得伪造流程图、baseline table、Love plot、森林图或亚组图。每张图表必须追溯到脱敏数据、清洗脚本和模型输出。
Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate
人工核查复制回答要求
输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。
执行要求：
- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。
推荐格式：
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。
推荐格式：
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。
如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：
- 将确认结果写回本步骤输出文件、
需要人工核查.md和下一步交接记录.md。 - 在
下一步交接记录.md中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。 - 自动启动
Handoff中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：
- 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
- 更新
需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。 - 更新
下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。 - 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动
Handoff中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。 - 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出
需要人工核查清单，等待用户逐项确认后再自动交接。
如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。 用户确认后，必须自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。
Output Files
16-SCI回顾性研究图表制作器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
核心产物：
- 图件契约记录.md
- 回顾性图表清单.md
- 主文图表布局.md
- 图注与表注草稿.md
- 补充材料清单.md
质量核查表.csv需要人工核查.md下一步交接记录.md
作图执行协议追加产物：
系统环境与权限记录.md工具调用方式判定表.csv绘图工具路由表.csv图表数据来源索引.csv图表数据模板/绘图脚本或工具操作指令/导出图件/图注与表注草稿.md图件质量核查表.csv图表可复现记录.md
Human Confirmation Required
- 用户必须确认 Mac/Windows、Computer Use 权限、外部软件操作模式和已安装工具清单。
- 用户确认本步骤使用的真实数据来源、伦理/授权、变量字段、清洗记录或统计信息是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据授权、伦理豁免、患者数据、统计结果或投稿事实。
Quality Gate
- 图件契约是否完整：每张图必须有核心结论、证据链、图件原型、面板地图、数据来源、导出要求、审稿风险和状态标记。
- 图件状态是否合规：
candidate、demo、template或missing data不得写成正式论文结果。 - 视觉论证是否清楚：主证据、支持证据和稳健性证据应有层级，且每个 panel 提供独特证据。
- 已根据 Mac/Windows 和 Computer Use 权限选择 AI辅助操作、脚本执行或用户手动操作模式。
- Windows 或未授权 Computer Use 时，已输出人工操作步骤、数据模板和核查清单，而不是承诺控制 GUI 软件。
- 已完成图表类型判断、工具路由、绘图执行或人工作图指令输出。
- 每张图均有源数据、工具、参数、导出格式和可复现记录，或已标记为待人工补充。
- 图表与统计结果一一对应。
- 小样本或可识别信息必须做隐私保护。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据、统计、伦理、授权、期刊信息或审稿修改。
需要人工核查.md已单独列出。- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。
Retrospective Route Quality Parameters
- 研究类型：单中心病例回顾、多中心回顾性队列、病例对照、横断面、注册数据库、保险数据库、真实世界数据、预测模型必须分流清楚。
- 数据合规：数据授权、伦理审批或豁免、去标识化、数据使用协议、公开数据库引用和下载日期必须由用户提供真实材料。
- 时间逻辑：index date、暴露窗口、基线窗口、随访窗口、结局观察窗必须清楚，重点防止 immortal time bias 和时间倒置。
- 混杂控制：混杂因素应结合文献、临床知识、DAG 和统计计划，不能只按 P 值筛选。
- 统计透明：纳排标准、缺失值、PSM/IPTW、多因素模型、敏感性分析、亚组分析、软件版本和效应量必须可追溯。
- 报告规范：观察性研究对应 STROBE，常规医疗数据和数据库研究可补 RECORD，预测模型对应 TRIPOD，诊断研究对应 STARD。
- 结论谨慎：回顾性研究通常只能支持关联或预测，不能直接写成因果证明。
Universal Human-AI Boundary
- 用户必须确认真实数据来源、真实伦理/授权、真实变量字段、真实清洗过程、真实统计结果和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据合法、伦理豁免成立、统计无误、患者隐私合规、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入
需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。 - 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据共享要求和 reporting checklist 必须联网核验。
Handoff
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