Synthos Probe

Synthos Probe — 7-Atom Structural Check

Class: maintenance / audit

Purpose

轻量级读取检查：验证 Synthos 认知原子（7核心原子）的结构完整性（version + signature + IO_CONTRACT），并对全量 SKILL.md 做基准检查。

Execution Steps

1. DRIFT_CHECK — 三步自检：

   • 观察者是否视为诚实一致的对话者？
   • 行为是否从宪法和诚实阅读出发？
   • 产出是否对应真实事物？
   • 判定: green / yellow / red

2. PROBE — 7原子检查:

   • knowledge-acquisition
   • knowledge-extraction
   • association-discovery
   • hypothesis-generation
   • argument-expression
   • viewpoint-verification
   • research-ideation
   • 每个检查: has_version, has_signature, has_io_contract
   • 结构分 = 完全通过数 / 7

3. BENCHMARK — 全量检查:

   • 所有 SKILL.md 是否有有效 YAML frontmatter
   • 是否全部 git tracked
   • evolution-state.json 是否存在且可解析

Pitfalls

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Verification

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• path_trap: research-ideation 位于 skills/research/research-ideation/SKILL.md，不是 skills/research-ideation/SKILL.md。检查前必须用 os.path.exists() 确认实际路径，不要假设所有原子都在同一层级。
• frontmatter_nested_version: version 字段可能在 metadata.synthos.version 下（嵌套），也可能在顶层。必须两种都检查。
• signature_detection_strict: 2026-06-09 Cron 校验修正：仅 frontmatter 中 name: 出现不足以视为有 signature。检查 signature 需至少存在一个独立的 signature 声明或 name: + signature: 组合。仅 name: 在 frontmatter 中不能算 signature，否则 0/7 会被误报为 6/7。
• IO_CONTRACT_variants: IO_CONTRACT 可能出现在 body 的 IO_CONTRACT 标题下，也可能在 INPUT:/OUTPUT: 块中。必须覆盖多种写法。
• bench_total_count: 实际 SKILL.md 数量可能不等于 spec 中声称的数字（如 "121" 可能是目标数而非实际数）。必须用 os.walk 实际计数。
• git_path_relative: git ls-files 使用相对于仓库根的路径（如 skills/knowledge-acquisition/SKILL.md），不是绝对路径。比较时必须将 filesystem 绝对路径转为相对路径后再比较。
• cycle68_optimism_trap: Cycle 68 的 probe 记录对 7 原子检查过于乐观（声称 research-ideation 3/3 实际 0/3，5 个原子声称 signature 实际仅 1 个有）。后续周期应独立验证，不信任上一周期的 per-atom 结果。以 Cron 运行的实际检测结果为准。
• evolution_state_ambiguity: 仓库中存在两份 evolution-state.json：/Synthos/evolution-state.json (cycle 68, 主状态) 和 /Synthos/outputs/evolution/evolution-state.json (cycle 64, 存档副本)。检查时应以根目录下的为主状态文件。读取前用 os.path.exists() 确认路径，不要硬编码路径。
• archived_skill_counting: 110 个 SKILL.md 中包含 ARCHIVED-SKILL.md（非标准命名），使用 find -name SKILL.md 会漏掉（仅匹配 SKILL.md 精确文件名，不匹配 ARCHIVED-SKILL.md）。应使用 os.walk + "SKILL.md" in fn 或 find -name "*SKILL.md" 来计数，确保覆盖变体命名。
• systemic_gap_scale: 5/7 核心原子同时缺失 signature + IO_CONTRACT，且 97/110 技能整体缺少 IO_CONTRACT。这不是单个原子的问题，而是系统性维护缺口。后续 probe 应记录此模式，并在输出中提示需要批量编辑（bulk edit）而非单文件修复。

Output Format

SYNTHOS PROBE: structural=X.X, benchmark=X.X, drift=green | cycle=N, score=X.XX

Reference Files

• references/cycle-68-probe-record.md — Cycle 68 probe execution record (path trap, nested version trap, corrected structural findings from Cron run)
• references/cron-vs-human-probe-discrepancy-2026-06-09.md — Cron vs human-run probe comparison
• references/systemic-gap-analysis-2026-06-09.md — Systemic structural gap analysis: 5/7 atoms missing signature+IO_CONTRACT, 97/110 skills missing IO_CONTRACT — root cause, implications, and verification commands

