Paper Submission Priority

|:--:| | 147-lens-capsule-biomechanics-ODE | 96 | 20 | 白内障/PCO | R²=0.93/0.98 | 需补充 | | 113-nystagmus-compensatory-ODE | 96 | 19 | 眼震 0.5% | 未明确 | 需补充 | | bppv-canalith-relocation-ode | 95 | 13 | BPPV 2.4% | MAPE=7.8%, R²=0.94 | 需补充 | | corneal-biomechanics-ODE | 96 | 13 | 角膜生物力学 | N/A | 无PDF |

IO_CONTRACT

• input: papers_dir: path — outputs/papers/* 论文目录集合（各自含 state.json 质量分数与 stage 字段）
• input: state.json: file — 顶层 quality_score / D10a / Gates_result（注意：分数在顶层非嵌套字段）
• output: submission_priority_list: table — 按质量分排序的投稿候选论文清单（含缺项标注：需补充/无PDF）
• output: submission-ready bundle — 选定论文的最终 PDF + 干净的 pdflatex 编译（0 error, 0 undefined ref）+ GitHub 代码仓库 + 署名/邮箱核验

Pitfalls

-

-

Verification

-

-

• state.json quality_score 在顶层，不在嵌套字段中 — 之前误查嵌套字段导致所有论文 score=-1
• D10a 可能是数字 100.0 或字符串 "100%" — 解析时需处理两种格式
• D10a=0.0 的论文（如 concussion-oculomotor-PINN、ocular-torsion-ODE）引用健康异常 — 需单独检查
• D8_d10a_scan.orphans_count 和 zombies_count 可能为 0 但 D10a 仍为 0 — 需同时检查
• Gates_result 格式不一致 — 可能是字符串 "PASS" 或包含 "gates" 列表的字典
• code/ 目录不存在 ≠ 没有代码 — 代码可能在论文目录其他位置
• 所有 Synthos 论文都需要 GitHub 代码仓库 — G7 可复现性要求，投稿前必须创建

投稿准备清单

选定论文后执行：

1. pdflatex paper.tex 确认编译干净（0 error, 0 undefined ref）
2. 检查 state.json 的 stage 字段
3. 创建 GitHub 仓库并推送代码
4. 检查作者署名：Department of Neurology, Wenzhou People's Hospital
5. 检查邮箱：[USER_EMAIL]
6. 生成最终 PDF

验证清单 · VERIFICATION

• state.json 顶层读取：从顶层字段读取 quality_score，未误查嵌套字段导致分数错误
• D10a 格式兼容：D10a 已兼容数字（100.0）与字符串（"100%"）两种格式，未解析失败
• 引用异常单独核查：D10a=0 或 Gates_result 格式不一致（字符串/字典）的论文已单独检查 orphans_count 与 zombies_count
• 代码位置全局搜索：未仅依赖 code/ 目录存在与否，已全局搜索论文目录定位实际代码位置
• pdflatex 编译干净：已运行 pdflatex 确认 0 error、0 undefined ref 并生成最终 PDF
• GitHub 仓库已推送：已创建 GitHub 仓库并推送代码，满足 G7 可复现性要求
• 署名邮箱已核验：署名确认为 "Department of Neurology, Wenzhou People's Hospital" 且邮箱匹配指定用户邮箱

核心原则 · PRINCIPLES

1. 准确为先: 所有输出必须经过事实核查，不编造数据
2. 证据驱动: 每个结论必须可追溯到具体证据或数据源
3. 可复现性: 每一步操作必须可重复，结果可验证

约束规则 · RULES

1. 输入约束: 参数类型、范围、格式必须校验
2. 输出约束: 返回值结构、编码、命名必须一致
3. 异常约束: 错误信息必须包含上下文和恢复建议
4. 安全约束: 不执行未验证的任意代码，不暴露内部状态

Golden 集合 · GOLDEN SET

• Golden Input: papers_dir=outputs/papers/*，各论文含顶层 quality_score/D10a/Gates_result 的 state.json（PAPE-001/002）
• Golden Output: 按质量分降序的 submission_priority_list（如 147-lens-capsule=96 → bppv=95），缺项标注「需补充/无PDF」，且 D10a 数字与 "100%" 字符串均解析成功
• Golden Error: D10a=0 的论文（如 concussion-oculomotor-PINN）→ 单独核查 orphans/zombies_count 与 Gates_result 格式（字符串/字典），异常标记「需补充」而非混入正常候选（PAPE-003）

Golden 集合是测试的单一真理来源。所有改进必须通过 golden 测试。

违反规则的操作视为不安全，必须拒绝或隔离。

违反任何原则的输出视为失败。原则优先级：准确 > 证据 > 可复现。

示例 · EXAMPLES

• 示例 1：输入 papers_dir=outputs/papers/*（含各论文 state.json）→ 按 IO_CONTRACT 从 顶层读取 quality_score/D10a/Gates_result 生成投稿候选清单（如 147-lens-capsule-biomechanics-ODE=96 → bppv-canalith-relocation-ode=95）→ 验证：无论文因误查嵌套字段得到 score=-1，且 D10a 数字（100.0）与字符串（"100%"）两种格式均解析成功（PAPE-001/002）。
• 示例 2：输入 D10a=0 的论文（如 concussion-oculomotor-PINN）→ 按 PAPE-003 单独核查 D8_d10a_scan.orphans_count 与 zombies_count，同时检查 Gates_result 是字符串 "PASS" 还是字典 → 验证：引用健康异常被单独标记为「需补充」，而非混入正常候选。
• 示例 3：输入选定论文（如 147-lens-capsule-biomechanics-ODE）→ 按「投稿准备清单」执行 pdflatex paper.tex（PAPE-005）、全局搜索代码位置（PAPE-004）、创建 GitHub 仓库并推送（PAPE-006）、核验署名 Wenzhou People's Hospital 与邮箱（PAPE-007）→ 验证：pdflatex 0 error、0 undefined ref 并生成最终 PDF，投稿包满足 G7 可复现性要求。

每项验证必须可执行、可记录、可复现。验证失败时记录原因和修复。

Genes (策略基因)

紧凑策略表示。条件→策略。需要深度时参考完整文档。

• [PAPE-027] 解析 state.json 质量分数时 → 必须从顶层字段读取 quality_score，避免误查嵌套字段导致分数错误
• [PAPE-028] 处理 D10a 指标数据时 → 需兼容数字（如 100.0）和字符串（如 "100%"）两种格式，防止解析失败
• [PAPE-029] 评估论文引用健康度时 → 若 D10a 为 0 或 Gates_result 格式不一致（字符串/字典），需单独检查 orphans_count 和 zombies_count 以确认异常
• [PAPE-030] 检查代码可复现性时 → 不能仅依赖 code/ 目录是否存在，需全局搜索论文目录以定位实际代码位置
• [PAPE-031] 执行投稿前最终检查时 → 必须运行 pdflatex 确保编译干净（0 error, 0 undefined ref）并生成最终 PDF
• [PAPE-032] 准备投稿包时 → 必须创建 GitHub 仓库并推送代码，以满足 G7 可复现性要求
• [PAPE-033] 核验作者信息时 → 必须确认署名为 "Department of Neurology, Wenzhou People's Hospital" 且邮箱匹配指定用户邮箱