Paper Plan

/paper-plan

从 wiki 的 idea graph 编译论文大纲。 输入 target ideas（status: validated 或 in_progress 且具备 succeeded 实验），指定目标会议/期刊， 从 wiki 编译 evidence map → 确定叙事结构 → 生成章节大纲 + figure plan + citation plan。 Review LLM review 是必选步骤（作为 area chair 审查大纲说服力）。 输出 PAPER_PLAN.md 到 wiki/outputs/。

关键差异：大纲由 idea graph 驱动 — 每个 section 存在是因为它支撑某个 idea（或其证据/方法）， 而非因为论文惯例要求有该 section。

Inputs

• ideas：目标 idea 的 slug 列表（空格分隔）
  • 每个 idea 应为 status: validated，或为 in_progress 且至少有一个 succeeded 实验
  • 若包含 proposed 或 invalidated 状态的 idea，发出警告但继续
• --venue（必选）：目标会议/期刊，决定页数限制和格式要求
  • 支持：ICLR / NeurIPS / ICML / ACL / CVPR / IEEE
• --title（可选）：工作标题，若不提供则从 target ideas 生成

Outputs

• wiki/outputs/paper-plan-{slug}-{date}.md — 完整论文计划（PAPER_PLAN.md）
• wiki/graph/edges.jsonl — 新增 derived_from 边（plan → source ideas/papers）
• wiki/graph/context_brief.md — 重建
• wiki/log.md — 追加日志
• PAPER_PLAN_REPORT（输出到终端）— 计划摘要

Wiki Interaction

Reads

• wiki/ideas/*.md — Hypothesis、Motivation、Approach sketch、Novelty argument、status、novelty_score、target_venue、linked_experiments、origin_gaps
• wiki/experiments/*.md — 支撑实验（通过 linked_idea 关联）、results、metrics、key_result
• wiki/methods/*.md — idea 的 Approach sketch 中引用的方法（Mechanism、Procedure、source_papers）
• wiki/papers/*.md — evidence 来源论文（Method、Results、Related）
• wiki/concepts/*.md — idea 的 origin_gaps 指向的概念（Definition、Variants、Comparison）
• wiki/topics/*.md — idea 的 origin_gaps 指向的研究方向（Overview、Open problems）
• wiki/graph/context_brief.md — 全局上下文
• wiki/graph/open_questions.md — 知识缺口（标注论文 limitation）
• wiki/graph/edges.jsonl — 关系图谱（构建叙事逻辑链）
• .claude/skills/shared-references/academic-writing.md — 写作原则
• .claude/skills/shared-references/citation-verification.md — 引用纪律

Writes

• wiki/outputs/paper-plan-{slug}-{date}.md — 论文计划文件
• wiki/graph/edges.jsonl — derived_from 边
• wiki/graph/context_brief.md — 重建
• wiki/log.md — 追加操作日志

Graph edges created

• derived_from：paper-plan → ideas（计划从哪些 ideas 派生）
• derived_from：paper-plan → papers（计划引用哪些论文）

Workflow

前置：确认工作目录为 wiki 项目根（包含 wiki/、raw/、tools/ 的目录）。

Step 1: 加载 Idea Graph

1. 读取所有 target ideas 的 wiki/ideas/{slug}.md
2. 对每个 idea，遍历：
   • linked_experiments → 读取每个 wiki/experiments/{slug}.md（key_result、metrics、outcome）
   • origin_gaps → 读取每个 wiki/concepts/{slug}.md 和 wiki/topics/{slug}.md（背景上下文）
   • ## Approach sketch 正文中的 wikilink → 读取每个 wiki/methods/{slug}.md 和 wiki/papers/{slug}.md
3. 读取 wiki/graph/context_brief.md 获取全局上下文
4. 读取 wiki/graph/open_questions.md 标注 known limitations
5. 从 wiki/graph/edges.jsonl 加载相关边，构建 ideas 之间的关系

验证：

• 若任何 target idea 的 status 为 proposed：警告「idea 尚未验证，论文可能缺乏证据支撑」
• 若任何 target idea 的 novelty_score 为空或 novelty_score <= 2：警告「idea 新颖性较弱，建议先运行 /novelty」
• 若任何 target idea 的 linked_experiments 中没有任何一个 succeeded 结果：错误「至少需要一个支撑实验才能规划论文」

