WangLabCSU Bioinfo Daily - 生物信息学日报
概述
本技能使用 PubMed E-utilities API 自动搜索并汇总前一天的生物信息学和肿瘤学研究进展，聚焦 CNS（Cell/Nature/Science）及子刊、Nature Index 等高影响力期刊，每天推荐 10 篇左右重要文献，并生成中文亮点介绍。
功能特点
- 🔍 自动搜索: 使用 PubMed API 搜索前一天新增文献（限定 cancer 相关）
- 📊 高影响力筛选: 仅筛选 CNS 及 Nature Index 期刊
- 🎯 精准分类: 生物信息学、肿瘤免疫、单细胞测序、空间转录组、临床进展
- 💡 中文亮点: 每篇文献 30 字左右中文亮点介绍
- 📝 智能摘要: 日报抬头自动生成精选文章 summary
- 🔥 智能优选: 文章多时会自动优选创新性强、方向有区分的文章（最多10篇）
- 📰 日报格式: 结构化日报，便于阅读和分享
使用方法
1. 手动生成日报
python3 ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily/scripts/pubmed_search.py
2. 查看定时任务
openclaw cron list
3. 测试搜索（特定主题）
# 编辑脚本中的 SEARCH_TOPICS 添加自定义主题
数据源
PubMed API: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils
搜索范围:
- 🧬 生物信息学算法与工具
- 🦠 肿瘤免疫学最新研究
- 🔬 单细胞测序技术
- 🧪 空间转录组技术
- 💊 癌症免疫治疗临床进展
期刊筛选:
- Nature, Science, Cell 主刊及子刊
- Nature Index 期刊
- 其他高影响力期刊（Lancet、JAMA、PNAS 等）
输出格式
日报包含：
- 📅 日期和文献总数
- 📚 每篇文献：标题、期刊、作者、亮点、链接
- 📊 数据来源说明
配置
API 配置（使用环境变量）:
NCBI_EMAIL: 你的邮箱地址NCBI_API_KEY: 你的 PubMed API Key
获取 API Key: https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2017/11/02/new-api-keys-for-the-e-utilities/
配置方式（任选其一）:
方式 1 - OpenClaw 配置文件 ~/.openclaw/openclaw.json:
{
"env": {
"NCBI_EMAIL": "your@email.com",
"NCBI_API_KEY": "your_api_key"
}
}
方式 2 - 环境变量:
export NCBI_EMAIL="your@email.com"
export NCBI_API_KEY="your_api_key"
定时任务:
- 执行时间：每天早上 8:00（北京时间）
- 搜索范围：前一天新增文献
脚本
scripts/pubmed_search.py- PubMed API 搜索和日报生成
⚠️ 安全注意事项
1. API Key 配置
- 必须配置
NCBI_API_KEY才能使用 PubMed API - 脚本会在缺少 API Key 时显示警告
- 获取 API Key: https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2017/11/02/new-api-keys-for-the-e-utilities/
2. .env 文件安全
- 如果使用
.env文件，只放置 NCBI 相关凭证 - 不要在同一文件放其他不相关的 secrets
.env文件已加入.gitignore，不会提交到 Git
3. 网络活动说明
pubmed_search.py: 直接调用 PubMed API（ncbi.nlm.nih.gov）search_bioinfo.py: 调用 OpenClaw 的web_search工具（会发送到配置的搜索提供商）- 如需限制网络访问，可在隔离环境中运行
4. 飞书上传（如需自动发布）
generate_daily.sh引用飞书文档创建步骤- 需要配置飞书 API 凭证才能自动上传
- 如未配置凭证，脚本会生成文件供手动上传
依赖
- Python 3.6+
- requests 库
使用示例
# 生成今日日报
cd ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily
python3 scripts/pubmed_search.py
# 输出保存至 /tmp/bioinfo_daily_YYYYMMDD.txt