Read Paper Analysis Highlight

论文全文精读、证据原子分析与 Zotero 原生批注

插件级轻量故障协作

[!important]- 快路径与慢路径

• 正常成功路径不写故障库，也不包装每次工具调用
• 组件已知脆弱、准备复用历史方案或路线刚失败时，才运行 incident_registry.py preflight：先查项目守卫指定的本地事故库，再查公共事故库只读
• 任意异常、非零退出、权限拒绝、结果缺失或验证失败立即 capture-event；记录后才换路，同签名/参数/路线重试前通过 retry guard
• 最终回答前扫描真实工具结果；预期 TDD RED、受控探针和用户取消不算产品事故
• 只有本轮事件发生变化、复用结果新增或回归状态变化才查候选；候选非空才加载 promotion_audit.py
• 图/表/公式读取的 verified 方案必须带 quality_guard：视觉模型直接读取渲染图像；ocr-downgrade、text-ocr-then-read、paddleocr-fallback、tesseract-fallback 均为禁止降档路线
• 插件任务开始或 Skill 清单变化时读取插件根目录的 references/skill-collaboration-contract.md；同一任务内拓扑和来源哈希未变时不重复枚举
• 本 Skill 的效果验证只由下文证据对象与最终门承担，不在故障协作层重复运行

触发、职责与权威读取

本 Skill 在 zotero-obsidian-paper-import 已核验正式版本与 application/pdf 附件后执行。凡生成或修改简体中文论文笔记，固定经过 专业语义草稿 → global.renhua → obsidian-note-style：本 Skill 先依据全文证据写清事实与方法逻辑，global.renhua 负责中文表达和陌生复合词释义，obsidian-note-style 最后负责知识归属与格式。格式化阶段新增实质性正文时，新文字重新经过 global.renhua。本 Skill 仍独占全文证据、作者调研、论文强调语义、PDF 定位、Zotero 原生批注和完成门。

用户说“使用我的 Obsidian 语言风格”时，必须调用 obsidian-note-style；该触发语不改变上述先经 global.renhua 润色、再由 obsidian-note-style 定稿的固定顺序。

按当前任务分支完整读取一次下列直接参考；不预载无关分支，直接参考不得继续路由第二层参考：

本文件和上述参考共同构成权威合同；架构清单、authority map、计划、测试与报告只作记录，不能替代原要求。

单一证据主链

每个对象在同一证据边界生成并验证一次，后续只消费对象 ID、来源哈希和状态。PDF、笔记 block、manifest、Zotero 快照、作者来源、视觉集合、用户内容或风险实质变化时，只刷新受影响对象及下游；不能进入新章节就重新验证全链。

不可妥协的内容与质量硬门

身份、全文与状态

• 摘要、网页、旧笔记和二手综述只定位，不能替代 PDF；优先从 Zotero PDF 跳转取得本地 PDF，本地 PDF 可用时，不先抓取网页，工具失败不等于论文不存在
• DOI、标题、作者、版本冲突，非 application/pdf，页数/哈希不符，无可信 annotation-free backup，Snapshot/残缺 OCR 冒充全文，任一立即停止并保持 待精读
• 正式全文能力以可逐页读取的 full-text PDF 为准；身份、附件类型、协议能力预检与权限预检只在 PAPER_BASELINE 建立时验证一次，后续复用其哈希和状态
• 读取真实 ProductVersion；本合同在 Zotero 9.0.6 验证，其他 Zotero 9 小版本重新做一次原生批注读回测试
• overwrite 前必须有 SHA-256 可核验的 annotation-free、干净 backup；任何定义、公式、符号、下标、数量、几何形状、更新顺序、条件和边界都回到原 PDF，不能确认就写“未从原文确认”，不能改写成更强的绝对结论，do not invent
• 从第 1 页到最后一页完成三遍全文阅读；视觉直读公式、图表、图注、坐标轴、图例和排版关系，不得用文本模型 OCR 冒充完成；补证和验证不增加新的全文阅读轮次
• 未完成时至少每隔 20 分钟汇报遍次、页码、已查公式/图/表、当前环节和剩余门；汇报不能替代验证或催生粗读
• 只有所有证据、笔记、知识/视觉、原生批注、回链、清理和最终门通过后，才从 待精读 改为 已AI全文读

