tomevault-io PubMed 文献链接查询技能
这个技能提供了一套系统化的方法来使用 MCP PubMed 工具查询文献信息并更新参考文献列表的链接。
技能概述
当用户需要：
- 查询参考文献的 PubMed 链接
- 更新
Reference_list.md中的文献链接 - 下载论文全文
- 检查文献的开放获取状态
使用此技能来准确调用 MCP PubMed 工具，避免幻觉。
可用的 MCP PubMed 工具
搜索工具
pubmed_search- 高级搜索，支持布尔逻辑和 MeSH 术语pubmed_quick_search- 快速搜索，返回精简结果
查询工具
pubmed_get_details- 获取完整文献信息（包括 PMID、DOI、全文链接）pubmed_batch_query- 批量查询多个 PMIDspubmed_extract_key_info- 提取关键信息摘要
下载工具
pubmed_download_fulltext- 下载指定文献的 PDF 全文pubmed_batch_download- 批量下载多个文献pubmed_detect_fulltext- 检测开放获取状态
其他工具
pubmed_cross_reference- 查找相关文献（引用/被引用/相似文献）pubmed_cache_info- 缓存管理pubmed_system_check- 系统环境检查
文献引用格式解析
Reference_list.md 中的引用格式为：
[序号] 作者. 题目[J]. 期刊名, 年份, 卷(期): 页码.
提取关键信息用于 PubMed 搜索：
- 作者姓氏 - 取第一作者姓氏
- 关键词 - 从题目中选择 2-3 个核心关键词
- 期刊名 - 可选，用于精确匹配
- 发表年份 - 用于过滤结果
搜索策略
优先级搜索策略
策略 1：作者 + 题目关键词
作者姓氏 AND 题目关键词1 AND 题目关键词2
例如：Langevin AND Relationship AND Acupuncture
策略 2：期刊 + 年份 + 题目关键词
期刊名[ta] AND 年份[dp] AND 题目关键词
例如：Anat Rec[ta] AND 2002[dp] AND acupuncture
策略 3：精确题目匹配 使用完整题目（去除特殊字符）进行搜索
搜索结果验证
匹配成功需要满足：
- PMID 存在
- 作者姓名匹配
- 题目高度相似（>80%）
- 发表年份一致
- 期刊名匹配
链接格式
PubMed 链接
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{PMID}/
DOI 链接（如果存在）
https://doi.org/{DOI}
全文下载链接
- 如果是开放获取，直接提供 PDF 链接
- 否则标注 "Subscription required"
更新文档格式
在原始引用后添加链接信息：
[序号] 作者. 题目[J]. 期刊名, 年份, 卷(期): 页码.
- **PMID**: {PMID}
- **PubMed**: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{PMID}/
- **DOI**: https://doi.org/{DOI} (如果存在)
- **Fulltext**: {下载链接或状态}
批量处理流程
当处理大量文献时：
- 初始化检查 - 使用
pubmed_system_check验证环境 - 分组处理 - 每次处理 5-10 篇文献，避免超时
- 使用批量查询 - 优先使用
pubmed_batch_query提高效率 - 缓存管理 - 定期使用
pubmed_cache_info查看缓存状态 - 进度记录 - 维护处理进度，支持断点续传
错误处理
未找到匹配文献
- 尝试不同的搜索策略
- 检查是否有拼写错误
- 考虑期刊名称缩写变化
- 在文档中标注
⚠️ 未找到匹配
多个匹配结果
- 选择作者、年份、期刊最匹配的结果
- 如果仍有歧义，标注
⚠️ 多个匹配，需人工确认
全文无法获取
- 使用
pubmed_detect_fulltext检查开放获取状态 - 尝试查找预印本版本（如 bioRxiv）
- 标注
🔒 订阅限制
最佳实践
- 精确性优先 - 使用多个搜索条件交叉验证
- 保留原始格式 - 不修改原始引用内容
- 标注不完整 - 对无法确认的信息明确标注
- 批量操作 - 充分利用批量查询工具
- 合理超时 - 设置适当的搜索超时时间
示例工作流程
# 伪代码示例
for reference in reference_list:
# 1. 解析引用信息
info = parse_reference(reference)
# 2. 执行搜索
results = pubmed_search(
query=f"{info.author} AND {info.keywords}",
max_results=5
)
# 3. 验证匹配
best_match = verify_match(info, results)
# 4. 获取详细信息
if best_match:
details = pubmed_get_details(best_match.pmid)
# 5. 更新文档
update_reference(reference, details)
注意事项
- PubMed 数据库更新有延迟，最新文献可能未收录
- 期刊名称可能使用标准缩写（如
J. Acupunct. Meridian Stud.） - 部分历史文献可能没有 PMID
- 非 PubMed 收录的文献需要手动处理
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