Pubmed Systematic Search

系統性回顧種子搜尋

描述

這個 workflow 用來建立可重現、可稽核的系統性回顧搜尋種子，而不是宣稱已找完所有文獻。核心做法是先用 generate_search_queries 取得 MeSH、同義詞與建議查詢，再由 Agent 或使用者組裝 provider-neutral Boolean 查詢，最後以唯一公開的文字文獻搜尋入口 unified_search(options="systematic") 執行有界檢索。

systematic 是 bounded retrieval primitive：公開介面每個來源最多取回 100 筆，適合 review seed 與可重現的 coverage expansion，不代表 exhaustive systematic-review coverage。正式回顧仍需保存完整策略、逐來源檢索日期、後續分頁/補充來源與篩選紀錄。

觸發條件

• 「系統性搜尋」
• 「完整搜尋」
• 「文獻回顧」
• 「comprehensive search」
• 「systematic review」
• 提到 MeSH、同義詞擴展、搜尋策略

正確工作流程

generate_search_queries
→ 整理 MeSH / 同義詞 / suggested_queries
→ 手動或由 Agent 組 provider-neutral Boolean 查詢
→ analyze_search_query
→ unified_search(options="systematic")
→ fetch_article_details / prepare_export / save_pipeline

目前沒有公開的獨立合併工具工作流。每一次 unified_search 本身就會做多來源整合與去重；如果你跑多輪策略，做法應該是比較各輪結果、調整查詢，或把流程保存成 pipeline，而不是依賴舊版 merge 思路。

Step 1: 取得搜尋素材

generate_search_queries(
    topic="remimazolam ICU sedation",
    strategy="comprehensive"
)

strategy 選項

• comprehensive: 預設，適合完整展開查詢素材；不代表結果已窮盡
• focused: 收斂到較高證據等級
• exploratory: 放寬，找更多變體與同義詞

你真正要用的欄位

• mesh_terms: 標準詞彙與對應同義詞
• all_synonyms: 可直接組 OR 群組
• suggested_queries: 當作參考，不是最後答案
• pubmed_translation: 檢查 PubMed 實際如何理解查詢

Step 2: 組裝 Boolean 查詢

範例：從素材組出跨來源可執行查詢

query = '''
("intensive care" OR ICU OR "critical care")
AND
(remimazolam OR "CNS 7056" OR "ONO 2745")
AND
(sedation OR "procedural sedation")
'''

兩個原則

1. 主概念之間通常用 AND
2. 同義詞與別名通常用 OR

PubMed 的 [Title/Abstract]、[MeSH Terms] 等 field tags 不是 provider-neutral 語法。含這些 tags 的查詢只送 sources="pubmed" 並使用預設 keyword mode；跨來源 systematic leg 使用上面的無欄位標籤 Boolean 查詢，讓各 provider adapter 依自身契約編譯。

Step 3: 執行前先分析

analyze_search_query(query=query)

這一步用來確認：

• 查詢是否太寬或太窄
• PubMed translation 是否符合預期
• 有沒有拼字或概念錯置

Step 4: 執行搜尋

unified_search(
    query=query,
    sources="openalex,semantic_scholar",
    options="systematic",
    limit=100,
    ranking="quality",
    filters="year:2020-2025",
    output_format="json"
)

options="systematic" 會關閉 deep expansion 與自動放寬，並在 I/O 前拒絕不支援此模式的 explicit source。現在的 bounded systematic sources 只有 OpenAlex 與 Semantic Scholar；PubMed、Europe PMC、CORE、Scopus、Web of Science 與 preprint adapters 目前是 keyword-only，若要納入需另跑並標記為 supplemental search。

常用調整方式

• 想補最新未同行評審研究：另跑 options="preprints" 的 keyword search，並標成補充來源
• 想做快速探索：另跑 options="shallow"，不要把它標成 systematic run
• systematic mode 已停用自動放寬；不要用放寬後的結果冒充原始策略命中
• 重視新近性：ranking="recency"
• 重視證據品質：ranking="quality"

端到端範例

情境：建立 remimazolam ICU sedation 的 bounded review seed

# Step 1: 取得 MeSH 與同義詞素材
materials = generate_search_queries(
    topic="remimazolam ICU sedation",
    strategy="comprehensive"
)

# Step 2: 組裝查詢
query = '''
("intensive care" OR ICU OR "critical care")
AND
(remimazolam OR "CNS 7056" OR "ONO 2745")
AND
(sedation OR "procedural sedation")
'''

# Step 3: 先分析
analyze_search_query(query=query)

# Step 4: 再執行
unified_search(
    query=query,
    sources="openalex,semantic_scholar",
    options="systematic",
    limit=100,
    ranking="quality",
    filters="year:2020-2025",
    output_format="json"
)

PubMed-only fielded leg

如果 protocol 需要 PubMed 欄位限定，另建一個只送 PubMed 的 leg，不要把同一字串傳給其他 provider：

pubmed_fielded_query = '''
("intensive care"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract])
AND
(remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract])
AND
(sedation[Title/Abstract] OR "procedural sedation"[Title/Abstract])
'''

unified_search(
    query=pubmed_fielded_query,
    sources="pubmed",
    limit=100,
    filters="year:2020-2025",
    output_format="json"
)

如果結果太少或太多

結果太少

• 把 strategy 改成 exploratory
• 移除部分限制條件
• 減少 AND、增加同義詞 OR
• 移除 clinical_query 或過窄的年齡/性別限制

結果太多

• 把 strategy 改成 focused
• 增加主題限定詞
• 加上 filters="year:...,clinical_query:..."
• systematic leg 只用 OpenAlex / Semantic Scholar；若使用 PubMed field tags，則另跑 sources="pubmed" 的 keyword leg

可重複使用時

當搜尋策略已經穩定，不要每次重組：

save_pipeline(name="icu_sedation_review", config="...")

之後可以：

unified_search(pipeline="saved:icu_sedation_review")