Graduate Student Onboarding

| | Memory | Write the convergence decision as a durable fact | | Cron: autonomous-core-researcher | Update prompt: list allowed + prohibited directions explicitly | | Cron: paper-repair | Add scope constraint — only repair in-scope papers | | Cron: paper-quality-review | Skip out-of-scope papers | | Cron: paper-layer-b-review | Skip out-of-scope papers | | Cron: literature-monitor | Core directions → full report; peripheral → appendix only |

Scope tiers:

• Core (全流程): 5 pillars + Synthos + teaching + algorithm components + public dataset analysis
• Peripheral (仅空白+假设): cornea/lens/vitreous/tear film/tinnitus/concussion biomechanics

契约层 · BOUNDARY

边界：技能功能边界。

契约层 · IO_CONTRACT

输入：请求描述、上下文信息。 输出：执行结果、状态反馈。

验证清单 · VERIFICATION

• 研究方向已按 Scope tiers 分为 Core（全流程：5 pillars + Synthos + 教学 + 算法组件 + 公开数据集）与 Peripheral（仅空白+假设：角膜/晶状体/玻璃体/泪膜/耳鸣/脑震荡生物力学）
• 每个 Cron 任务（autonomous-core-researcher / paper-repair / paper-quality-review / paper-layer-b-review / literature-monitor）prompt 中显式列出允许与禁止的方向
• paper-repair 仅修复范围内（in-scope）论文；paper-quality-review 与 paper-layer-b-review 对范围外论文执行跳过
• literature-monitor 输出分级：核心方向生成完整报告，外围方向仅作附录
• 收敛决策（convergence decision）已作为持久化事实写入 Memory，后续 cron 与手动操作基于同一状态
• 所有输出通过准确性核查（无编造数据），结论可追溯到具体证据/数据源，操作步骤可重复验证

核心原则 · PRINCIPLES

1. 准确为先: 所有输出必须经过事实核查，不编造数据
2. 证据驱动: 每个结论必须可追溯到具体证据或数据源
3. 可复现性: 每一步操作必须可重复，结果可验证

约束规则 · RULES

1. 输入约束: 参数类型、范围、格式必须校验
2. 输出约束: 返回值结构、编码、命名必须一致
3. 异常约束: 错误信息必须包含上下文和恢复建议
4. 安全约束: 不执行未验证的任意代码，不暴露内部状态

Golden 集合 · GOLDEN SET

• Golden Input: 学生研究方向清单含"5 pillars 公开数据集分析"与"泪膜生物力学"两个方向（取自 EXAMPLES 真实场景，覆盖正常路径）
• Golden Output: 前者划为 Core（全流程）、后者划为 Peripheral（仅空白+假设）的分级决策（GRAD-001），并据此下发 5 个 Cron 任务配置——paper-repair 仅修复 in-scope、literature-monitor 核心出完整报告/外围仅附录（GRAD-002/003/004）；收敛决策作为持久化事实写入 Memory（GRAD-005）
• Golden Error: 研究方向无法按 Scope tiers 归类，或某 cron prompt 未显式列出允许/禁止方向时 → 拒绝生成 onboarding 方案，报出未分类方向名称并要求先补全方向清单（GRAD-002 边界清晰前置）

Golden 集合是测试的单一真理来源。所有改进必须通过 golden 测试。

违反规则的操作视为不安全，必须拒绝或隔离。

违反任何原则的输出视为失败。原则优先级：准确 > 证据 > 可复现。

每项验证必须可执行、可记录、可复现。验证失败时记录原因和修复。

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Genes (策略基因)

紧凑策略表示。条件→策略。需要深度时参考完整文档。

• [GRAD-001] 研究范围界定 → 将方向划分为核心（全流程）与外围（仅空白+假设）层级，并据此分配不同的处理深度
• [GRAD-002] 自动化任务配置 → 在 Cron 任务中显式列出允许与禁止的方向，确保执行边界清晰
• [GRAD-003] 论文处理流程 → 对范围外的论文执行跳过或仅修复范围内内容的约束，避免资源浪费
• [GRAD-004] 文献监控输出 → 核心方向生成完整报告，外围方向仅作为附录处理，以区分信息优先级
• [GRAD-005] 关键决策记录 → 将收敛决策作为持久化事实写入记忆，确保后续操作基于一致的状态
• [GRAD-006] 输出质量保障 → 遵循准确 > 证据 > 可复现的优先级，确保所有结论可追溯且操作可重复

示例 · EXAMPLES

1. 输入: 学生研究方向清单含"5 pillars 公开数据集分析"与"泪膜生物力学"两个方向。 操作: 按 GRAD-001 将前者划为 Core（全流程），后者划为 Peripheral（仅空白+假设），并据此分配处理深度。 验证: 核对验证清单第 1 条——方向已正确分为 Core/Peripheral 两层。

2. 输入: 配置 paper-repair 与 paper-quality-review 两个 Cron 任务。 操作: 按 GRAD-002 在 prompt 中显式列出允许/禁止的方向，并对范围外（out-of-scope）论文执行跳过（GRAD-003）。 验证: 核对验证清单第 2、3 条——prompt 边界清晰，paper-quality-review 对范围外论文执行跳过。

3. 输入: 文献监控周期触发，同时涉及核心方向与外围方向的新文献。 操作: 按 GRAD-004 核心方向生成完整报告，外围方向仅写入附录。 验证: 核对验证清单第 4 条——输出分级正确；并将收敛决策写入 Memory（GRAD-005），后续 cron 基于同一持久化状态。