Pubmed Multi Source Search

多來源綜合搜尋

描述

目前公開的多來源搜尋入口是 unified_search。它會自動在 PubMed、OpenAlex、Semantic Scholar、Europe PMC、CrossRef 之間分流，並在單次搜尋內做整合與去重。

觸發條件

• 「跨資料庫搜尋」
• 「綜合搜尋」
• 「不要只看 PubMed」
• 提到 OpenAlex、Semantic Scholar、Europe PMC、preprint
• 需要跨來源補足 coverage

核心原則

新 workflow 不再直接依賴多個來源別 MCP 工具。對大多數文獻搜尋情境，應優先使用 unified_search，而不是舊的來源別工具名稱。

核心工具

unified_search(
    query="machine learning drug discovery",
    sources="pubmed,openalex,semantic_scholar,europe_pmc",
    limit=25,
    ranking="balanced",
    output_format="json"
)

sources 可選值

• pubmed
• openalex
• semantic_scholar
• europe_pmc
• crossref

如果不指定，系統會自動選來源。

常見用法

1. 廣泛覆蓋

unified_search(
    query="machine learning drug discovery",
    limit=30,
    ranking="balanced"
)

2. 只看生醫核心來源

unified_search(
    query="sepsis biomarkers",
    sources="pubmed,europe_pmc",
    limit=25,
    ranking="quality"
)

3. 納入預印本

unified_search(
    query="COVID-19 vaccine efficacy",
    sources="pubmed,europe_pmc,openalex",
    options="preprints",
    limit=30,
    ranking="recency"
)

4. 看高影響力跨領域文獻

unified_search(
    query="foundation models pathology",
    sources="pubmed,openalex,semantic_scholar",
    limit=30,
    ranking="impact"
)

5. 程式化後處理

unified_search(
    query="CRISPR gene therapy",
    sources="pubmed,openalex,semantic_scholar,europe_pmc",
    limit=20,
    output_format="json"
)

建議工作流程

情境 1：跨來源找完整 coverage

unified_search(
    query="remimazolam sedation",
    sources="pubmed,europe_pmc,openalex,semantic_scholar",
    limit=30,
    ranking="balanced"
)

情境 2：先找文獻，再補全文

unified_search(
    query="machine learning radiology",
    limit=20,
    output_format="json"
)

# 對選中的 PMID / DOI 進一步抓全文
get_fulltext(pmid="12345678", extended_sources=True)

情境 3：跨來源搜尋後做探索

unified_search(
    query="CAR-T lymphoma",
    limit=15,
    ranking="impact"
)

find_related_articles(pmid="12345678")
find_citing_articles(pmid="12345678")
get_citation_metrics(pmids="12345678,23456789")

何時調整 ranking

• balanced: 預設，一般探索
• impact: 先找高影響力代表作
• recency: 先看最新研究與更新動態
• quality: 偏向高證據等級與較可靠研究

何時使用 options

options="preprints, shallow"

常見組合

• preprints: 想補最新未正式出版研究
• shallow: 只想快速掃過
• no_relax: 不希望零結果時自動放寬
• no_analysis: 程式輸出較乾淨

不是這個 skill 的情境

• 要做 MeSH / 同義詞完整展開：改用 pubmed-systematic-search
• 是臨床比較問題：改用 pubmed-pico-search
• 想找圖像：用 search_biomedical_images
• 想抓全文：用 pubmed-fulltext-access

最後原則

公開 MCP 介面中的文字文獻搜尋，應以 unified_search 為主，不再拆成來源別搜尋工作流。