u9401066 系統性文獻回顧
適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題
不適用：快速查一篇 → 直接 unified_search | 只需整理 → format_references
工具速查
pubmed-search MCP
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|---|---|
| 搜尋 | unified_search |
主要文獻搜尋入口 |
generate_search_queries |
MeSH + 同義詞材料 | |
parse_pico |
解析 PICO 臨床問題 | |
read_session(action="pmids") |
取回 PMID + 去重 | |
| 探索 | find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references |
引用網路 |
get_citation_metrics |
iCite RCR 排序 | |
| 全文 | get_fulltext(pmcid) |
取得 OA 全文 |
analyze_fulltext_access(pmids) |
確認 OA 狀態 | |
| Session | read_session(action="pmids") / get_session_log |
取回搜尋結果 |
| 匯出 | prepare_export |
RIS/BibTeX |
asset-aware-mcp（全文解析）
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|---|---|
| 解析 | ingest_documents(file_paths) |
PDF 結構化解析（雙引擎） |
parse_pdf_structure(file_path) |
Marker 高精度解析 | |
| 狀態 | get_job_status(job_id) |
追蹤非同步處理進度 |
| 瀏覽 | inspect_document_manifest(doc_id) |
取得完整資產清單 |
list_section_tree(doc_id) |
文件章節結構 | |
| 提取 | get_section_content(doc_id, section_path) |
取得特定段落內容 |
fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id) |
取得圖表等資產 | |
| 知識圖 | consult_knowledge_graph(query) |
跨文獻 RAG 查詢 |
mdpaper 儲存文獻
| 方法 | 說明 |
|---|---|
save_reference_mcp(pmid) ✅ |
永遠優先 MCP-to-MCP 驗證 |
save_reference(article) ⚠️ |
FALLBACK 僅 API 不可用 |
工作流
- 環境準備 —
project_action(action="current")+ 讀.memory/activeContext.md - 搜尋策略 — 一般主題：
generate_search_queries(topic)→ PICO 問題：parse_pico()→ 並行generate_search_queries()各元素 - 並行搜尋 — 多組
unified_search()同時呼叫 →read_session(action="pmids")→ PMID/DOI 去重 - 評估擴展 — <20 篇
expand_search_queries()| 引用網路find_citing/related/references|get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio") - 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→
save_reference_mcp(pmid) - 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻：
a.
analyze_fulltext_access(pmids)→ 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid)或下載 PDF → asset-awareingest_documents(file_paths)→get_job_status()→inspect_document_manifest()→get_section_content(doc_id, "Methods")/get_section_content(doc_id, "Results")c. 無全文者：在 metadata.json 記錄fulltext_ingested: false+ 原因 d. 產出references/fulltext-ingestion-status.md彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據 - Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）：
a.
get_reference_for_analysis(pmid)→ 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b.runSubagent啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：- 步驟 a 的完整全文內容
- 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落
- 指示 subagent 最後呼叫
save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score)c. Subagent 完成後：analysis.json已寫入 reference 目錄，metadata 標記analysis_completed: trued. 原則：主 Agent 後續寫作只使用analysis_summary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）
- 匯出 —
format_references()+prepare_export(format="ris") - 更新記憶 — 寫
.memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）
決策點
| 時機 | 選擇 |
|---|---|
| 建立專案 or 探索？ | 先探索熟悉文獻 |
| 關鍵字 or PICO？ | 比較性問題用 PICO |
| 結果數量 | 50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮 |
| 篩選方式 | <30 逐篇，>30 用 RCR 排序 |