阅读、公式、图表与实验

• READING_LEDGER 每页恰好一条；新建根对象必须声明 schema_version: 4，v3 仅兼容读取
• 每页的 equations_checked、figures_checked、tables_checked、captions_checked 必须为 checked|not_present；unresolved 为空。图存在时 figure_audits 非空，不存在才允许 not_present
• 每幅 Fig. 和每个 panel 实际视觉检查：标题/图注、正文引用、轴/单位/范围/刻度、图例、颜色/线型/形状、模块/箭头/数据流、趋势/数值/异常/失败及正文—公式—表一致性；不能以 OCR、空列表或 not_present 掩盖未读
• 研究问题必须回答 Interesting、Solvable、Current level、Impactful，明确“新问题新方法 / 新问题老方法 / 老问题新方法 / 老问题成熟方法的新组合”，并完成 What / Why / How、Pros / Cons、如何拓展与利用
• 控制、感知和机器人论文的每个主链模块必须按八项合同解释：模块任务、输入来源、输入内容、实际处理顺序、输出的物理意义、下游接口、训练阶段与部署阶段的差异、条件与失效边界。不能用术语替代解释，不能把“射线距离”“速度目标”“PPO 选速度”“几何投影”等词组当成已经说明；原文未给出的单位、维度、坐标系、频率或实现细节写“论文未报告”
• 问题评估的稳定字段为 Interesting（问题值得研究吗）、Solvable（问题可解吗）、Current level（当前研究水平）、Impactful（问题影响大吗） 和 新旧问题/方法分类；字段名不得被摘要性改写替代
• 每个主张先确定唯一语义归属：在最合适的栏目完整陈述一次，其他栏目只新增事实、机制、条件、证据或边界；不得用同义改写再次陈述，也不得以“去重”为由删除数字、假设、局限或复现缺口
• 每个公式解释整体作用、逐符号、从左到右计算与方向/正负、系统位置、设计原因、成立条件/失效方式。内部证据记录保留 （PDF第 N 页）（公式 X）；完成态 已AI全文读 Callout 不显示 PDF 页码，只保留准确的公式、图、表和算法编号。三个以上待解释符号或解释超过两条列表时用嵌套折叠，不能只标编号或写“鼓励安全”
• 知识点递进解释合同：必须先写第一层：直觉理解，再写第二层：公式与原理，坚持“先直觉、后数学”；不得只用图代替公式。第二层给公式原文、逐符号解释、最小推导，以及数值代入或极端情形，再回扣直觉；够用即止，同一结论只说一次。组织顺序固定为“正文说明 → 现有图 → 读图与图例 → 公式与原理”，论文 Callout 只保留本文用途
• 每个主张记录 Claim、Evidence、Condition、Status、Boundary；严格区分 supported | partially_supported | not_established、论文报告、可以推断、尚不能证明、论文明确承认的局限、未报告与疑点
• 每项实验分开保存方法名、baseline、结果、条件、边界、复现缺口、作者局限和参考文献角色，写入前复述“对象—条件—样本—结果—边界”；N/N 成功先忠实写结果，缺失项不能抹掉正面证据
• 高亮和批注不设置每页、每篇、每类型数量上下限，评论不设置字符上限；数量不是目标，证据原子必须脱离上下文仍能说明问题、机制、证据、条件和边界

证据原子、评论与作者

• selection mode 保留 semantic-span、key-term、key-metric、key-link、author-name、area；关系组默认 connector_mode: shared-id，至少一个 predicate 和一个 entity/effect/condition。只有 Zotero 原生 Ink 的可编辑、可删除、坐标、刷新和不遮字全部实证后才用 connector_mode: native-ink
• 关系型证据原子必须形成“技术实体 → 谓词/动作 → 作用对象/效果 → 条件/边界”；连接词只用于定位候选，保留否定、范围、模态、数值限定。we propose 只作话语脚手架，success rate remains 必须连同数值、条件和边界；测试锚点 incurs cumulative latency、lack theoretical safety guarantees、out-of-distribution generalization failures、tightly couples reinforcement learning with model-based safety mechanisms、alleviates local minima in Euclidean distance objectives 均须按完整关系抽取，不能截成孤立短语
• 普通评论第一行必须先给结论并使用 结论：，作者评论第一行必须 外部信息：；至少再有一行说明通过什么原理、构建什么结构、实现什么效果，或给出意义/复现/边界/疑点/定位/来源。评论不设置字符上限，与 annotation manifest 的 annotation_comment 逐字相等，自动翻译后缀为 0；原批注、翻译后缀与新批注分别计数
• 只调查论文明确的一作、共同一作和通讯作者，多人全部调查；先消歧，再核验教育、在读阶段/年级、机构、实验室、职称、导师、研究、项目、成果、荣誉、会籍、动态计量、QS 版本和谨慎影响力判断
• 一作/共同一作必须明确核验硕士生还是博士生、具体年级，或标为已毕业/当前非在读；无法核验写“未公开核验”，不得根据入学年份自行推算
• 每个外部事实记录 URL 与 as_of；Google Scholar、机构页与其他来源属于“外部核验，不是论文正文事实”，QS 必须注明版本。403、429、CAPTCHA、Access Denied、登录墙不能作唯一入口。未知写 not_publicly_verified，不能写 0、空串或按入学年推算；替代平台指标写真实平台，不能冒充 Google Scholar
• 作者信息只交付到当前论文折叠“作者与团队背景”、PDF 作者姓名批注、内部作者调研 JSON；不得创建独立作者/团队笔记、人物库或作者知识枢纽

