Pubmed Systematic Search

系統性文獻搜尋

描述

這個 workflow 用在「要找得完整」而不是「先快速看一下」的情境。核心做法是先用 generate_search_queries 取得 MeSH、同義詞與建議查詢，再由 Agent 或使用者組裝成明確的 Boolean 查詢，最後用 unified_search 執行。

觸發條件

• 「系統性搜尋」
• 「完整搜尋」
• 「文獻回顧」
• 「comprehensive search」
• 「systematic review」
• 提到 MeSH、同義詞擴展、搜尋策略

正確工作流程

generate_search_queries
→ 整理 MeSH / 同義詞 / suggested_queries
→ 手動或由 Agent 組 Boolean 查詢
→ analyze_search_query
→ unified_search
→ fetch_article_details / prepare_export / save_pipeline

目前沒有公開的獨立合併工具工作流。每一次 unified_search 本身就會做多來源整合與去重；如果你跑多輪策略，做法應該是比較各輪結果、調整查詢，或把流程保存成 pipeline，而不是依賴舊版 merge 思路。

Step 1: 取得搜尋素材

generate_search_queries(
    topic="remimazolam ICU sedation",
    strategy="comprehensive"
)

strategy 選項

• comprehensive: 預設，適合完整搜尋
• focused: 收斂到較高證據等級
• exploratory: 放寬，找更多變體與同義詞

你真正要用的欄位

• mesh_terms: 標準詞彙與對應同義詞
• all_synonyms: 可直接組 OR 群組
• suggested_queries: 當作參考，不是最後答案
• pubmed_translation: 檢查 PubMed 實際如何理解查詢

Step 2: 組裝 Boolean 查詢

範例：從素材組出可執行查詢

query = '''
("Intensive Care Units"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract] OR "critical care"[Title/Abstract])
AND
(remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract] OR "ONO 2745"[Title/Abstract])
AND
(sedation[Title/Abstract] OR "procedural sedation"[Title/Abstract])
'''

兩個原則

1. 主概念之間通常用 AND
2. 同義詞與別名通常用 OR

Step 3: 執行前先分析

analyze_search_query(query=query)

這一步用來確認：

• 查詢是否太寬或太窄
• PubMed translation 是否符合預期
• 有沒有拼字或概念錯置

Step 4: 執行搜尋

unified_search(
    query=query,
    sources="pubmed,europe_pmc,openalex",
    limit=50,
    ranking="quality",
    filters="year:2020-2025, species:humans, clinical:therapy",
    output_format="json"
)

常用調整方式

• 想更完整：加入 options="preprints"
• 想更快：加入 options="shallow"
• 不要自動放寬：加入 options="no_relax"
• 重視新近性：ranking="recency"
• 重視證據品質：ranking="quality"

完整範例

情境：完整搜尋 remimazolam ICU sedation

# Step 1: 取得 MeSH 與同義詞素材
materials = generate_search_queries(
    topic="remimazolam ICU sedation",
    strategy="comprehensive"
)

# Step 2: 組裝查詢
query = '''
("intensive care"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract] OR "critical care"[Title/Abstract])
AND
(remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract] OR "ONO 2745"[Title/Abstract])
AND
(sedation[Title/Abstract] OR "procedural sedation"[Title/Abstract])
'''

# Step 3: 先分析
analyze_search_query(query=query)

# Step 4: 再執行
unified_search(
    query=query,
    limit=50,
    ranking="quality",
    filters="year:2020-2025, species:humans, clinical:therapy",
    output_format="json"
)

如果結果太少或太多

結果太少

• 把 strategy 改成 exploratory
• 移除部分限制條件
• 減少 AND、增加同義詞 OR
• 移除 clinical 或過窄的年齡/性別限制

結果太多

• 把 strategy 改成 focused
• 增加主題限定詞
• 加上 filters="year:..., clinical:..."
• 把 sources 收斂到 pubmed,europe_pmc

可重複使用時

當搜尋策略已經穩定，不要每次重組：

save_pipeline(name="icu_sedation_review", pipeline_config="...")

之後可以：

unified_search(pipeline="saved:icu_sedation_review")