Pubmed Fulltext Access

全文取得指南

描述

目前的全文 workflow 以 get_fulltext 為核心。它會自動嘗試 Europe PMC、Unpaywall、CORE，必要時可擴展到更多來源。若需要圖表、文字探勘或機構訂閱連結，則搭配其他專用工具。

觸發條件

• 「我要看全文」
• 「有 PDF 嗎？」
• 「這篇有 open access 嗎？」
• 「幫我抓方法或結果段落」
• 提到 PMC、全文、PDF、開放取用

核心工具

1. get_fulltext

get_fulltext(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"})
get_fulltext(source={"kind":"pmid","value":"12345678"})
get_fulltext(source={"kind":"doi","value":"10.1038/s41586-021-03819-2"})

參數重點

• source: 必填的 discriminated object；kind 明確指定 pmid、pmcid 或 doi，value 放對應識別碼
• sections: 只抓特定段落，例如 "introduction,methods,results"
• include_pdf_links: 是否回傳 PDF 連結
• include_figures: 是否一起帶 figure metadata
• extended_sources: 是否擴展到更多來源

最常用範例

1. 直接抓 PMC 全文

get_fulltext(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"})

2. 只看方法與結果

get_fulltext(
    source={"kind":"pmid","value":"12345678"},
    sections="methods,results"
)

3. 用 DOI 找 OA 版本

get_fulltext(
    source={"kind":"doi","value":"10.1038/s41586-021-03819-2"},
    extended_sources=True
)

4. 全文連同 figures

get_fulltext(
    source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"},
    include_figures=True
)

圖表與視覺資料

取得文章圖表

get_article_figures(source={"kind":"pmcid","value":"PMC12086443"})
get_article_figures(source={"kind":"pmid","value":"40384072"})

適合用在：

• 要單獨抽 figure caption 與 image URL
• 想快速找到流程圖、結果圖、顯微圖
• 需要比全文更結構化的圖像資料

文字探勘

取得 text-mined terms

get_text_mined_terms(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"})
get_text_mined_terms(source={"kind":"pmid","value":"12345678"}, semantic_type="CHEMICAL")

常用 semantic_type:

• GENE_PROTEIN
• DISEASE
• CHEMICAL
• ORGANISM
• GO_TERM

沒有 open access 時

機構訂閱工作流

list_resolver_presets()
configure_institutional_access(preset="exlibris_sfx", base_url="https://your-library...")
test_institutional_access()
get_institutional_link(pmid="12345678")

這一組工具適合：

• 已知機構有訂閱，但文章不是 OA
• 想把 PubMed/DOI 轉成圖書館 resolver 連結

建議工作流程

情境 1：從文章直接拿全文

fetch_article_details(pmids="12345678")
get_fulltext(source={"kind":"pmid","value":"12345678"}, sections="abstract,results")

情境 2：搜尋後挑代表性文章讀全文

unified_search(
    query="remimazolam ICU sedation",
    limit=10,
    ranking="quality"
)

# 對選中的 PMID 再做全文抓取
get_fulltext(source={"kind":"pmid","value":"12345678"}, extended_sources=True)

情境 3：先抓全文，再抽圖表與實體

get_fulltext(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"}, include_figures=True)
get_article_figures(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"})
get_text_mined_terms(source={"kind":"pmcid","value":"PMC7096777"}, semantic_type="CHEMICAL")

工具選擇規則

只想拿全文或 PDF

先用 get_fulltext

想抓圖表

用 get_article_figures

想抽 gene / disease / chemical

用 get_text_mined_terms

文章不是 OA，但你有圖書館帳號

用 configure_institutional_access + get_institutional_link

最後原則

全文工作流已經收斂成單一公開入口：先用 get_fulltext，需要圖表或 text mining 時再補用專用工具。