Obsidian Callout、知识与视觉交接

• 每篇标题下只保留一个 > [!note]-。来源第一行的下载链接、DOI、Zotero key、等级与标点原样保留；唯一 ^block-id 必须单独放在论文标题下方、主 Callout 之前
• 来源下一行写与 PDF 首页逐字相同的“一眼记住这篇论文”；允许使用 1–3 个完整句子，先让初学者知道谁接收什么、做什么、输出给谁，再收束原理—结构—效果。它不是术语口号，不能为了短而省略主语、对象归属或关键数据来源
• 论文 Callout 强调语义合同：粗体只作短扫描锚点，==...== 必须可独立复述；绿色只标有全文证据支撑的正面结果，红色标未提供链接、参数、硬件或解释等明确缺口/冲突/不成立。颜色与 ==...== 不叠加，同一语义一个主强调，不得为了凑齐颜色而使用
• 必须有明确 **作者贡献**；只有字段名加粗，逐项给贡献核心短语、新增内容、相对改变、正文/公式/图/实验定位和不能推出什么；分开写作者声称的贡献与全文证据支持的真实增量
• 知识索引 仅链接既有或经 obsidian-note-style 验收的正式知识点，使用 [[笔记#标题|别名]] 或 [[笔记#^block-id|别名]] 精确定位；支撑链接（supporting links）必须能回到论文页码、公式、图表或可信外部来源。证据选择不设死板名单，以独立信息价值决定是否保留
• 用户个人理解区强制合同：每次生成完成态 AI Callout 时，必须在同一次写入中同步生成或核验紧随其后的 > [!personal]+ 个人理解，不得出现只有 AI Callout、没有个人理解 Callout。两者之间源码必须恰好保留一个真实空行；新建时内部必须为空，已有个人内容逐字保留。它在阅读模式默认展开，AI 不得生成、润色、移动或覆盖，不得拆分到单独笔记。个人 Callout 末行到下一篇 ### 标题前的源码空行必须为 0，即下一篇 ### 标题前不保留空行，可见间距必须为 0
• 若 Sheets Extended 已启用且目标含普通 Markdown 表格，局部合并 disable-sheet: true；不得全局禁用/卸载，不机械加到无表笔记
• 基础概念、扩展概念与论文特定用法形成的概念前置缺口、公式解释闭环和示意图需求交给 obsidian-note-style，附 PDF 页码、公式号、图号或原文定义；本 Skill 不得自行创建零散知识文件
• 笔记正文和知识链接全部写入完成后，每篇论文只触发一次 obsidian-note-style；处理中不触发，逐段写入和单图完成时不重复。它审计 Vault 全部正式知识点，不限于当前论文，每点独立 0 或 1 张，已有合格图快速跳过；缺图调用 draw-style 的八项硬质量门槛，媒体引用审计与孤儿图片清理由 obsidian-note-style 独占负责
• 视觉审计和必要配图完成前，不得把本次论文处理标记为完成；唯一归属和全部链接也必须通过