Step 2: 从 Wiki 编译 Evidence Map

生成一个结构化矩阵，映射 ideas → evidence → sections：

| Idea | Status | linked experiments | Methods/Concepts | Section |
|------|--------|--------------------|------------------|---------|
| [[primary-idea]] | validated | [[exp-main]] (succeeded), [[exp-ablation-1]] (succeeded) | [[method-core]], [[concept-foundation]] | Method + Exp 5.2 |
| [[supporting-idea-1]] | validated | [[exp-ablation-2]] (succeeded) | [[method-component]] | Exp 5.3 (Ablation) |
| [[supporting-idea-2]] | in_progress | [[exp-scaling]] (inconclusive) | [[concept-scaling]] | Exp 5.4 (Scaling) |

按维度映射 ideas 到论文结构：

• Primary idea → 核心贡献，驱动 Abstract + Introduction + Method
• Decomposition ideas → 各因素贡献，驱动 Ablation subsections
• Concepts/topics（来自 origin_gaps） → 背景知识，驱动 Related Work + Introduction

Step 3: 确定叙事结构

遵循 shared-references/academic-writing.md 的 hourglass 原则：

1. 确定 paper 的核心故事线：

   • Gap（从 idea 的 ## Motivation 和 origin_gaps 提取）
   • Solution（从 idea 的 ## Approach sketch 和关联的 methods 提取）
   • Evidence（从 linked_experiments 的 results 提取）
   • Impact（从 idea 的 novelty_score + 实验范围推断）

2. 确定叙事角度：

   • 论文解决什么问题？（问题驱动 vs 方法驱动 vs 数据驱动）
   • 主要读者是谁？（理论/系统/应用）
   • 与最近最相关的 3 篇论文如何区分？

3. 建立 section → idea 映射： 每个 section 必须至少支撑一个 idea（或其支撑证据/方法）。无 idea 支撑的 section 是填充，应删除。

Step 4: 生成章节大纲

按 venue 格式要求生成大纲，每个 section 包含：

## 1. Introduction (1.5 pages)

### Ideas addressed
- Gap framing: {existing approaches lack X because Y}（来自 `origin_gaps`）
- Primary contribution idea: [[primary-idea]]

### Paragraph plan
1. Broad context: {field importance, recent progress}
2. Specific problem: {what's missing, why it matters}
3. Our approach: "In this work, we propose..." + contributions list
4. Results preview: {headline numbers}
5. Paper structure: "The rest of this paper..."

### Key citations
- [[paper-A]] — establishes the problem
- [[paper-B]] — closest prior work (we improve upon)
- [[paper-C]] — our baseline

---

## 2. Related Work (1 page)

### Groupings
- Direction A: {papers, our position}
- Direction B: {papers, our position}
- Direction C: {papers, our position}

### Ideas addressed
- 用每个 idea 的 `origin_gaps` 中的背景 concepts/topics 区分本文与既往工作

---

## 3. Method (2-3 pages)

### Ideas addressed
- [[primary-idea]]: section 3.1-3.2（Approach sketch + 引用的 [[method-slug]]）
- [[supporting-idea-1]]: section 3.3

### Subsection plan
- 3.1 Problem formulation: notation, objective
- 3.2 Core approach: intuition → formalism
- 3.3 Component X: design decision + justification
- 3.4 Training/inference details

### Figures
- Figure 1: Overall architecture (mandatory)
- Figure 2: Component X detail (if complex)

---

## 4. Experiments (2-3 pages)

### Ideas addressed
- [[primary-idea]]: section 4.2 (main results)
- [[supporting-idea-1]]: section 4.3 (ablation)
- [[supporting-idea-2]]: section 4.4 (scaling)

### Subsection plan
- 4.1 Setup: datasets, baselines, metrics, implementation details
- 4.2 Main results: Table 1 (main comparison), [[exp-main]]
- 4.3 Ablation study: Table 2 (component analysis), [[exp-ablation-*]]
- 4.4 Analysis: scaling, robustness, qualitative examples