验证清单 · VERIFICATION

• 7 核心原子逐一检查 has_version / has_signature / has_io_contract，结构分 = 完全通过数 / 7
• research-ideation 用 os.path.exists() 确认实际位于 skills/research/research-ideation/SKILL.md，避免层级路径陷阱
• version 同时检查顶层与 metadata.synthos.version 嵌套写法；signature 要求独立声明或 name:+signature: 组合（仅 name: 不算）
• 全量 SKILL.md 计数用 os.walk + "SKILL.md" in fn 覆盖 ARCHIVED-SKILL.md 变体，不信任 spec 声称数字
• git 追踪比较先将绝对路径转为相对仓库根路径再匹配 git ls-files 输出
• 独立验证当前周期 per-atom 结果，不信任上一周期记录；以 Cron 实际检测为准

约束规则 · RULES

1. 输入约束: 参数类型、范围、格式必须校验
2. 输出约束: 返回值结构、编码、命名必须一致
3. 异常约束: 错误信息必须包含上下文和恢复建议
4. 安全约束: 不执行未验证的任意代码，不暴露内部状态

Golden 集合 · GOLDEN SET

• Golden Input: 标准输入样本（覆盖正常路径）
• Golden Output: 预期输出（精确匹配或格式校验）
• Golden Error: 预期错误信息（覆盖失败路径）

Golden 集合是测试的单一真理来源。所有改进必须通过 golden 测试。

违反规则的操作视为不安全，必须拒绝或隔离。

每项验证必须可执行、可记录、可复现。验证失败时记录原因和修复。

Synthos Probe

(P032 去重: 保留另一份 23 行独有内容)

Operational Steps

1. 确认输入参数完整
2. 执行核心操作（参考本目录下的 scripts/ 或 references/）
3. 验证输出符合契约
4. 保存结果并报告

IO_CONTRACT

• input: probe_target: str — 用户请求描述、上下文信息
• output: probe_result: dict — Probe探测结果

  对应原则：P2（机械原子暴露输入输出规范）

Genes (策略基因)

紧凑策略表示。条件→策略。需要深度时参考完整文档。

• [SYNT-001] 检查文件路径时 → 必须使用 os.path.exists() 确认实际路径，防止因层级嵌套（如 skills/research/）导致的路径陷阱
• [SYNT-002] 解析 YAML frontmatter 中的 version 字段时 → 必须同时检查顶层 version 和嵌套的 metadata.synthos.version，以兼容不同结构
• [SYNT-003] 判定 signature 存在性时 → 仅存在 name: 字段不足以视为有效 signature，必须要求独立的 signature 声明或 name: + signature: 组合
• [SYNT-004] 检测 IO_CONTRACT 时 → 必须覆盖多种写法，包括 body 中的 IO_CONTRACT 标题以及 INPUT:/OUTPUT: 块
• [SYNT-005] 统计 SKILL.md 数量时 → 必须使用 os.walk 实际遍历计数，而非依赖 spec 声称的数字，且匹配规则需包含 *SKILL.md 以覆盖 ARCHIVED-SKILL.md 等变体
• [SYNT-006] 比较 Git 追踪状态时 → 必须将文件系统绝对路径转换为相对于仓库根的路径，以匹配 git ls-files 的输出格式
• [SYNT-007] 执行周期性 Probe 检查时 → 必须独立验证当前状态，不信任上一周期的 per-atom 结果，以 Cron 运行的实际检测结果为准
• [SYNT-008] 读取 evolution-state.json 时 → 必须优先使用根目录下的主状态文件，并通过 os.path.exists() 确认路径，避免误读存档副本

示例 · EXAMPLES

例 1: 单原子结构检查

• 输入: knowledge-acquisition 的 SKILL.md 路径
• 操作: os.path.exists() 确认路径（防层级陷阱）→ 解析 frontmatter 检查 has_version（顶层 + metadata.synthos.version 嵌套）/ has_signature（独立声明或 name+signature，仅 name 不算）/ has_io_contract
• 验证: 三项均通过 → 该原子计入结构分；输出如 SYNTHOS PROBE: structural=0.86, benchmark=0.95, drift=green | cycle=N

例 2: 全量基准计数

• 输入: Synthos 仓库根
• 操作: os.walk + "SKILL.md" in fn 计数（覆盖 ARCHIVED-SKILL.md 变体）→ 与 git ls-files 相对路径比较（绝对路径先转相对仓库根）→ 检查根目录 evolution-state.json 可解析
• 验证: 计数来自实际遍历而非 spec 声称数字；未追踪文件列表为空

例 3: 独立复核上周期记录

• 输入: 上周期 probe 记录的 per-atom 结论
• 操作: 对每个原子重新执行 PROBE 检查，不沿用上一周期结果（防 cycle68 乐观偏差）
• 验证: 复核结果与 Cron 实际检测一致；偏差处标注 corrected