定位、Zotero 原生化与 PDF 回链

• 文本严格 quote → quads → actual_text：零匹配、多匹配未用 context/occurrence 消歧、读回不等即停止；普通文本禁止手填矩形
• area 只用于公式布局、算法框、图、表和视觉关系；同时保存 pymupdf-page-top-left 的 rect、page_box、page_rotation 和 pdf-page-bottom-left 的 zotero_rect
• 外部暂存审计必须识别 PDF /Square 与 PDF /Ink，但二者不得当作 Zotero 原生路线：文本 quads 最终映射为 highlight，area 映射为 image。area 的两矩形均在 page box 内、面积一致，坐标往返的正反变换最大误差 ≤ 0.01 pt；旋转页单独验证；每个 area 渲染并人工核对
• 先由 build_zotero_native_annotation_plan.py 构造计划，再由 zotero_local_bridge_client.py 调用 zotero-local-bridge；固定 health → preflight → apply → readback，完成原生读回。同一计划/digests/回执原子执行。409 安全停止重建计划，503 fresh health 恢复后最多重试一次；禁止前台脚本和鼠标，禁止直接写 SQLite，禁止重复 apply
• 最终 storage_mode: zotero-native、可编辑、可删除、无锁、位置准确，未知用户批注变化为 0；只按 native key、完整指纹和 allow-key 精确删除
• PDF 本体最终 embedded/external markup 为 0；首页记忆句和回链从干净 backup 单次生成，至少 150–200 dpi 渲染，并固定在 PDF 首页左上角；在 Zotero 内置阅读器点击后返回 Obsidian的对应精读位置
• 回链固定 https://obsidian-link.invalid/open?uri=<percent-encoded obsidian://open?...>，bridge_url_count = 1、direct_obsidian_uri_count = 0；真实点击到当前论文 block，无外部协议确认框且 Edge 未调用
• 禁止把直接 Obsidian URI 写入 PDF；plugin_installation_normalized 与 bridge_click_verified 是两个独立门。回链行为门槛只允许协议 handler 的 launchWithURI(...)，明确禁止 Zotero.launchURL(obsidianURI)；不能用安装缓存、不可见会话或“窗口打开”冒充真实行为，离线原位升级后仍须验证，失败状态记 ui_gate_pending

Windows、删除、增量验证与最终门

• Python 先锁解释器与 import；低风险 allow-list 至少 yaml → PyYAML、fitz → PyMuPDF。缺依赖才用同一解释器 python -m pip install 一次，安装后重新 import，不静默切环境
• 中文统一 UTF-8；优先 Python -X utf8，PYTHONPYCACHEPREFIX 长路径用 python -B、内存 compile 或已验证短路径，不留 __pycache__
• split writable roots、PowerShell 乱码、临时目录、Poppler、GUI 权限和同卷替换按运行参考的固定路线；同签名禁止循环
• 对 0x80070005、PowerShell/GUI 权限与不可见会话采用固定故障路由；Computer Use 仅承担一次逐图结构化审计或必要 UI 门，默认无界面且不得抢占鼠标。原生 Ink、回链或 UI 失败必须失败闭合，交给 global.collect-bug-update-accelerate 记录与路由，不能降级成非原生结果
• 只删除本轮/明确旧批次 AI 批注和目标运行目录内可再生产物、中间文件；旧批注、未知用户批注、个人理解、原件、backup、其他论文运行数据和代码依赖均保护。知识副本先合并独有内容、验证链接，再按绝对路径白名单删除并重建索引
• scripts/validation_gate_cache.py 仅用于中途增量验证：缓存输入指纹“已通过且输入未变”的成功门；失败门槛、输入变化和受影响的下游门槛必须重跑，不重复运行无影响门
• 默认不限制完成时间。最终交付前忽略中途成功缓存，从新鲜输入完整运行一次最终全量验证：Python 编译/python -B、Skill 本地测试、插件全测、manifest/坐标/原生效果、行为点击、聚合说明来源标记与清理

执行与交付

按 PAPER_BASELINE → READING_LEDGER → CLAIM_EVIDENCE_MAP → AUTHOR_EVIDENCE → NOTE_PACKAGE → ANNOTATION_PLAN → NATIVE_READBACK → PAPER_ACCEPTANCE 执行。NOTE_PACKAGE 写回前完成 专业语义草稿 → global.renhua → obsidian-note-style，但专业事实与未报告边界仍由本 Skill 负责。read-paper-analysis-highlight 唯一负责批注选择、评论、颜色、坐标转换；zotero-local-bridge 只负责协议承载与原生写入，global.collect-bug-update-accelerate 只记录并路由故障。最终结果必须让每个关键问题、方法、证据、图表、作者信息和边界回到准确位置，批注仍可由用户编辑与删除；任何必需门失败都保持 待精读。

本文件及其强制 reference 是唯一 canonical。规则或直接参考集合变化后，只刷新 Skill完整指南/research/read-paper-analysis-highlight-完整指南.md；用途、输入输出、协作或边界变化时，再更新《Skill 与 Plugin 的总体系说明》对应段与自动关系区。派生说明不得替代或反向覆盖 canonical。架构层级或直接参考集合只有在用户明确批准、架构版本提升并通过迁移测试后才可改变；普通内容增删不得顺带改变架构。