### Figures/Tables
- Table 1: Main comparison vs baselines
- Table 2: Ablation results
- Figure 3: Scaling curves / qualitative examples

---

## 5. Conclusion (0.5 page)

### Key takeaway
- {one sentence the reader should remember}

### Limitations
- {来自 gap_map 或各 idea 的 `## Risks`}

### Future work
- {来自 gap_map 的 open questions 与各 idea 的 `## Lessons learned`}

Page budget：根据 --venue 分配（参考 academic-writing.md 的 venue 表），总 section 页数 <= venue 主文限制。

Step 5: Figure Plan

为每个计划中的 figure/table 设计：

## Figure Plan

### Figure 1: System Architecture
- Type: diagram
- Source: Method section description
- Style: block diagram with labeled components
- Size: full width (1 column = text width)

### Table 1: Main Results
- Type: comparison table
- Source: [[exp-main]] key_result + baselines
- Columns: Method | Metric-1 | Metric-2 | ...
- Rows: baselines + ours (ours in bold)
- Notes: best bold, second underline, ↑/↓ arrows for direction

### Figure 3: Scaling Analysis
- Type: line plot
- Source: [[exp-scaling]] results
- X-axis: scale dimension (model size / data size)
- Y-axis: performance metric
- Lines: ours vs baseline, with error bands

Step 6: Citation Plan

参照 shared-references/citation-verification.md：

1. 列出大纲中所有 [[slug]] 引用的 wiki papers
2. 对每篇论文，pre-fetch BibTeX：
   • 先 DBLP，再 CrossRef，再 S2
   • 成功：记录 BibTeX key + 来源
   • 失败：标记 [UNCONFIRMED]
3. 生成 citation coverage 报告：

   Citations: 15 total, 12 verified (DBLP: 8, CrossRef: 3, S2: 1), 3 [UNCONFIRMED]
   

4. 对 [UNCONFIRMED] 条目，提供建议的手动检查 URL

Step 7: Review LLM Review（必选）

mcp__llm-review__chat:
  system: "You are an area chair at {venue} reviewing a paper outline.
           Assess: Is the narrative convincing? Does every section serve a clear purpose?
           Are the experiments sufficient to support the paper's central ideas?
           Is the related work coverage adequate?
           Are there obvious gaps that reviewers will attack?
           Provide specific suggestions for strengthening the outline."
  message: |
    ## Paper Outline
    {complete outline from Step 4}

    ## Evidence Map
    {evidence map from Step 2}

    ## Figure/Table Plan
    {plan from Step 5}

    ## Citation Coverage
    {report from Step 6}

    ## Questions for Review
    1. Is the narrative arc (gap → solution → evidence → impact) convincing?
    2. Are any ideas under-supported? Which experiments are missing?
    3. Is the related work grouping appropriate? Missing directions?
    4. Will the page budget work? Any section too long/short?
    5. Are the figures/tables sufficient to tell the story?

根据 Review LLM 反馈修改大纲（补充 section、调整 page budget、添加 figure/table、修正叙事结构）。

Step 8: 输出到 Wiki

1. 生成 slug：

   python3 tools/research_wiki.py slug "<working-title>"
   

2. 写入 PAPER_PLAN.md： 创建 wiki/outputs/paper-plan-{slug}-{date}.md，包含：

   • 元信息（venue、title、date、target ideas）
   • Evidence Map（Step 2）
   • 完整章节大纲（Step 4，含 Review LLM 修改）
   • Figure/Table Plan（Step 5）
   • Citation Plan + coverage report（Step 6）
   • Review LLM Review Summary（Step 7 关键反馈和修改记录）

3. 添加 graph edges：

   # plan → target idea
   python3 tools/research_wiki.py add-edge wiki/ \
     --from "outputs/paper-plan-{slug}-{date}" --to "ideas/{primary-idea}" \
     --type derived_from --evidence "Paper plan built from this idea"
   
   # plan → key papers
   python3 tools/research_wiki.py add-edge wiki/ \
     --from "outputs/paper-plan-{slug}-{date}" --to "papers/{paper-slug}" \
     --type derived_from --evidence "Paper plan cites this paper"
   

