Reference Directory Cleanup

| | 根目录删除旧PDF | 7个 | | 根目录删除旧元数据 | 3个（bibkey-map.json, notebooklm-sources.json, REFERENCE_MANIFEST.md） | | 删除bak文件 | 5个 | | 从pdfs复制匹配PDF到根目录 | 8个 | | 创建符号链接 | 2个 | | 规范化后根目录PDF/链接 | 18个 | | Bib总数 | 29个 |

注意事项

1. 不要假设子目录PDF都与当前Bib对应 — 旧管线PDF可能完全不相关
2. 名称不匹配需要检查内容 — 如 Shams2025.pdf vs Shams2023BRFSS 需验证内容
3. 3d-eyeball标准: 45个PDF在根目录 + references.bib + 空pdfs/子目录
4. Bib清理顺序：先清理bib中的无效条目，再删除.tex中的残留引用，最后重新编译。详见 paper-pipeline/SKILL.md。

契约层 · BOUNDARY

边界：技能功能边界。

契约层 · IO_CONTRACT

输入：请求描述、上下文信息。 输出：执行结果、状态反馈。

验证清单 · VERIFICATION

• 子目录（pdfs/）PDF 逐个与当前 references.bib 条目内容比对，未假设自动对应；不匹配者移入 _archive/ 而非直接删除
• 文件名与 bibkey 不一致者（如 Shams2025.pdf vs Shams2023BRFSS）已用 pdfinfo 或打开首页验证标题/作者后再操作
• Bib 清理按序执行：清理 references.bib 无效条目 → 删除 .tex 残留 \cite{} → pdflatex 重新编译
• 子目录已有 PDF 时根目录创建 symlink 指向原文件，未重复复制（避免双份漂移）
• 清理完成后 pdflatex paper.tex 跑通 0 error + 0 undefined reference，方可视为完成
• 根目录最终状态核对：规范化后 PDF/链接数、Bib 总数与清理记录一致（旧元数据/bak 已清）

核心原则 · PRINCIPLES

1. 准确为先: 所有输出必须经过事实核查，不编造数据
2. 证据驱动: 每个结论必须可追溯到具体证据或数据源
3. 可复现性: 每一步操作必须可重复，结果可验证

Golden 集合 · GOLDEN SET

• Golden Input: pdfs/ 子目录含 12 个旧管线 PDF + 根目录 references.bib 29 条目，含名称不匹配项（Shams2025.pdf vs Shams2023BRFSS）
• Golden Output: 按 REFE-001/002 逐个比对归档 8 个不匹配 PDF 至 _archive/，名称不匹配者 pdfinfo 验证后改名对齐，子目录已有 PDF 建 symlink（REFE-004）；pdflatex paper.tex 0 error + 0 undefined reference
• Golden Error: pdflatex 报 undefined reference 或 .tex 残留 \cite{} 指向已删 bib 条目 → 触发 REFE-003，须按序清理 bib → 删 .tex 残留 → 重编译，禁止乱序

Golden 集合是测试的单一真理来源。所有改进必须通过 golden 测试。

违反任何原则的输出视为失败。原则优先级：准确 > 证据 > 可复现。

每项验证必须可执行、可记录、可复现。验证失败时记录原因和修复。

Reference Directory Cleanup---

约束规则 · RULES

1. 子目录 PDF 不自动对应：pdfs/ 等子目录下 PDF 可能来自旧管线，删除/迁移前必须逐个与当前 references.bib 条目内容比对，不匹配则移入 _archive/。
2. 名称不匹配查内容：文件名与 bibkey 不一致（如 Shams2025.pdf vs Shams2023BRFSS）时，用 pdfinfo 或打开 PDF 首页验证标题/作者，确认对应关系后再操作。
3. Bib 清理顺序：先清理 references.bib 中无效条目 → 再删除 .tex 中残留 \\cite{} 引用 → 最后 pdflatex 重新编译验证 0 undefined reference，禁止乱序操作。
4. 符号链接而非复制：PDF 在子目录已存在时，根目录创建 symlink 指向原文件，不重复复制（避免双份漂移）。
5. 清理后编译验证：所有删除/迁移完成后必须 pdflatex paper.tex 跑通 0 error + 0 undefined reference，再视为清理完成。

Genes (策略基因)

紧凑策略表示。条件→策略。需要深度时参考完整文档。

• [REFE-001] 子目录PDF与当前Bib对应关系不明 → 必须逐个与 references.bib 条目内容比对，不匹配则移入 _archive/ 而非直接删除
• [REFE-002] 文件名与 bibkey 不一致（如年份/后缀差异） → 使用 pdfinfo 或打开首页验证标题/作者，确认对应关系后再执行操作
• [REFE-003] 执行Bib清理任务 → 严格遵循“清理bib无效条目 → 删除.tex残留引用 → 重新编译”的顺序，禁止乱序操作
• [REFE-004] PDF在子目录已存在且需根目录访问 → 创建符号链接（symlink）指向原文件，避免复制导致的双份数据漂移
• [REFE-005] 清理或迁移操作完成后 → 必须执行 pdflatex 编译验证，确保 0 error 且 0 undefined reference 方可视为完成
• [REFE-006] 处理旧管线遗留文件 → 不假设子目录PDF与当前项目相关，需基于证据驱动原则核查每个文件的有效性

示例 · EXAMPLES

基于本技能 RULES / Genes / VERIFICATION 的真实流程构造的语义化示例。

1. 子目录旧PDF不自动对应（RULES #1 / REFE-001 / REFE-006） 输入：pdfs/ 下残留 12 个旧管线 PDF，根目录 references.bib 有 29 个条目。 操作：逐个比对 pdfs/ 内 PDF 与当前 bib 条目（标题/作者/年份），不匹配者移入 _archive/（8 个归档），匹配者保留。 验证：ls pdfs/ 无残留旧 PDF；_archive/ 内 8 个文件可列出；根目录 PDF 数与清理记录一致，pdflatex 编译 0 error + 0 undefined reference（VERIFICATION 末项）。

2. 文件名与 bibkey 年份不一致（RULES #2 / REFE-002 / VERIFICATION #2） 输入：根目录存在 Shams2025.pdf，但 bibkey 为 Shams2023BRFSS。 操作：用 pdfinfo Shams2025.pdf（或打开首页）核查真实标题/作者/年份，确认其对应 Shams2023BRFSS 条目后改名对齐。 验证：pdfinfo 输出年份/标题与 bibkey 一致；pdflatex paper.tex 重新编译 0 undefined reference（REFE-005）。

3. 子目录已有PDF不重复复制（RULES #4 / REFE-004 / VERIFICATION #4） 输入：根目录需访问某 PDF，且该 PDF 已存在于 pdfs/ 子目录。 操作：在根目录创建 symlink 指向 pdfs/ 原文件，而非 cp 复制。 验证：ls -l 显示该文件为符号链接（->），readlink 解析回 pdfs/ 原路径，磁盘仅一份实体文件（无双份漂移）。