4. 重建派生数据：

   python3 tools/research_wiki.py rebuild-context-brief wiki/
   

5. 追加日志：

   python3 tools/research_wiki.py log wiki/ \
     "paper-plan | {venue} paper outline for [[{slug}]] | ideas: {idea-list} | citations: {verified}/{total}"
   

6. 输出 PAPER_PLAN_REPORT 到终端：

   # Paper Plan Report
   
   ## Meta
   - Title: {working title}
   - Venue: {venue}
   - Page limit: {N} pages
   - Date: {date}
   
   ## Ideas → Sections
   | Idea | Status / Novelty | Section |
   |------|------------------|---------|
   | [[primary]] | validated / 4 | Method + Exp 5.2 |
   | [[supporting-1]] | validated / 3 | Exp 5.3 |
   
   ## Page Budget
   | Section | Pages | Ideas |
   |---------|-------|-------|
   | Introduction | 1.5 | gap, contribution |
   | Related Work | 1.0 | context |
   | Method | 2.5 | primary, supporting |
   | Experiments | 2.5 | all |
   | Conclusion | 0.5 | — |
   
   ## Figures/Tables: {N} planned
   ## Citations: {verified}/{total} verified, {verify_count} [UNCONFIRMED]
   ## Review LLM Review: score {X}/10, verdict: {verdict}
   
   ## Next Steps
   - Run `/paper-draft wiki/outputs/paper-plan-{slug}-{date}.md` to draft the paper
   - Resolve {verify_count} [UNCONFIRMED] citations before /paper-compile
   

Constraints

• --venue 必选：不同会议的页数限制、格式要求差异大，不可省略
• 至少一个 experiment evidence：纯理论 idea 不足以支撑实验性论文，需至少一个支撑实验
• page budget 必须可行：总 section 页数 <= venue 主文限制，否则调整（压缩或移至 appendix）
• Review LLM review 必选：不可跳过。大纲阶段发现问题成本最低
• 所有引用来自 wiki：citation plan 中的每篇论文必须在 wiki/papers/ 中存在
• idea → section 映射完整：每个 target idea 必须出现在至少一个 section 中
• 每个 section 必须有 idea：无 idea 支撑的 section 视为填充，应删除或合并
• graph edges 使用 tools/research_wiki.py：不手动编辑 edges.jsonl
• 引用使用 [[slug]]：大纲中所有引用使用 wikilink 语法

Error Handling

• idea 状态不足：若所有 ideas 均为 proposed，报错「ideas 尚未验证，建议先运行实验」
• 无 experiment evidence：报错「至少需要一个实验结果」，建议先运行 /exp-design + /exp-run
• wiki papers 不足：若 citation plan 中 wiki 论文 < 5 篇，警告「相关工作覆盖不足，建议先 /ingest 更多论文」
• page budget 超限：自动将低优先级 section 移至 appendix 计划，报告调整
• Review LLM 不可用：降级为 Claude 自审，报告标注「single-model review — cross-model verification unavailable」
• BibTeX 获取失败：标记 [UNCONFIRMED]，在 citation plan 报告中汇总
• slug 冲突：追加日期后缀
• target idea 找不到：报错，列出 wiki/ideas/ 中候选

Dependencies

Tools（via Bash）

• python3 tools/research_wiki.py slug "<title>" — 生成 slug
• python3 tools/research_wiki.py add-edge wiki/ ... — 添加 graph edge
• python3 tools/research_wiki.py rebuild-context-brief wiki/ — 重建 query_pack
• python3 tools/research_wiki.py log wiki/ "<message>" — 追加日志
• python3 tools/fetch_s2.py search "<title>" — Semantic Scholar 搜索（citation plan fallback）

MCP Servers

• mcp__llm-review__chat — Step 7 大纲审查（必选）

Claude Code Native

• Read — 读取 wiki 页面
• Glob — 查找 ideas、experiments、methods、papers
• WebFetch — DBLP / CrossRef BibTeX 获取（Step 6）

Shared References

• .claude/skills/shared-references/academic-writing.md — 叙事结构和章节设计原则
• .claude/skills/shared-references/citation-verification.md — 引用获取和验证规则

Called by

• /research Stage 5（论文写作阶段）
• 用户手动调用